20万个细胞图像的数据库产生了新的数学框架 探索人类细胞的内部运作

20万个细胞图像的数据库产生了新的数学框架探索人类细胞的内部运作综合平均形态的细胞,显示17个选择结构。资料来源:艾伦细胞科学研究所"细胞的组织方式告诉我们一些关于它们的行为和身份的信息,"艾伦细胞科学研究所副所长苏珊娜-拉费尔斯基博士说,她和高级科学家马修斯-维亚纳博士一起领导了这项研究,"当我们都试图了解细胞在健康和疾病中如何变化时,该领域一直缺少的是处理这种组织的严格方法。我们还没有挖掘出这种信息"。拉菲尔斯基说,这项研究为生物学家提供了一个路线图,以一种可衡量的、定量的方式了解不同种类的细胞组织。它还揭示了艾伦研究所团队研究的细胞的一些关键组织原则,这些细胞被称为人类诱导多能干细胞。了解细胞在健康条件下如何组织自己--以及"正常"所包含的全部变化范围--可以帮助科学家更好地了解在疾病中出了什么问题。这项研究的图像数据集、基因工程干细胞和代码都是公开的,供社区内其他科学家使用。"使细胞生物学看起来难以解决的部分原因是,每个细胞看起来都不同,即使它们是同一类型的细胞。"加州大学旧金山分校生物化学和生物物理学教授、艾伦细胞科学研究所科学顾问委员会成员华莱士-马歇尔博士说:"艾伦研究所的这项研究表明,这种长期困扰该领域的可变性实际上是研究细胞组成规则的一个机会。这种方法几乎可以推广到任何细胞,我期望其他许多人也能采用同样的方法。"在七年多前启动的一项工作中,艾伦研究所团队首先建立了一个干细胞集合,通过基因工程在荧光显微镜下照亮不同的内部结构。有了标记25个单独结构的细胞系,科学家们随后捕获了超过20万个不同细胞的高分辨率三维图像。所有这些都是为了提出一个看似简单的问题。我们的细胞是如何组织其内部的?结果发现,要找到答案真的很复杂。想象一下,你的办公室里有数百件不同的家具,所有这些家具都需要随时取用,而且许多家具需要自由移动或根据其任务进行互动。现在想象一下,你的办公室是一个被一层薄薄的膜包围的液体囊,而这数百件家具中的许多是更小的液体袋,很显然,这会成为室内设计人员的噩梦。科学家们想知道所有这些微小的细胞结构彼此之间是如何排列的?A结构"总是在同一个地方,还是随机的?研究小组在比较两个不同细胞之间的相同结构时遇到了挑战。即使被研究的细胞在基因上是相同的,并在相同的实验室环境中饲养,它们的形状也有很大的不同。科学家们意识到,如果一个细胞是短而圆的,另一个是长而梨形的,那么就不可能比较结构A在两个不同细胞中的位置。因此,他们给那些矮小的豆和修长的梨形加上了数字。利用计算分析,该团队开发了他们所谓的"形状空间",客观地描述每个干细胞的外部形状。该形状空间包括八个不同的形状变化维度,如高度、体积、伸长率,以及恰如其分的"梨"和"豆"。然后,科学家们可以将梨与梨(或豆子与豆子)进行比较,观察所有类似形状的细胞内部的细胞结构组织。"我们知道,在生物学中,形状和功能是相互关联的,了解细胞形状对了解细胞的功能很重要,我们已经想出了一个框架,使我们能够测量一个细胞的形状,当你这样做的那一刻,你可以找到形状相似的细胞,对于这些细胞,你可以再看看里面,看看一切是如何安排的。"在分析25个突出的结构的位置,在具有相似形状的细胞组中比较这些结构时,他们发现所有的细胞都以非常相似的方式设置,尽管细胞形状有巨大的变化,但其内部组织却惊人地一致。如果你在一栋高层办公楼里看成千上万的白领如何安排他们的家具,就好像每个工人都把他们的办公桌放在办公室的中间,而他们的文件柜正好在最左边的角落,无论办公室的大小或形状如何。如果你发现一间办公室里的文件柜被扔在地上,文件散落一地--这可能会告诉你关于那间特定办公室的状况和它的使用者。细胞的情况也是如此。发现偏离正常状态的情况可以给科学家提供重要的信息,了解细胞在从静止状态过渡到移动状态、准备分裂时的变化,或者了解在疾病中微观层面上出了什么问题。研究人员观察了他们数据集中的两种变化--细胞群边缘的细胞,以及正在进行分裂以创造新子细胞的细胞,这一过程被称为有丝分裂。在这两种状态下,科学家们能够发现与细胞的不同环境或活动相关的内部组织变化。艾伦细胞科学研究所执行主任RuGunawardane博士说:"这项研究汇集了我们在艾伦细胞科学研究所成立以来所做的一切。我们从头开始建立所有这些,包括衡量和比较细胞如何组织的不同方面的指标。我真正感到兴奋的是,我们和社区中的其他人现在可以在此基础上,提出我们以前无法提出的关于细胞生物学的问题。"...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1342657.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1342657.htm

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科学家发现清除细胞记忆的"绝妙"方法可更好地将细胞重编程为干细胞科学家们开发出一种革命性的技术,称为"瞬时无处理(TNT)重编程"。这种方法可以对人体细胞进行重编程,使其更接近胚胎干细胞,从而解决再生医学中一个长期存在的问题。该团队的突破有望为细胞疗法和研究设定新标准。(人类iPS细胞)。细胞重编程的历史与挑战2000年代中期,人们发现,人体的非生殖成体细胞(称为"体细胞")可以被人为地重新编程为类似胚胎干细胞(ES)的状态,从而有能力生成人体的任何细胞,这是一项革命性的进步。将人类体细胞(如皮肤细胞)人工重编程为这些所谓的诱导多能干细胞(iPS)的变革性能力,提供了一种制造基本上无限供应的ES样细胞的方法。这在疾病建模、药物筛选和细胞疗法中有着广泛的应用。李斯特教授说:"然而,传统重编程过程中一直存在的一个问题是,iPS细胞会保留其原始体细胞状态的表观遗传记忆,以及其他表观遗传异常。这会造成iPS细胞和它们应该模仿的ES细胞以及随后从它们衍生出来的特化细胞之间的功能差异,从而限制了它们的使用"。介绍TNT重编程技术莫纳什生物医学发现研究所的何塞-波罗教授解释说,他们现在已经开发出一种新方法,称为瞬时无处理(TNT)重编程,可以模拟胚胎发育早期发生的细胞表观基因组重置。他说:"这大大减少了iPS细胞和ES细胞之间的差异,最大限度地提高了人类iPS细胞的应用效果。"来自西澳大学哈里-珀金斯研究所(HarryPerkinsInstitute)和泰勒森儿童研究所(TelethonKidsInstitute)的计算科学家萨姆-巴克贝里(SamBuckberry)博士是这项研究的共同第一作者,他说,通过研究体细胞表观基因组在整个重编程过程中的变化,他们准确地找到了表观遗传畸变出现的时间,并引入了一个新的表观基因组重置步骤,以避免这些畸变并消除记忆。这项研究的带头人、干细胞科学家刘晓东博士说,新的人类TNT-iPS细胞在分子和功能上都比传统重编程技术产生的细胞更接近人类ES细胞。TNT方法的改进结果第一作者之一、西澳大学哈里-珀金斯研究所的细胞生物学家丹尼尔-波普博士说,用TNT方法产生的iPS细胞比用标准方法产生的iPS细胞更好地分化成许多其他细胞,如神经元祖细胞。第一作者之一、莫纳什大学学生谭佳(音译)说,研究小组的TNT方法是一种"炸药"。"它解决了与传统生成的iPS细胞相关的问题,如果不解决这些问题,从长远来看可能会给细胞疗法带来严重的不利后果。"未来影响与研究波罗教授说,尽管他们取得了突破性进展,但iPS表观基因组畸变及其纠正的确切分子机制还不完全清楚。要了解这些机制,还需要进一步的研究。李斯特教授说:"我们预测,TNT重编程将为细胞疗法和生物医学研究建立一个新的基准,并大大推动其进展。"...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1378327.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1378327.htm

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