BonFIRE开启显微镜设备的新篇章 以惊人的细节揭示生命的分子多样性

BonFIRE开启显微镜设备的新篇章以惊人的细节揭示生命的分子多样性BonFIRE技术在发表于《自然-光子学》(NaturePhotonics)杂志上的一篇论文中,加州理工学院化学助理教授、传统医学研究所研究员LuWei实验室的研究人员展示了他们称之为"键选择荧光检测红外激发光谱显微镜"(BonFIRE)的技术。BonFIRE将两种显微镜技术合二为一,具有更高的选择性和灵敏度,使研究人员能够在前所未有的单分子水平上可视化生物过程,并从分子角度了解生物机制。研究报告的合著者、化学工程专业研究生DongkwanLee说:"有了我们的新型显微镜,我们现在可以用振动对比来观察单分子,而这是现有技术难以做到的。"博士后学者HaominWang(左)和研究生DongkwanLee(右)演示BonFIRE显微设备的操作。资料来源:加州理工学院BonFIRE背后的技术BonFIRE涉及的一项技术是荧光显微镜,该技术通过在分子和其他微观结构上标记荧光化学标记,使其在成像时发光,从而对其进行成像。另一种技术是振动显微镜技术,它利用分子原子间结合键的自然振动。要成像的样本会受到光的轰击,这里指的是红外光。这种轰击会导致材料分子中的键发生振动,从而可以识别它们的类型。例如,三键的振动与单键的振动"听起来"不同,与另一个碳原子结合的碳原子的振动与与氮原子结合的碳原子的振动听起来不同。这与训练有素的吉他手通过聆听吉他发出的音色,就能分辨出吉他上的哪根弦被拨动以及它是由什么材料制成的并无二致。化学助理教授兼遗产医学研究所研究员LuWei。资料来源:加州理工学院优势结合Wei说,荧光显微镜允许研究人员观察单个分子,但不能提供丰富的化学信息。另一方面,振动显微镜虽然能提供丰富的化学信息,但只有当被成像的分子大量存在时才能发挥作用。BonFIRE通过将振动与荧光耦合,有效地结合了这两种技术的优势,从而解决了这些局限性。整个过程是这样的:首先用荧光染料对样品进行染色,荧光染料会与要成像的分子结合。然后用红外光脉冲轰击样品,调整红外光的频率以激发染料中的特定键。一旦该键被该光的一个光子激发,第二个能量更高的光脉冲就会照射到该键上,并激发它发出显微镜可以检测到的荧光。这样,显微镜就能对整个细胞或单个分子进行成像。未来展望这项研究的合著者、化学博士后学者助理研究员王浩敏说:"我们对这种光谱学过程非常着迷,很高兴能将其转化为现代生物成像的新型工具。在过去的三年里,我们一直在冒险建造我们的定制BonFIRE显微镜,并对这一光谱过程有了更深入的了解,这进一步帮助我们优化了设置中的每个组件,从而达到了现在的性能。"在论文中,科学家们还展示了用"颜色"标记生物分子的能力,使它们能够相互区分。这是通过使用组成染料分子的原子的几种同位素来实现的。(同位素是一种元素的不同形式,由于其原子核的中子数目有多有少,因此原子量也不同)。它们的键振动频率会随着原子质量的增减而变化。Wei说:"传统的荧光显微镜一次只能分辨出少数几种颜色,而BonFIRE则不同,它利用红外光激发不同的化学键,产生彩虹般的振动颜色。可以同时对同一样本中的许多不同目标进行标记和成像,以令人惊叹的细节揭示生命分子的多样性。我们希望能在不久的将来展示活细胞中数十种颜色的成像能力。"...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1378319.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1378319.htm

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新型二合一显微镜可详细观察细胞内部结构如今,科学家们已经能够使用功能强大的显微镜窥视细胞内部。要了解特定生物分子是如何作用和反应的,这一点非常重要。然而,这些工具也有一些缺点。以超分辨率荧光显微镜(SRM)为例。它非常适合追踪细胞中的单个分子(如蛋白质),但不能向科学家展示附近发生了什么。此外,虽然低温电子断层扫描(cryo-ET)可以获得高分辨率的细胞图像,但它无法精确定位单个分子在做什么。因此,美国能源部斯坦福线性加速器中心(SLAC)国家加速器实验室的研究人员着手将这两种成像技术结合到一台显微镜中。研究报告的第一作者彼得-达尔伯格(PeterDahlberg)说:"我们的目标是保持两种技术的优点。保留了荧光显微镜的分子特异性,所以你知道谁是谁,然后可以把它放在低温电子显微镜的高分辨率结构中。"荧光显微镜技术是用一种较小的分子标记单个分子,这种分子在光线照射下会发光。然后就可以在普通的--尽管分辨率非常高--光学显微镜下追踪该分子。低温电子显微镜使用电子显微镜来研究细胞等速冻样本。将这两种技术相结合后,研究人员立即遇到了需要克服的问题。首先,必须将含有荧光标记分子的细胞投放到直径仅为3毫米的低温电子显微镜网格上,然后快速冷冻,使网格上的水变成玻璃(玻璃化)。一旦冻结,细胞就必须保持冻结状态。第二个问题是冷冻细胞的大小--它们有数千纳米厚--但冷冻CT使用的电子无法穿透200纳米以下的深度。因此,研究人员开发了一种名为"聚焦离子束铣削系统"的设备,该设备附带扫描电子显微镜(FIB-SEM)。聚焦离子束会切割掉细胞材料,留下冷冻ET可以穿透的极薄的冷冻细胞片。然后,扫描电子显微镜向样品发射电子,生成高分辨率图像。原型FIB-SEM有一个问题:它没有连接光学显微镜,这意味着必须移动冷冻-ET网格才能进行荧光显微镜检查。幸运的是,解决方法很简单。Dahlberg说:"从根本上说,我们只是拆开了这台价值150万美元的精密仪器,安装了这个集成的光学显微镜,现在我们有了一个更好的系统。"研究人员在2020年测试了FIB-SEM,追踪细菌细胞内的蛋白质,发现它可以工作,但意识到冷冻ET网格的材料会吸收光线,破坏冷冻样本。因此,他们进行了一些调整,设计了更好的网格,并为光学显微镜制作了更好的平台。现在,研究人员正在设计不同种类的荧光标签--生物传感器--以便在低温条件下工作。生物传感器是一种荧光分子,能根据当地环境改变其发射或激发特性,在一种环境中发出一种颜色,而在另一种环境中则发出不同的颜色。Dahlberg说:"它们可以被调整为对pH值、适应数百种环境变量。因此,除了具体位置和高分辨率结构信息外,你还可以知道我的细胞是健康的还是生病的?即将进行细胞分裂?ATP浓度高吗?它提供了所有这些额外的内容。"研究人员将继续修补FIB-SEM,直到它得到优化并充分发挥其潜力。...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1389293.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1389293.htm

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显微镜自由:廉价镜超过数百万美元高档货使用现有超高分辨率和扩展显微镜方法(从左至右1-3)以及ONE显微镜技术(4、5)产生的微管蛋白图像。图片来源:bioRxiv“显微镜技术也应该有某种形式的自由。”Rizzoli指出,该技术的高分辨率适用于很多人,而不是少数有钱的实验室。传统光学显微镜的能力受到光学定律的限制,这意味着观测小于200纳米物体的结果是模糊的。Rizzoli说,研究人员已经开发出获得超越物理学的超高分辨率的方法,可以将这一极限降低到10纳米左右。这种方法获得了2014年诺贝尔化学奖,它使用光学技巧精确定位附着在蛋白质上的荧光分子。2015年,研究人员提出了另一种规避光学限制的方法。美国麻省理工学院神经工程师EdwardBoyden领导的研究小组发现,充气组织(尿布中使用的一种吸收性化合物)可以使细胞彼此远离。这种被称为膨胀显微镜的技术使显微镜分辨率有了飞跃,可以分辨20纳米左右的结构。Shaib和Rizzoli的技术融合了这两种方法,可以达到1纳米以下的分辨率。这种清晰度足以揭示单个蛋白质的形状,而此前通常使用更昂贵的结构生物学方法,如冷冻电镜,或X射线结晶学方法对这些蛋白质进行成像。膨胀显微镜的简单性是其具有吸引力的部分原因,Boyden估计,超过1000个实验室采用了这项技术。样品经过化学处理,将蛋白质固定在一种聚合物上,加入水后,聚合物会膨胀到原来的1000倍,使分子分离。ONE显微镜技术利用热或酶分解蛋白质,这样单个片段在膨胀过程中就会被拉伸到不同的方向。研究人员已经使用新方法获得了一种神经分子GABAA受体的图片,后者与蛋白质的高分辨率冷冻电镜和X射线结晶学图片非常相似。他们还捕捉到一种名为耳铁蛋白的大体积蛋白质的轮廓,这种蛋白质的结构尚未确定,它有助于在大脑中传递音频信号。这个形状类似于AlphaFold深度学习网络作出的结构预测。该方法无法与冷冻电镜的分辨率相匹配,后者在某些情况下可以揭示小于0.2纳米的近原子级细节。冷冻电镜技术既精细又昂贵。Rizzoli说,相比之下,ONE显微镜可以提供一种了解几乎任何分子结构的快速而简单的方法。Rizzoli说,开发这项技术的部分动机是扩大尖端光学显微镜的可及性。ONE显微镜技术简单,适用于20世纪90年代已过时的荧光显微镜。位于埃及的开罗德国大学制药技术专家SalmaTammam计划今年夏天派一名博士生学习这项技术。她的实验室正在研究纳米颗粒如何在细胞中移动,他们想要看到粒子及其运载物的细节。但与低收入和中等收入国家的许多研究人员一样,他们无法获得昂贵的超高分辨率显微镜。德国莱布尼茨分子药理学中心生物学家NoaLipstein说,扩大超高分辨率显微镜的应用范围对资金雄厚机构的科学家也很重要。她最近成立了一个独立的研究小组,并将ONE显微镜应用于对神经突触细节的研究。相关论文信息:https://doi.org/10.1101/2022.08.03.502284《中国科学报》(2023-04-19第2版 国际)...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1355601.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1355601.htm

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科学家研制出改进型中红外显微镜清晰度提高30倍这幅插图左上方是用中红外线照射的细菌,下方显微镜发出的可见光帮助捕捉图像。细菌内部的化学图像比传统的中红外显微镜清晰30倍。图片来源:2024Ideguchi等人/《自然-光子学》(NaturePhotonics)研究人员说,这一最新进展产生了120纳米的图像,比典型的中红外显微镜的分辨率提高了30倍。能够在更小的范围内更清晰地观察样本,有助于多个领域的研究,包括传染病研究,并为未来开发更精确的中红外成像技术开辟了道路。微观领域是病毒、蛋白质和分子的栖息地。借助现代显微镜,我们可以大胆地观察自己细胞的内部结构。但即使是这些令人印象深刻的工具也有其局限性。例如,超分辨率荧光显微镜需要用荧光标记标本。这有时会对样本产生毒性,而且在观察时长时间暴露在光线下会漂白样本,这意味着它们不再有用。电子显微镜也能提供令人印象深刻的细节,但样本必须置于真空中,因此无法研究活体样本。相比之下,中红外显微镜可以提供活细胞的化学和结构信息,而无需对细胞进行着色或破坏。然而,由于中红外显微镜的分辨率相对较低,它在生物研究中的应用受到了限制。超分辨荧光显微镜可以将图像缩小到数十纳米(1纳米为一毫米的百万分之一),而中红外显微镜通常只能达到3微米左右(1微米为一毫米的千分之一)。然而,东京大学的研究人员在一项新的突破中,实现了比以往更高的中红外显微镜分辨率。"我们的空间分辨率达到了120纳米,即0.12微米。"东京大学光子科学与技术研究所的TakuroIdeguchi教授解释说:"这一惊人的分辨率大约是传统中红外显微镜分辨率的30倍。"研究小组使用了"合成孔径"技术,该技术结合了从不同照明角度拍摄的多幅图像,以生成更清晰的整体图像。通常情况下,样品被夹在两个透镜之间。然而,透镜会无意中吸收部分中红外光。为了解决这个问题,研究人员将细菌样本(使用了大肠杆菌和RhodococcusjostiiRHA1)放在硅板上,硅板可以反射可见光并透过红外线。这样,研究人员就可以使用单透镜,用中红外光更好地照射样品,获得更详细的图像。"我们对能够如此清晰地观察细菌的胞内结构感到惊讶。我们显微镜的高空间分辨率可以让我们研究抗菌药耐药性等世界性问题,"Ideguchi说。"我们相信,我们可以从多个方向继续改进这项技术。如果我们使用更好的透镜和更短的可见光波长,空间分辨率甚至可以低于100纳米。有了更高的清晰度,我们希望研究各种细胞样本,以解决基础和应用生物医学问题。"编译来源:ScitechDaily...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1428501.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1428501.htm

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