神经生物学家发现了压力如何转化为恐惧 以及阻止它的方法

神经生物学家发现了压力如何转化为恐惧 以及阻止它的方法 发表在《科学》(Science)杂志上的最新研究确定了导致广泛恐惧体验的大脑生物化学和神经回路。图中,神经元显示为青色,逆行追踪器显示为黄色和品红色。资料来源:加州大学圣地亚哥分校斯皮策实验室但是,如果在没有实际威胁的情况下产生恐惧,就会对我们的健康造成危害。那些遭受过严重或危及生命的压力的人,即使在没有实际威胁的情况下,也会产生强烈的恐惧感。这种恐惧的泛化会对心理造成伤害,并可能导致长期的精神疾病,如创伤后应激障碍(PTSD)。在没有威胁的情况下,我们的大脑会产生恐惧感,这种由压力引起的机制一直是个谜。现在,加利福尼亚大学圣迭戈分校的神经生物学家确定了导致这种普遍恐惧体验的大脑生化变化,并绘制了神经回路图。他们的研究发表在《科学》杂志上,为如何预防恐惧反应提供了新的见解。背侧剑突是位于脑干的一个区域,图像中绿色显示的是血清素能神经元,红色显示的是病毒表达的 TdTomato 蛋白,黄色显示的是共聚焦细胞。加州大学圣地亚哥分校斯皮策实验室。图片来源:加州大学圣地亚哥分校斯皮策实验室恐惧研究的突破在报告中,前加州大学圣地亚哥分校助理项目科学家李慧泉(现为 Neurocrine Biosciences 公司高级科学家)、生物科学学院阿特金森家族特聘教授尼克-斯皮策(Nick Spitzer)和他们的同事描述了他们发现神经递质使大脑神经元能够相互沟通的化学信使是压力诱发广泛恐惧的根源的研究过程。研究人员通过对小鼠大脑中一个被称为背侧剑突的区域(位于脑干)进行研究,发现急性压力会诱发神经元中化学信号的转换,从兴奋性的"谷氨酸"神经递质转换为抑制性的"GABA"神经递质,从而导致普遍的恐惧反应。针对普遍恐惧的见解和干预措施加州大学圣地亚哥分校神经生物学系和卡夫利脑与心智研究所成员斯皮策说:"我们的研究结果为了解恐惧泛化的相关机制提供了重要见解。从这一分子细节层面了解这些过程的好处是知道发生了什么以及发生在哪里可以针对驱动相关疾病的机制进行干预"。使用共聚焦显微镜拍摄的大脑背侧急流区图像。资料来源:加州大学圣地亚哥分校斯皮策实验室压力诱导神经递质的转换被认为是大脑可塑性的一种形式,在这一新发现的基础上,研究人员随后对患有创伤后应激障碍的人的死后大脑进行了检查。在他们的大脑中也证实了类似的谷氨酸-GABA 神经递质转换。研究人员接下来找到了一种阻止产生广泛恐惧的方法。在小鼠经历急性应激之前,他们给小鼠的背侧剑突注射了一种腺相关病毒(AAV),以抑制负责合成 GABA 的基因。这种方法阻止了小鼠获得广泛性恐惧。此外,当小鼠在应激事件发生后立即服用抗抑郁药氟西汀(百忧解)时,递质转换和随后出现的广泛性恐惧就会被阻止。研究人员不仅确定了切换发射器的神经元位置,还展示了这些神经元与中央杏仁核和外侧下丘脑的连接,而这些脑区以前与其他恐惧反应的产生有关。斯皮策说,"既然我们已经掌握了压力诱发恐惧的核心机制以及实施这种恐惧的电路,那么干预措施就可以有针对性和特异性。"编译自:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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科学家发现脊髓神经机制带来的惊人记忆能力

科学家发现脊髓神经机制带来的惊人记忆能力 日本理化学研究所脑科学中心的竹冈绫(Aya Takeoka)及其团队确定了脊髓中独立于大脑促进运动学习的神经通路。他们的研究结果发表在4月11日的《科学》(Science)杂志上,研究人员发现了两组关键的脊髓神经元,一组是新的适应性学习所必需的,另一组则是学习后回忆适应性的神经元。这些发现可以帮助科学家开发出帮助脊髓损伤后运动恢复的方法。科学家们早就知道,即使没有大脑,脊髓的运动输出也可以通过练习进行调整。这一点在无头昆虫身上得到了最显著的体现,它们的腿仍然可以通过训练来避开外界的提示。到目前为止,还没有人搞清楚这是如何做到的,如果不了解这一点,这种现象就只能是一个怪异的事实。正如武冈解释的那样:"如果我们想了解健康人运动自动性的基础,并利用这些知识改善脊髓损伤后的恢复,那么深入了解其潜在机制是至关重要的。在这项研究中,将肢体位置与不愉快经历联系起来的脊髓仅在 10 分钟后就学会了调整肢体位置,并在第二天保留了记忆。而随机接受不愉快经历的脊髓则不会学习。资料来源:理化学研究所在深入研究神经回路之前,研究人员首先开发了一种实验装置,使他们能够在没有大脑输入的情况下研究小鼠脊髓的适应性,包括学习和回忆。每次试验都有一只实验鼠和一只后腿自由悬垂的对照鼠。如果实验鼠的后腿下垂过多,它就会受到电刺激,模仿小鼠想要避免的动作。对照组小鼠在同一时间接受同样的刺激,但与自己的后腿位置无关。即时学习和记忆保持观察仅仅过了 10 分钟,他们就观察到只有实验小鼠进行了运动学习;它们的腿仍然高高抬起,避免了任何电刺激。这一结果表明,脊髓可以将不愉快的感觉与腿部位置联系起来,并调整其运动输出,使腿部避免不愉快的感觉,而这一切都不需要大脑。24 小时后,他们重复了 10 分钟的测试,但将实验小鼠和对照组小鼠颠倒过来。原来的实验小鼠仍然保持着抬腿的姿势,这表明脊髓保留了对过去经历的记忆,从而干扰了新的学习。在脊髓中建立了即时学习和记忆之后,研究小组开始研究使这两种学习和记忆成为可能的神经回路。他们使用了六种类型的转基因小鼠,每种小鼠都有一组不同的脊髓神经元被禁用,并对它们进行了运动学习和学习逆转的测试。他们发现,脊髓顶端的神经元失效后,小鼠后肢无法适应以避免电击,尤其是那些表达Ptf1a基因的神经元。当他们在学习逆转过程中对小鼠进行检查时,发现沉默表达 Ptf1a 的神经元没有任何效果。相反,脊髓底部腹侧的一组表达En1基因的神经元却起了关键作用。当这些神经元在学习回避的第二天被沉默时,脊髓就像从未学习过任何东西一样。研究人员还在第二天通过重复最初的学习条件来评估记忆回忆。他们发现,在野生型小鼠中,后肢比第一天更快稳定地到达回避位置,这表明它们已经记住了。在回忆过程中激发En1神经元可将这一速度提高80%,表明运动回忆能力增强。竹冈说:"这些结果不仅挑战了运动学习和记忆仅局限于大脑回路的普遍观点,而且我们还证明了我们可以操纵脊髓运动记忆,这对旨在改善脊髓损伤后恢复的疗法具有重要意义。" ... PC版: 手机版:

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研究人员制造出混合大脑:让一个物种的神经元帮助另一个物种

研究人员制造出混合大脑:让一个物种的神经元帮助另一个物种 大鼠(红色)和小鼠(绿色)神经元的混合体在混合大脑中形成了环形气味处理中心什么是混合大脑?听起来像是科幻电影情节中的东西或者是史蒂夫-马丁主演的80年代古怪喜剧但它实际上是两个物种细胞的结合,发育成一个完整的功能性大脑。因此,杂交脑通过创建"合成"神经回路来恢复受损或退化大脑的功能,对于推动再生神经科学的发展非常重要。在哥伦比亚大学欧文医学中心研究人员领导的一项新研究中,大鼠干细胞在发育初期就被引入到小鼠细胞中,从而产生了利用整合的大鼠细胞嗅觉的小鼠大脑。哥伦比亚大学瓦格罗斯内外科医学院遗传学和发育学教授、该研究的共同通讯作者克里斯汀-鲍德温(Kristin Baldwin)说:"我们拥有漂亮的培养皿细胞模型和称为器官组织的三维培养物,它们都有各自的优点。但它们都无法让你确定细胞是否真正发挥了最高水平的功能。这项研究开始向我们展示,我们如何扩大大脑的灵活性,使其能够容纳来自人机界面或移植干细胞的其他类型的输入。"大鼠-小鼠嵌合体的制作示意图 Throesch 等人研究人员将大鼠胚胎干细胞植入小鼠胚泡(受精卵分裂而成的细胞团),然后将胚泡移植到代孕小鼠妈妈的子宫内发育。尽管在进化过程中存在差异(大鼠大脑发育较慢,体积较大),但研究人员观察到,大鼠细胞与小鼠神经元同步生长。在成熟的大鼠-小鼠或嵌合体中,大鼠细胞整合成整个小鼠大脑的神经回路,并与小鼠神经元形成活跃的连接。鲍德温说:"几乎在整个小鼠大脑中都能看到大鼠细胞,这让我们相当惊讶。它告诉我们,插入的障碍很少,这表明许多种小鼠神经元都可以被类似的大鼠神经元取代。"接下来是测试大鼠细胞的功能能力,以及它们是否能取代受损的小鼠神经元。研究人员开发了小鼠模型,这些小鼠的嗅觉神经元(OSNs)在基因上有缺陷或被消融,即被破坏,而嗅觉神经元是检测和传递气味信息的神经元。他们发现,大鼠细胞拯救了小鼠大脑。鲍德温说:"我们在每个小鼠笼子里都藏了一块饼干,结果非常惊讶地发现,它们能通过大鼠神经元找到饼干。"然而,与OSN被破坏的小鼠相比,OSN被基因沉默(即神经元存在,只是不工作)的小鼠找到饼干的成功率较低。这表明,增加替代神经元并非"即插即用"。如果想获得功能性替代神经元,可能需要清空闲置在那里的功能障碍神经元,这可能是某些神经退行性疾病的情况,也可能是自闭症和精神分裂症等神经发育障碍的情况。研究人员在研究中遇到的一个问题是,大鼠细胞随机分布在不同的小鼠体内,这阻碍了他们将研究扩展到其他神经系统。目前,他们正试图找到驱动插入细胞发育成特定细胞类型的方法,这可能会提供更高的精确度。扫清这一障碍将为创造具有灵长类神经元的混合大脑铺平道路,这将帮助我们更接近了解人类疾病。这项研究发表在《细胞》杂志上。 ... PC版: 手机版:

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科学家可能发现了自闭症的第一个征兆:异常巨大的大脑

科学家可能发现了自闭症的第一个征兆:异常巨大的大脑 一些患有自闭症的儿童面临着严重、持久的挑战,包括发育迟缓、社交障碍,甚至可能无法说话。与此同时,其他儿童的症状可能会随着时间的推移而减轻。在此之前,这种结果上的差异对科学家来说一直是个谜。加州大学圣地亚哥分校的研究人员在《分子自闭症》(Molecular Autism)杂志上发表的一项新研究首次揭示了这一问题。研究结果包括这两种亚型自闭症的生物学基础是在子宫内形成的。研究人员利用10名1至4岁患有特发性自闭症(未找到单基因病因)的幼儿的血液干细胞,创建了大脑皮质器官(BCOs)或胎儿皮质模型。他们还从六名神经正常的幼儿身上制造出了大脑皮层有机体。大脑皮层通常被称为灰质,位于大脑外侧。它拥有数百亿个神经细胞,负责意识、思维、推理、学习、记忆、情感和感官功能等基本功能。研究结果包括根据在不同年份(2021 年和 2022 年)进行的两轮研究,患有自闭症的幼儿的 BCO 比神经畸形对照组的 BCO 大得多,大约大 40%。每一轮研究都要从每位患者身上提取数百个器官组织。研究人员还发现,自闭症幼儿的 BCO 生长异常与他们的疾病表现有关。幼儿的 BCO 体积越大,他们日后的社交和语言症状就越严重,核磁共振成像显示的大脑结构也越大。与神经正常的同龄人相比,BCO 过度增大的幼儿在社交、语言和感官脑区的体积比正常幼儿要大。桑福德干细胞研究所(SSCI)太空干细胞轨道综合研究中心主任阿利森-穆奥特里(Alysson Muotri)博士说:"大脑并不一定越大越好。"她是癌症干细胞生物学领域领先的医生科学家,其研究探索了空间如何改变癌症进展这一基本问题。穆奥特里还是加州大学圣地亚哥分校医学院儿科学系和细胞与分子医学系的教授。更重要的是,所有自闭症儿童的脑器质性组织,无论严重程度如何,其生长速度都比神经正常儿童快三倍左右。一些最大的脑器质性组织来自最严重、最顽固的自闭症儿童的神经元也在加速形成。幼儿的自闭症越严重,他们的脑器质性组织的生长速度就越快,有时甚至发展到神经元过剩的地步。与穆奥特里共同领导这项研究的医学院神经科学系教授、博士埃里克·库尔切森(Eric Courchesne)称这项研究是"独一无二的"。他说,将自闭症儿童的数据(包括智商、症状严重程度和核磁共振成像等影像学检查)与相应的BCO或类似的干细胞衍生模型相匹配,是非常有意义的。但奇怪的是,在他们的工作之前,还没有开展过此类研究。"自闭症的核心症状是社交情感和沟通问题,"兼任加州大学圣地亚哥分校自闭症卓越中心联合主任的库尔切森说。"我们需要了解造成这些问题的潜在神经生物学原因,以及它们是何时开始的。我们是第一个设计自闭症干细胞研究这一具体和核心问题的人。"长期以来,人们一直认为自闭症是一种复杂的渐进性疾病,始于产前,涉及多个阶段和过程。虽然自闭症患者没有两个是相同的就像神经正常的人没有两个是相同的一样但患有这种神经发育疾病的人一般可分为两类:一类是社交障碍严重,需要终生照顾,甚至可能不说话;另一类是病情较轻,最终发展出良好的语言能力和社交关系。科学家们还无法确定为什么会存在至少两类自闭症患者。他们也无法在产前识别自闭症儿童,更不用说预测他们的病情可能有多严重了。现在,库尔切森和穆奥特里已经确定大脑过度生长始于子宫内,他们希望找出其原因,以便开发出一种疗法,缓解这种疾病患者的智力和社交功能。编译来源:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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神经科学家揭示大脑如何决定记忆内容

神经科学家揭示大脑如何决定记忆内容 最近的研究发现,海马体中的"锐波涟漪"是一种大脑机制,它决定了哪些日常经历会成为永久记忆,闲暇时的显著涟漪会导致睡眠中的记忆巩固。神经科学家在过去几十年中发现,大脑会在当晚的睡眠中将一些日常经历转化为持久记忆。最近的一项研究介绍了一种机制,它能决定哪些记忆足够重要,可以保存在大脑中,直到睡眠将其永久固化。在纽约大学格罗斯曼医学院研究人员的领导下,这项研究围绕着被称为神经元的脑细胞展开,这些神经元通过"发射"或使其正负电荷的平衡发生波动来传输编码记忆的电信号。在一个名为海马体的大脑区域中,大群神经元有节奏地循环发射信号,在几毫秒内产生信号序列,这些信号可以编码复杂的信息。这些向大脑其他部分发出的"呼喊"被称为"尖波涟漪",代表了 15% 的海马神经元近乎同时发射的信号,因其活动被电极捕捉并记录在图表上时所呈现的形状而得名。过去的研究将波纹与睡眠中记忆的形成联系在一起,而最近发表在《科学》杂志上的这项新研究发现,紧接着5到20个尖锐波纹的白天事件在睡眠中会被更多地重放,从而巩固为永久记忆。而很少或没有尖锐波纹的事件则无法形成持久记忆。该研究的资深作者、纽约大学朗贡卫生院神经科学与生理学系比格斯神经科学教授、医学博士 György Buzsáki 说:"我们的研究发现,尖锐波纹是大脑用来'决定'保留和丢弃什么的生理机制。"这项新研究基于一个已知的模式:包括人类在内的哺乳动物会体验世界片刻,然后暂停,再体验一会儿,然后再暂停。研究报告的作者说,在我们关注某件事情之后,大脑计算往往会切换到一种"闲置"的重新评估模式。这种瞬间停顿在一天中都会发生,但最长的空闲期发生在睡眠中。Buzsaki 及其同事之前已经证实,当我们积极探索感官信息或移动时,不会出现锐波纹波,只有在之前或之后的空闲停顿期间才会出现锐波纹波。目前的研究发现,尖锐的波状三角形代表了觉醒后这种停顿期间的自然标记机制,标记的神经元模式会在任务后的睡眠中重新激活。重要的是,我们知道尖锐的波状纹是由海马"位置细胞"按照特定顺序发射的,我们进入的每一个房间和老鼠进入的每一个迷宫臂都是由这种细胞编码的。对于被记住的记忆,同样的细胞会在我们睡觉时高速发射,"每晚回放记录的事件数千次"。这个过程加强了相关细胞之间的联系。在本次研究中,研究小组通过电极跟踪了小鼠连续运行迷宫的过程,这些海马细胞群尽管记录的经历非常相似,但却随着时间的推移而不断变化。这首次揭示了在迷宫运行过程中,涟漪在清醒时暂停,然后在睡眠时重放。当小鼠在每次跑完迷宫后停下来享用含糖食物时,通常会记录到尖锐的波状瘫痪。作者说,小鼠食用奖励后,大脑就会从探索模式切换到闲置模式,从而出现锐波瘫痪。通过使用双面硅探针,研究小组能够在迷宫运行期间同时记录动物海马中的多达 500 个神经元。这反过来又带来了挑战,因为独立记录的神经元越多,数据就会变得异常复杂。为了获得对数据的直观理解、可视化神经元活动并形成假设,研究小组成功地减少了数据的维数,在某种程度上就像把三维图像转换成平面图像一样,而且没有失去数据的完整性。第一作者、布扎基实验室的研究生杨婉楠(Winnie)博士说:"我们努力将外部世界排除在外,研究哺乳动物大脑先天和潜意识中将某些记忆标记为永久记忆的机制。为什么会进化出这样一个系统仍然是个谜,但未来的研究可能会揭示出一些设备或疗法,它们可以调整尖锐的波纹,从而改善记忆,甚至减少对创伤事件的回忆"。编译来源:ScitechDaily参考文献:《海马体锐波涟漪对记忆经验的选择》,作者:Wannan Yang、Chen Sun、Roman Huszár、Thomas Hainmueller、Kirill Kiselev 和 György Buzsáki,2024 年 3 月 28 日,《科学》。DOI: 10.1126/science.adk8261 ... PC版: 手机版:

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大脑如何从恐惧和失败中学习

大脑如何从恐惧和失败中学习 大脑是如何促进这种学习的呢?正强化和负强化是大脑评估系统中的重要机制。释放神经递质多巴胺的神经元通过增加或减少其活性来表示结果比预期的好或坏。同时,越来越多的证据表明,大脑的其他部分对"消极"和"积极"的处理方式是不同的。负面经历通常会引发显著的唤醒效应,激活新皮层的特定部分。这种激活有助于我们关注相关特征,并从体验中学习,这一概念被称为"厌恶学习的注意力"。由巴拉兹-汉格亚(Balazs Hangya)领导的 HUN-REN 实验医学研究所的研究人员探索了哪些脑区和神经元类型参与了厌恶学习。他们发表在《自然-通讯》(Nature Communications)上的研究揭示,在布罗卡对角带(HDB)水平肢中表达蛋白质副发光素(PV)的长程投射抑制性神经元在这一过程中发挥着至关重要的作用。 副发光素表达轴突(黄色)与内隔膜中的胆碱能神经元(青色)接触。图片来源:Panna Hegedüs。摘自 Hegedüs 等人,2024 年,《自然通讯》。 神经元功能和实验结果这些 HDB-PV 神经元以快速活动而闻名,它们向新皮层传递唤醒效应,并控制对认知功能至关重要的伽马振荡。因此,它们似乎是介导"厌恶学习注意"的最佳候选神经元。Hangya 团队的研究表明,这些神经元确实会被实验小鼠的厌恶事件所招募,比如小鼠努力躲避的脸上突如其来的一缕空气,或者恐惧的捕食者的气味。 厌恶事件的影响厌恶事件会激活一系列通路,导致大脑产生一系列后果。首先,它们会促进回避行为,从而降低承受负面影响的风险。其次,它们通过激活新皮质的相关部分来提高唤醒度和注意力,帮助机体应对情况。第三,它们有助于学习如何避免或减轻未来类似的情景。该研究的第一作者潘娜-赫格杜斯(Panna Hegedüs)指出:"从负面经验中学习是一种根深蒂固的古老生存策略。它甚至可以超越正强化的效果。"Hangya的研究小组使用了一种名为光遗传学的技术,这种技术可以使特定的细胞类型(在本例中为HDB-PV神经元)对光敏感。这些技术可以通过小型光导纤维定时向脑组织输送光线,从而精确激活或抑制神经元的活动。他们发现,激活 HDB-PV 神经元并不会引起小鼠的回避行为,这表明该通路并不参与主动回避(如寻找庇护所),而更有可能介导由厌恶刺激引起的注意力和/或学习方面的行为。事实上,当他们用光遗传学方法阻断神经元对面部气流的反应时,小鼠无法学习辨别预测性听觉刺激,预测可能或不可能出现的气流。该实验证明,HDB-PV神经元是学习厌恶刺激的必要条件。 神经元不是孤立行动的,而是具有不同输入和输出途径的复杂回路的一部分。Hangya 的研究小组与同一研究所的 Gabor Nyiri 及其同事一起绘制了 HDB-PV 神经元的输入和输出图。他们发现,这些细胞整合了多种厌恶信息源,包括来自下丘脑和脑干剑突核的重要通路。反过来,它们又将整合后的信息传递给所谓的边缘系统,该系统广泛负责行为和情绪反应,包括对存储和回忆偶发记忆非常重要的隔海马系统。此外,抑制性 HDB-PV 细胞大多以这些区域中的其他抑制性神经元为目标,因此很可能解除对兴奋性细胞的抑制,让它们更加活跃这是一种普遍存在的大脑机制,被称为"去抑制"(disinhibition)。 这项研究表明,长程抑制性 HDB-PV 神经元会被厌恶性刺激所招募,通过提高特定目标区域的皮层兴奋性(可能是通过解除抑制)来发挥重要的联想学习功能。因此,至少对厌恶性刺激而言,HDB-PV 神经元可能是'学习注意力'概念的物理基础。"在包括焦虑症和抑郁症在内的各种精神疾病中,都可以观察到积极和消极情绪处理失调的现象。因此,了解大脑如何编码负价以及负价如何促进学习至关重要,"Heggedüs总结道。编译自/scitechdaily ... PC版: 手机版:

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生物学家构建了迄今为止最全面的鸟类族谱图 时间横跨9300万年

生物学家构建了迄今为止最全面的鸟类族谱图 时间横跨9300万年 这些技术使研究人员能够高精度、高速度地分析大量基因组数据,为构建有史以来最全面的鸟类家谱奠定了基础。4月1日发表在《自然》(Nature)和《美国国家科学院院刊》(PNAS)上的两篇互补性论文详细介绍了这一进展。《自然》杂志报道的更新家系揭示了6600万年前恐龙灭绝后鸟类进化史的模式。发表在《自然》杂志上的最新鸟类家谱,勾勒出 363 种鸟类之间 9,300 万年的进化关系。图片来源:Jon Fjeldså(绘图)和 Josefin Stiller研究人员观察到,早期鸟类的有效种群数量、替代率和相对脑容量都急剧增加,这为我们揭示这一关键事件之后推动鸟类多样化的适应机制提供了新的线索。在发表于《美国国家科学院院刊》(PNAS)的相关论文中,研究人员仔细研究了新家谱的一个分支,发现火烈鸟和鸽子的亲缘关系比之前的全基因组分析所显示的更远。这项工作是由哥本哈根大学、浙江大学和加州大学圣地亚哥分校牵头的多机构合作项目"鸟类万基因组(B10K)项目"的一部分,该项目旨在为约10500种现存鸟类生成基因组序列草案。"我们的目标是重建所有鸟类的整个进化史,"加州大学圣地亚哥分校雅各布斯工程学院电子与计算机工程教授西亚瓦什-米拉拉布说,他是《自然》论文的共同资深作者,也是《美国科学院院报》论文的第一作者和共同通讯作者。这些研究的核心是一套名为"ASTRAL"的算法,米拉拉布实验室开发了这套算法,以前所未有的可扩展性、准确性和速度推断进化关系。通过利用这些算法的强大功能,研究小组整合了来自 6 万多个基因组区域的基因组数据,为他们的分析提供了强大的统计基础。研究人员随后研究了整个基因组中各个片段的进化历史。在此基础上,他们拼凑出了一棵马赛克基因树,然后将其编入一棵综合物种树。这种细致入微的方法使研究人员能够构建一个新的、经过改进的鸟类家系,即使在历史不确定的情况下,也能非常精确和详细地描述复杂的分支事件。米拉拉布说:"我们发现,我们在分析中加入数万个基因的方法实际上是解决鸟类物种之间进化关系的必要条件。需要所有这些基因组数据,才能以很高的置信度还原6500万-6700万年前的这段特定时期发生了什么"。在发表于《美国国家科学院院刊》(PNAS)上的这项研究中,研究人员仔细研究了更新的鸟类家谱中的一个分支,发现包括火烈鸟和鸽子在内的鸟类群体的亲缘关系比以前的全基因组分析所显示的要远,并将这一结果归因于第 4 号染色体上的一个不寻常区域。图片来源:Ed Braun(绘图)、Daniel J. Field(鸟类图片)和 Siavash Miarab该团队之所以能够在海量数据集上进行这些分析,是因为米拉拉布实验室设计的计算方法能够在功能强大的 GPU 机器上运行。他们在加州大学圣地亚哥分校圣地亚哥超级计算机的Expanse超级计算机上进行了计算。米拉拉布说:"我们很幸运能够使用如此高端的超级计算机。如果没有Expanse,我们就无法在合理的时间内对如此庞大的数据集进行运行和重新运行分析。"研究人员还研究了不同基因组取样方法对树的准确性的影响。他们发现,两种策略对每个物种的许多基因进行测序,以及对许多物种进行测序结合在一起,对重建这一进化史非常重要。哥本哈根大学生物学教授、《自然》论文第一作者约瑟芬-斯蒂勒(Josefin Stiller)说:"因为混合使用了这两种策略,所以我们可以测试哪种方法对系统发育重建的影响更大,从每种生物体中采样许多基因序列比从更广泛的物种中采样更重要,尽管后一种方法有助于我们确定不同群体进化的时间。"借助先进的计算方法,研究人员还揭示了他们在之前的一项研究中发现的不寻常之处:鸟类基因组中一条染色体的特定部分数百万年来一直保持不变,没有出现预期的基因重组模式。这一反常现象最初导致研究人员错误地把火烈鸟和鸽子归为进化上的表亲,因为根据这一段未变的DNA,它们似乎关系密切。这是因为他们之前的分析是基于48种鸟类的基因组。但通过使用363个物种的基因组重复分析,他们发现了一个更准确的家族树,它将鸽子与火烈鸟的关系进一步拉近。此外,通过使用由洛克菲勒大学神经生物学教授埃里希-贾维斯(Erich Jarvis)领导的脊椎动物基因组计划(Vertebrate Genome Project,VGP)提供的六个高质量基因组,米拉布及其同事能够发现并推测出这种令人惊讶的模式。佛罗里达大学生物学教授、《美国科学院院刊》(PNAS)论文共同通讯作者爱德华-布劳恩(Edward Braun)说:"令人惊讶的是,这段被抑制的重组时期可能会误导分析。正因为它可能会误导分析,所以在未来的6000多万年后,它实际上是可以被检测到的。这才是最酷的部分。"这项工作的影响远远超出了对鸟类进化史的研究。米拉拉布实验室首创的计算方法已成为重建其他各种动物进化树的标准工具之一。下一步,研究小组将继续努力构建鸟类进化的完整图景。生物学家们正在对更多鸟类物种的基因组进行测序,希望能将家谱扩展到数千个鸟属。与此同时,米拉拉布领导的计算科学家们正在改进他们的算法,以适应更大的数据集,确保在未来的研究中能够高速、准确地进行分析。编译来源:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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