科学家用尖端人工智能揭开蛋白质的秘密

科学家用尖端人工智能揭开蛋白质的秘密 该工具由 KAUST 生物信息学研究员 Maxat Kulmanov 及其同事开发,在预测蛋白质功能方面优于现有的分析方法,甚至能够分析现有数据集中没有明确匹配的蛋白质。该模型被称为 DeepGO-SE,它利用了类似于 Chat-GPT 等生成式人工智能工具所使用的大型语言模型。然后,它根据蛋白质工作方式的一般生物学原理,利用逻辑蕴含得出关于分子功能的有意义的结论。从本质上讲,它通过构建部分世界模型(在本例中为蛋白质功能),并根据常识和推理推断出在这些世界模型中应该发生的事情,从而赋予计算机逻辑处理结果的能力。一种新的人工智能(AI)工具能对未知蛋白质的功能进行逻辑推理,有望帮助科学家揭开细胞内部的奥秘。图片来源:© 2024 KAUST; Ivan Gromicho他补充说:"这种方法有很多应用前景,"KAUST 生物本体论研究小组负责人罗伯特-霍恩多夫(Robert Hoehndorf)说,"特别是当需要对神经网络或其他机器学习模型生成的数据和假设进行推理时。"库尔曼诺夫和霍恩多夫与KAUST的斯特凡-阿罗德(Stefan Arold)以及瑞士生物信息学研究所的研究人员合作,评估了该模型破译那些在体内作用未知的蛋白质功能的能力。该工具成功地利用了一种鲜为人知的蛋白质的氨基酸序列数据及其与其他蛋白质的已知相互作用,并精确地预测了其分子功能。该模型非常精确,在一次国际功能预测工具竞赛中,DeepGO-SE 在 1600 多种算法中名列前 20 位。KAUST 团队目前正在利用这一工具研究在沙特阿拉伯沙漠极端环境中生长的植物中发现的神秘蛋白质的功能。他们希望这些发现将有助于确定生物技术应用中的新型蛋白质,并希望其他研究人员也能使用这一工具。库尔曼诺夫解释说:"DeepGO-SE分析未表征蛋白质的能力可以促进药物发现、代谢通路分析、疾病关联、蛋白质工程、筛选感兴趣的特定蛋白质等任务。"编译来源:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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科学家发现制作良好植物性蛋白质的“终极方法”

科学家发现制作良好植物性蛋白质的“终极方法” 人们普遍认为,减少肉类和奶酪的消费,转而食用植物食品是有益的。然而,当我们在超市的冷藏区面对传统的动物性食品和环保的替代蛋白质之间做出选择时,我们并不总是做出具有环保意识的选择。尽管现在很多植物性食品都有很好的风味,但往往缺乏"正确"的口感。此外,一些植物蛋白替代品在加工过程中会消耗资源,因此并不具有可持续性。但是,如果有可能制造出可持续的、富含蛋白质且口感适宜的食品呢?哥本哈根大学的最新研究为这一设想提供了动力。关键是什么?蓝绿藻。这种蓝绿藻并不是夏天在海中成为毒汤的那种臭名昭著的蓝绿藻,而是无毒的蓝绿藻。在玻璃管中培养微藻的封闭式光生物反应器。图片来源:IGV 生物技术公司,CC BY-SA 3.0 DEED"蓝绿藻是一种活的生物体,我们已经能够让它们产生一种它们无法自然产生的蛋白质。尤其令人兴奋的是,这种蛋白质是以纤维状形成的,有点像肉类纤维。"食品科学系的 Poul Erik Jensen 教授说:"我们有可能将这些纤维用于植物性肉类、奶酪或其他一些我们追求特殊口感的新型食品中。"在一项新的研究中,詹森和哥本哈根大学等机构的研究人员表明,通过将外来基因插入蓝藻,蓝藻可以作为新蛋白质的宿主生物。在蓝藻体内,这种蛋白质以细线或纳米纤维的形式组织起来。最少的加工 - 最大的可持续性全世界的科学家都把蓝藻和其他微藻作为潜在的替代食品。部分原因是蓝藻和其他微藻与植物一样,通过光合作用生长,部分原因是它们本身含有大量蛋白质和有益健康的多不饱和脂肪酸。"能够操纵一个活的生物体生产出一种新型蛋白质,并将其自身组织成线,这种程度是很少见的,而且非常有前途。此外,由于蓝藻依靠水、大气中的二氧化碳和太阳光生存,因此它是一种很容易持续生长的生物。这项成果赋予蓝藻作为可持续原料的更大潜力,"专门从事植物性食品和植物生物化学研究的普尔-埃里克-延森(Poul Erik Jensen)热情洋溢地说道。世界各地的许多研究人员都在努力为植物性食品(如豌豆和大豆)开发富含蛋白质的质地增强剂。然而,这需要大量的加工过程,因为需要将种子磨碎并从中提取蛋白质,以获得足够高的蛋白质浓度。"如果我们能在食品中利用整个蓝藻,而不仅仅是蛋白质纤维,就能最大限度地减少所需的加工量。"詹森说:"在食品研究中,我们力求避免过多的加工,因为这不仅会影响食材的营养价值,还会消耗大量能源。"“明天的牛”教授强调说,从蓝藻开始生产蛋白质链还需要相当长的时间。首先,研究人员需要弄清楚如何优化蓝藻蛋白质纤维的生产。但詹森对此持乐观态度:"我们需要对这些生物进行改良,以生产更多的蛋白质纤维,同时'劫持'蓝藻为我们工作。这有点像我们劫持奶牛为我们生产大量牛奶。只不过在这里,我们避免了任何有关动物福利的伦理考虑。我们不会在明天就达到目标,因为我们必须学会解决生物体内的一些新陈代谢难题。但我们已经在这个过程中了,我相信我们一定能成功,如果是这样,这就是制造蛋白质的终极方法。"一些国家已经开始工业化种植螺旋藻等蓝藻,主要用于健康食品。生产通常在露天下的“赛道池塘”中进行,或在光生物反应器室中进行,生物在玻璃管中生长。詹森认为,丹麦是建立"微藻工厂"生产加工蓝藻的理想之地。丹麦拥有具备适当技能的生物技术公司和高效的农业部门。"丹麦农业原则上可以生产蓝藻和其他微藻,就像今天生产乳制品一样。可以每天收获或挤出一部分细胞作为新鲜的生物质。通过浓缩蓝藻细胞,你可以得到一种看起来像香蒜酱,但含有蛋白质链的东西。只需极少的加工,它就可以直接加入食品中。"编译自:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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人工智能科学家又获奖:2024年诺贝尔化学奖授予三位预测蛋白质结构的科学家

人工智能科学家又获奖:2024年诺贝尔化学奖授予三位预测蛋白质结构的科学家 当地时间10月9日,瑞典皇家科学院宣布,将2024年诺贝尔化学奖授予三位科学家,其中,一半授予美国华盛顿大学的大卫·贝克 (David Baker),以表彰其在计算蛋白质设计方面的贡献,另一半则共同授予英国伦敦人工智能公司谷歌DeepMind公司的丹米斯·哈萨比斯(Demis Hassabis)和约翰·乔普(John M. Jumper),以表彰其在蛋白质结构预测方面的贡献。诺奖官网称,今年的三位诺贝尔化学奖得主破解了蛋白质惊人结构的密码。2024年诺贝尔化学奖的主题是蛋白质生命中精妙的化学工具。化学奖得主大卫·贝克成功完成了几乎不可能完成的任务,制造出了全新的蛋白质。他的共同获奖者丹米斯·哈萨比斯和约翰·乔普开发了一种人工智能模型来解决一个50 年前的问题:预测蛋白质的复杂结构。这些发现具有巨大的潜力。此前,诺贝尔化学奖已颁发过115 次,已颁发给194位获奖者。由于英国化学家弗雷德里克·桑格尔(Frederick Sanger)和美国化学家巴里·夏普勒斯(Barry Sharpless)曾两次获得该奖项。因此,自1901年以来,共有192人获得过诺贝尔化学奖。昨天,两位人工智能先驱获2024年诺贝尔物理学奖。当地时间10月8日,瑞典皇家科学院宣布,将2024年诺贝尔物理学奖授予美国普林斯顿大学的约翰·霍普菲尔德(John J. Hopfield)和加拿大多伦多大学的杰弗里·辛顿(Geoffrey E. Hinton),以表彰他们“为推动利用人工神经网络进行机器学习作出的基础性发现和发明”(for foundational discoveries and inventions that enable machine learning with artificial neural networks)。两位获奖者将平分1100万瑞典克朗(约合745万元人民币)奖金。此前5年的诺贝尔化学奖2023年诺贝尔化学奖授予美国麻省理工学院教授蒙吉·G·巴文迪(Moungi G. Bawendi)、美国哥伦比亚大学教授路易斯·E·布鲁斯(Louis E. Brus)和美国纳米晶体技术公司前首席科学家阿列克谢·伊基莫夫(Alexei Ekimov),以表彰他们在发现和合成量子点(quantum dots)方面作出的贡献。2022年诺贝尔化学奖授予美国化学家卡罗琳·贝尔托西(Carolyn R. Bertozzi)、丹麦化学家摩顿·梅尔达尔(Morten Meldal)和美国化学家卡尔·巴里·夏普利斯(K. Barry Sharpless),以表彰他们在点击化学和生物正交化学研究方面的贡献。2021年诺贝尔化学奖授予德国科学家本杰明·李斯特 (Benjamin List) 和美国科学家戴维·麦克米伦 (David MacMillan),以表彰他们对不对称有机催化的发展所作出的贡献。2020年诺贝尔化学奖授予法国科学家埃马纽埃尔·卡彭蒂耶(Emmanuelle Charpentier)和美国科学家詹妮弗·杜德纳(Jennifer A. Doudna),以表彰她们在“凭借开发基因组编辑方法”方面作出的贡献。2019年诺贝尔化学奖授予美国科学家约翰·古迪纳夫(John B. Goodenough)、英国化学家斯坦利·威廷汉(M. Stanley Whittingham)和日本科学家吉野彰(Akira Yoshino),以表彰他们在锂离子电池领域的贡献。 -电报频道- #娟姐新闻:@juanjienews

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牛津大学科学家发现早期癌症检测的关键蛋白质 确诊前7年多就可检测到

牛津大学科学家发现早期癌症检测的关键蛋白质 确诊前7年多就可检测到 由英国癌症研究中心(Cancer Research UK)资助、牛津人口健康中心(Oxford Population Health)开展的两项研究发现,血液中的蛋白质有可能在癌症确诊前七年就提醒人们癌症的存在。研究人员确定了与19种不同癌症类型相关的618种蛋白质,其中包括在癌症确诊前至少7年采集血样的人体内发现的107种蛋白质。研究小组发现,这些蛋白质可能在癌症的最早期阶段就参与其中,从而可以预防癌症。他们认为,其中一些蛋白质可用于比目前更早地检测癌症。将来,这将有助于在更早的阶段治疗或完全预防癌症。英国癌症研究中心正在资助研究人员寻找癌症的最早征兆,这也是该中心通过研究预防癌症的长期战略的一部分。在这些研究中,研究小组使用了一种名为蛋白质组学的强大技术。蛋白质组学使科学家能够在一个时间点上分析组织样本中的大量蛋白质,了解它们之间的相互作用,并发现不同组织样本中蛋白质的重要差异。在第一项研究中,科学家们分析了英国生物库中的血液样本,这些样本来自 44000 多人,其中有 4900 多人后来被诊断出患有癌症。研究小组利用蛋白质组学分析了每人一份血液样本中的 1463 种蛋白质。他们比较了被确诊为癌症和未被确诊为癌症的人的蛋白质,寻找他们之间的重要差异,并找出哪些蛋白质与癌症风险有关。科学家们还发现了癌症确诊前三年血液中存在差异的 182 种蛋白质。在第二项研究中,科学家们研究了 30 多万个癌症病例的基因数据,深入探讨了哪些血液蛋白与癌症的发展有关,哪些可以成为新疗法的目标。科学家发现,血液中的 40 种蛋白质会影响一个人罹患 9 种不同癌症的风险。虽然改变这些蛋白质可能会增加或减少人们患癌的几率,但科学家们也发现,在某些情况下,这可能会导致意想不到的副作用。不过,研究小组强调,他们还需要做进一步的研究,以找出这些蛋白质在癌症发展中的确切作用、哪些蛋白质是最可靠的检测指标、可以开发哪些检测方法来在临床上检测这些蛋白质,以及哪些药物可以靶向这些蛋白质。牛津人口健康研究所高级营养流行病学家、第一项研究的共同第一作者凯伦-帕皮尔(Keren Papier)博士说:"为了挽救更多癌症患者的生命,我们需要更好地了解癌症早期发生了什么。来自数千名癌症患者的数据揭示了血液中的蛋白质如何影响我们的癌症风险,这确实令人兴奋。现在,我们需要深入研究这些蛋白质,看看哪些蛋白质可以可靠地用于预防。"共同第一作者约书亚-阿特金斯博士说:"我们与生俱来的基因以及由这些基因产生的蛋白质对癌症的发生和发展有着巨大的影响。感谢成千上万向英国生物库提供血液样本的人,我们正在建立一幅更全面的图景,了解基因如何在多年内影响癌症的发展。"牛津人口健康研究所高级分子流行病学家、第一篇论文的资深作者和第二篇研究报告的第一作者卡尔-史密斯-伯恩博士说:"我们已经预测了人体可能对针对特定蛋白质的药物做出的反应,包括许多潜在的副作用。在进行任何临床试验之前,我们已经掌握了一些早期迹象,知道哪些蛋白质可能会因为意外的副作用而成为我们避免使用的靶点。这项研究让我们离利用靶向药物预防癌症的目标更近了一步这曾经被认为是不可能的,但现在却更容易实现了。"牛津大学人口健康研究所高级分子流行病学家、这两项研究的资深作者露丝-特拉维斯(Ruth Travis)教授说:"要想预防癌症,我们就必须了解导致癌症早期发展的因素。这些研究非常重要,因为它们提供了许多有关多种癌症的病因和生物学特性的新线索,包括对癌症确诊前几年发生的事情的深入了解。我们现在拥有的技术可以对数千个癌症病例中的数千种蛋白质进行研究,确定哪些蛋白质在特定癌症的发展过程中起作用,哪些蛋白质可能对多种癌症类型有共同的影响"。英国癌症研究中心研究与创新执行主任 Iain Foulkes 博士说:"预防癌症意味着要注意疾病最早的预警信号。这意味着要进行深入细致的研究,找到我们应该密切关注的分子信号。这项研究的发现是向提供预防性疗法迈出的关键性的第一步,而预防性疗法是让人们过上更长、更美好的生活,远离癌症恐惧的最终途径。"编译来源:ScitechDailyDOI: 10.1038/s41467-024-48017-6DOI: 10.1038/s41467-024-46834-3 ... PC版: 手机版:

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科学家用最先进的成像技术揭开细胞结构的神秘面纱

科学家用最先进的成像技术揭开细胞结构的神秘面纱 沿纵轴切开并从上方观察的人类中心粒模型。图片来源:© CentrioleLab这种细胞器对细胞骨架的组织至关重要,在功能障碍的情况下与某些癌症、脑部疾病或视网膜疾病有关。这项发表在《细胞》(Cell)杂志上 的研究成果阐明了中心粒组装的复杂性。它还为研究其他细胞器开辟了许多新途径。细胞器的形成是按照连续的蛋白质招募事件的精确序列进行的。通过实时观察这种组装过程,可以更好地了解这些蛋白质在细胞器结构或功能中的作用。然而,要获得具有足够分辨率的视频序列来分辨如此复杂的显微元件,却面临着许多技术限制。为更好地观察细胞而充气中心粒尤其如此,这个尺寸不到 500 纳米(千分之五毫米)的细胞器由大约 100 种不同的蛋白质组成,分为六个亚结构域。直到几年前,人们还无法看到中心粒结构的细节。联合国大学理学院分子和细胞生物学系联合研究主任保罗-吉夏尔(Paul Guichard)和维吉妮-哈梅尔(Virginie Hamel)的实验室利用膨胀显微镜技术改变了这一局面。这项尖端技术可以使细胞及其成分在不变形的情况下逐渐膨胀,这样就可以使用传统显微镜以极高的分辨率对它们进行观察。以如此高的分辨率获取中心粒图像可以确定蛋白质在特定时间的确切位置,但却无法提供关于亚结构域或单个蛋白质出现顺序的信息。该研究的第一作者、前联合国工程师学会研究和教学人员 Marine Laporte 利用膨胀显微镜分析了一千多个中心粒在不同生长阶段的六个结构域中 24 种蛋白质的位置。重组图片,让它们运转起来"在这项非常繁琐的工作之后,我们进行了伪时间运动学重建。换句话说,我们能够将中心粒生物发生过程中随机拍摄的数千张图像按时间顺序排列起来,利用我们开发的计算机分析方法重建中心粒亚结构形成的各个阶段,"这项研究的共同负责人维吉妮-哈梅尔解释说。这种独特的方法结合了极高分辨率的膨胀显微镜和运动学重建,使我们能够首次建立人类中心粒的 4D 组装模型。保罗-吉夏尔总结说:"我们的工作不仅加深了我们对中心粒形成的理解,还为细胞和分子生物学开辟了令人难以置信的前景,因为这种方法可以应用于其他大分子和细胞结构,研究它们在空间和时间维度上的组装。"编译自/scitechdaily ... PC版: 手机版:

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科学家在大米孔隙中培育牛肉细胞 制造富含蛋白质的新型太空食品

科学家在大米孔隙中培育牛肉细胞 制造富含蛋白质的新型太空食品 我们目前的耕作方式并不是特别可持续,而且随着数十亿人口的增加,预计对环境的影响只会越来越大。因此,未来的食物可能会与我们习惯的食物大相径庭,无论是在实验室里种植肉类、吃昆虫来获取蛋白质,还是激发微生物来生产营养粉末。现在,韩国的科学家们创造出了一种可能成为未来主食的新型食品牛肉-大米杂交食品。其原理类似于在实验室中培育肉类细胞,只不过这次他们是在米粒的孔隙中培育肉类细胞。这种结构为动物细胞提供了一个稳定的支架,而大米中的某些分子则帮助它们茁壮成长。研究人员首先在大米上涂一层鱼明胶,这有助于牛肉细胞的粘附。种上牛肌肉和脂肪干细胞后,大米被放置培养9到11天。最终得到的粉红色大米看起来有点恐怖,但完全符合食品安全标准,而且营养相当丰富。研究人员蒸煮了他们的牛肉饭,并进行了一系列食品工业分析,以调查这种非自然的创造。他们发现,与普通米饭相比,牛肉饭的蛋白质含量高出 8%,脂肪含量高出 7%,口感更硬更脆。据报道,含有更多肌肉细胞的牛肉饭闻起来更像牛肉或杏仁,而脂肪含量更高的牛肉饭闻起来更接近奶油、黄油或椰子油。牛肉-大米的环境足迹比传统养殖肉类小得多。研究人员估计,他们的研究成果每 100 克蛋白质释放的二氧化碳应少于 6.27 千克(13.82 磅),而牛肉则为 50 千克(110 磅)。成本也会低得多,牛肉-大米的成本约为每公斤 2.23 美元,而牛肉的成本为 14.88 美元。研究小组表示,牛肉-大米具有营养和环境效益,而且食品安全风险低、易于制造,因此是商业化的理想选择。在此之前,科学家们计划通过改善大米中的条件来提高其营养价值,以帮助牛肉细胞茁壮成长。在此之后,最后的障碍可能只是说服人们愿意吃它但公平地说,未来的许多食品都可以这样做。该研究的第一作者 Sohyeon Park 说:"我们通常从牲畜身上获取所需的蛋白质,但牲畜生产需要消耗大量资源和水,并释放大量温室气体。我没想到细胞在水稻中生长得这么好。现在我看到了这种谷物杂交食品的无限可能。有朝一日,它可以作为饥荒救济粮、军粮,甚至太空食品。"这项研究发表在《物质》杂志上。 ... PC版: 手机版:

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研究表明蛋白质食物来源对增强和保持肌肉至关重要

研究表明蛋白质食物来源对增强和保持肌肉至关重要 蛋白质来源比较研究最近发表在《营养学杂志》(Journal of Nutrition)上的一项新研究是首批比较作为混合膳食一部分的全蛋白食物合成代谢特性的随机对照试验之一。研究发现,尽管热量和总蛋白质含量相同,但在老年人中,含有瘦牛肉的全食物杂餐比全食物素食餐的餐后肌肉蛋白质合成率更高。事实上,研究人员观察到,与提供等量植物蛋白的全食物素食餐相比,食用含瘦牛肉的杂食餐后,肌肉蛋白质合成率要高出 47%。马斯特里赫特大学医学中心人类生物学系运动和营养生理学教授、本研究的主要研究者 Luc van Loon 博士说:"以前的研究评估了摄入分离蛋白质的影响,而本研究旨在通过了解作为典型膳食一部分的全蛋白质食物的影响来反映更真实的生活环境。鉴于随着年龄的增长,保护瘦体重以保持体力的重要性,以及人们对素食和纯素生活方式的兴趣与日俱增,这项研究对于了解蛋白质食物来源是否能同样有效地支持肌肉的维持和生长非常重要。"根据以往对摄入不同蛋白质来源进行比较的研究,研究人员计算出需要 16 名参与者才能完成研究,并检测出摄入两种膳食后肌肉蛋白质合成率的潜在差异。因此,研究人员在荷兰马斯特里赫特对 16 名健康的老年人(65-85 岁)进行了临床试验。在一个测试日,参与者吃了一顿全食物杂粮餐,其中包含 3.5 盎司作为主要蛋白质来源的瘦牛肉碎、土豆、四季豆、苹果酱(100% 苹果制成)和香草黄油。另一个测试日包括食用热量和蛋白质含量相等的全食物素食餐,其主要成分是未经加工、常食用的植物蛋白食物,如藜麦、大豆、鹰嘴豆和蚕豆。重要的是,两餐平均都含有 36 克蛋白质,这符合基于证据的刺激老年人肌肉蛋白质合成的建议(即每公斤体重 0.45 克蛋白质)。van Loon 补充说:"我们有兴趣研究进餐对老年人肌肉蛋白质合成的影响,因为与年龄有关的肌肉质量和力量损失(称为肌肉疏松症)非常重要,这是全球日益严重的公共健康问题。"研究结果和影响在两个实验日之前的两天里,所有参与者都没有进行体育运动和剧烈运动,也没有饮酒。研究人员利用在进餐后六小时内频繁采集的血液和肌肉活检样本,比较了餐后血浆氨基酸谱和肌肉蛋白质合成率。除了观察到餐后6小时内肌肉蛋白质合成率增加了47%之外,研究人员还注意到,尽管素食餐没有出现任何选择性氨基酸缺乏症,但瘦牛肉餐后血浆中的EAA浓度却高出了127%。"重要的是,参与者在食用含牛肉的杂食餐后,血浆中的亮氨酸(一种对肌肉蛋白质合成尤为重要的必需氨基酸)要高出139%,"该出版物的主要作者、理学硕士菲利普-平卡尔斯(Philippe Pinckaers)说。"这项研究说明了食物基质的潜在影响,以及含牛肉膳食和素食膳食之间氨基酸生物利用率和生物功能差异的重要性。"编译来源:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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