食脑变形虫遇到了对手：奥地利研究人员发现不寻常的巨型病毒可消灭之

食脑变形虫遇到了对手：奥地利研究人员发现不寻常的巨型病毒可消灭之 维也纳大学的研究人员发现了一种名为 Naegleriavirus 的病毒，这种病毒可感染危险的福氏奈格勒氏变形虫，为病毒生物学和潜在的水处理解决方案提供了新的视角。基于电子显微镜的 Naegleriavirus 图解。图中所示为带有星形星门的病毒颗粒切面。图片来源：该插图由 Stefan Pommer /绘制，根据CC BY-NC-SA 4.0发布。这些病毒被命名为"Naegleriavirus"，属于巨型病毒，以其异常巨大的颗粒和复杂的基因组而闻名。研究小组在著名期刊《自然通讯》（Nature Communications）上详细介绍了他们的发现。单细胞阿米巴原虫在全球水体中都有发现。值得注意的是，其中一种名为福氏奈格勒氏变形虫（Naegleria fowleri）的阿米巴原虫在 30°C 以上的温暖水域中生长旺盛，可引起原发性阿米巴脑膜脑炎（PAM），这是一种罕见但几乎无一例外都会致命的脑部感染。由维也纳大学微生物学与环境系统科学中心（CeMESS）的帕特里克-阿瑟弗（Patrick Arthofer）和马蒂亚斯-霍恩（Matthias Horn）领导的一个研究小组现在已经分离出了感染各种奈格勒氏变形虫的巨型病毒。巨型病毒在科学上被称为核细胞病毒群，是二十年前才发现的一个病毒群，主要感染单细胞生物。这些病毒在体积上可与细菌媲美，拥有独特的结构和遗传特征，以前被认为是细胞生命独有的。它们的发现引发了关于病毒定义和生命起源的争论。被 Naegleriavirus 感染的变形虫细胞。荧光显微镜图像显示了变形虫细胞（粉红色）内的病毒工厂和新产生的病毒颗粒（蓝色）。图片来源：Patrick Arthofer 和 Florian PanhölzlPatrick Arthofer说："新发现的Naegleriaviruses是从维也纳附近Klosterneuburg的一家废水处理厂中分离出来的，是被称为Klosneuviruses的一类病毒中的第四个分离株。通过与普瓦捷大学、加那利群岛大学和美国联合基因组研究所的研究人员开展国际合作，Naegleriavirus 的发现和特征描述才得以实现。"Naegleriavirus 被误认为是一种食物来源，但在短短几小时内就摧毁了它们的变形虫宿主。它们表现出巨型病毒中常见的结构，通过所谓的星门结构感染宿主细胞，从而促进DNA的进入。几小时内，变形虫细胞内就会形成一个被称为病毒工厂的结构，在细胞核外复制病毒遗传物质，并组装成数百个新的病毒颗粒。为了在这一过程中保持宿主细胞的活力，Naegleriavirus可能会使用特殊的蛋白质来抑制细胞的天然免疫反应，防止细胞过早死亡。只有在病毒复制成功后，细胞才会遭到破坏并释放病毒。噬菌体疗法采用病毒来对付细菌病原体，但新发现的 Naegleriaviruses 可能不适合治疗奈格勒氏变形虫感染，因为感染发生在脑部，而药物到脑部的可及性具有挑战性。不过，这一发现为对高危水体（如游泳池水处理过程中）进行预防性治疗的可能性打开了大门，但这首先需要进一步的研究。编译来源：ScitechDaily ... PC版： 手机版：

基因组庞大的“巨型”噬菌体可以作为对付抗生素耐药细菌的潜在工具

基因组庞大的“巨型”噬菌体可以作为对付抗生素耐药细菌的潜在工具 随着抗生素的使用越来越频繁，细菌也在不断进化。它们变得更有能力战胜抗生素，使许多抗生素失去了作用。抗生素的有效性持续急剧下降，导致了今天的抗生素耐药性危机。巨型噬菌体的治疗潜力科学家们现在希望借助病毒这一非同寻常的盟友来应对这一日益严重的威胁。最近，研究人员重点研究了被称为噬菌体的病毒，将其作为治疗和解除抗生素耐药细菌的新工具。人们特别关注"巨型"噬菌体最近发现的具有超大基因组的病毒这种病毒可被用作特殊的递送剂，不仅能杀死细菌，还能将抗生素直接递送到感染源。但是，为了通过噬菌体提供新型疗法，科学家们必须首先了解这些神秘病毒内部非同寻常的生物构成和机制。PicA 的图形图像，PicA 是巨型噬菌体的一个关键部件，负责协调噬菌体核保护壳内的蛋白质运输。图片来源：加州大学圣地亚哥分校波格利亚诺实验室研究与结论加州大学圣地亚哥分校生物科学院的研究人员与加州大学伯克利分校创新基因组研究所和曼谷朱拉隆功大学的同事们在破译巨型噬菌体的几项关键功能方面迈出了实质性的一步。加州大学圣地亚哥分校生物科学院教授、新论文的资深作者乔-波利亚诺（Joe Pogliano）说："这些巨型噬菌体拥有庞大的基因组，理论上可以对其进行操纵，使其携带的有效载荷能够更有效地杀死细菌。问题在于它们的基因组是封闭的，因此不容易获取。但现在我们已经发现了其中的一些关键元素"。正如论文中所描述的，生物科学学院研究生蔡斯-摩根（Chase Morgan）领导的研究主要集中在巨型 Chimalliviridae 噬菌体上，研究发现这种噬菌体通过形成一个类似于人类和其他生物体细胞核的腔室，在细菌内部进行复制。Chimalliviridae 的类似细胞核的小室会分离并选择性地导入某些蛋白质，使其能够在宿主细菌内复制。但这一过程如何展开一直是令人费解的部分。巨型病毒 phikzvirus 或 phiKZ 可感染假单胞菌。资料来源：加州大学圣地亚哥分校波利亚诺实验室摩根和他的同事利用新的遗传学和细胞生物学工具，发现了一种关键蛋白，他们将其命名为"奇马拉维病毒 A 蛋白导入器"或 PicA，这种蛋白就像一种夜总会保镖，有选择性地贩运蛋白质，允许一些蛋白质进入细胞核内部，但拒绝其他蛋白质进入。他们发现，PicA 能够协调货物蛋白在噬菌体细胞核保护壳内的运输。摩根说："这种病毒能够建立起如此复杂的结构和运输系统，实在令人惊叹，我们以前从未见过这样的病毒。我们所认为的复杂生物学通常是保留给人类和我们数以万计基因的高等生命形式的，但在这里，我们在一个只有大约 300 个基因的相对微小的病毒基因组中看到了功能类似的过程。这可能是我们所知的最简单的选择性运输系统。"研究人员利用用于研究基因组的可编程RNA工具 CRISPRi-ART，证明了 PicA 是 Chimalliviridae 细胞核发育和复制过程的重要组成部分。"如果没有 RNA 靶向 CRISPR 技术的简单性和多功能性，直接提出和回答这些问题几乎是不可能的。我们非常期待看到这些工具如何揭开噬菌体基因组编码的神秘面纱，"合著者、在诺贝尔奖获得者、CRISPR先驱珍妮弗-杜德娜（Jennifer Doudna）手下工作的博士后学者本-阿德勒（Ben Adler）说。生物科学学院研究生 Chase Morgan 和 Emily Armbruster，PNAS 论文的共同作者。图片来源：加州大学圣地亚哥分校波利亚诺实验室噬菌体疗法的意义数十亿年来，细菌和病毒一直在进行着一场军备竞赛，双方都在不断进化以对抗对方的适应性。研究人员说，复杂的 PicA 运输系统就是这种激烈、持续的进化竞争的结果。该系统进化得既高度灵活又具有高度选择性，只允许关键的有益元素进入细胞核。如果没有 PicA 系统，细菌的防御蛋白就会进入细胞核，破坏病毒的复制过程。霍华德-休斯医学研究所（HHMI）资助的"新兴病原体计划"（Emerging Pathogens Initiative）和加州大学圣迭戈分校噬菌体创新应用与治疗中心的科学家们正在努力为最终通过基因编排噬菌体来治疗各种致命疾病奠定基础。论文共同作者、生物科学学院研究生艾米丽-阿姆布鲁斯特（Emily Armbruster）说："我们以前确实不了解蛋白质导入系统是如何工作的，也不知道哪些蛋白质参与其中，因此这项研究是我们了解这些噬菌体成功复制的关键过程的第一步。我们对这些重要系统了解得越多，就越能更好地设计出用于治疗的噬菌体。"这类基因编程病毒的未来目标包括铜绿假单胞菌，众所周知，这种细菌可导致潜在的致命感染，并对医院中的病人构成威胁。其他有希望的目标还包括大肠杆菌和克雷伯氏菌，它们会引起慢性和复发性感染，在某些情况下还会进入血液，危及生命。编译来源：ScitechDaily ... PC版： 手机版：

他耗资4000万美元造出新细菌 又想创造新生命

他耗资4000万美元造出新细菌 又想创造新生命 只有当我们能够去创造生命的时候，才可能真正理解生命的本质，这也是生命科学领域研究一直想要做到的事。那么，我们该如何去创造生命？生命科学领域中的一个基本规则是“中心法则”，即遗传信息可以从 DNA 复制自身，同时也可以传递给 RNA，并由RNA传递给蛋白质，完成遗传信息的转录和翻译过程，这个过程就是创造生命的过程。因此从理论上说，只要我们能够创造出 DNA，就有可能实现人工创造生命，进而深入理解生命的本质。人类的“人造生命”发展史人造生命是指从其他生命体中提取基因，建立新的人工染色体，随后将其转入已被剔除了遗传物质的细胞中，最终由这些人工染色体控制这个细胞，发育变成新的生命体。人造生命的发展历程虽然较短，却充满着创新和突破。1953 年，沃森和克里克提出了著名的 DNA 双螺旋结构模型，从此开启了分子生物学时代。到了 20 世纪 70 年代，赫伯特·博耶和斯坦利·科恩分别实现了限制性内切酶对双链 DNA 的剪切，以及质粒 DNA 到大肠杆菌的转入，这两项创新成果标志着基因工程的诞生。随后，桑格发明的 DNA 测序技术实现了 DNA 序列的精确“阅读”。接着，保罗·伯格和沃尔特·吉尔伯特通过开发分子克隆技术，进一步促进了重组 DNA 技术的发展。这些突破性的技术都为人造生命的研究奠定了重要基础。其中，2010 年 5 月由美国生物学家克雷格·文特尔团队取得的成就标志着人造生命领域的一次重大突破。他们在实验室中通过化学合成了一整个基因组，随后将这个合成基因组植入到一个空细胞中。这个细胞随后根据植入的基因指令开始自我复制和增殖，最终形成新的细胞。尽管有些科学家持有保留意见，认为文特尔的成果只是以一个自然的、先前存在的残留细胞为基础的，并没有创造出真正的生命，但他的实验仍然证明了人造基因组可以为细胞提供动力，这为未来真正的人造生命提供了重要的启示。人造生命的科学狂人：克雷格·文特提到人造生命，就不得不提这一领域的泰斗、科学狂人克雷格·文特。他是美国著名的生物学家和企业家，以在科学界的重大成就而闻名。他的成就包括“一人单挑六国科学家，完成人类基因组计划”和“制造新生物”，这两项工作都是震撼全世界科学界的突破。“科学狂人”克雷格·文特（图片来源：克雷格·文特研究所官网主页）20 世纪 90 年代，由美国、英国、法国、德国、日本和中国等 6 个国家的顶级科学家共同参与人类基因组计划，预计花费 30 亿美元来完成人类基因组测序。然而，当时间和花费过半时，他们却仅完成了 3% 的测序工作。与此同时，克雷格·文特成立了塞莱拉基因公司，一个私营性质的基因研究机构，开发了如“霰弹枪”的新型测序技术，并迅速追上了多国合作小组的进度。后来，克雷格·文特与六国科学家合作，于 2001 年初成功完成了人类基因组草图。在人类基因组计划完成后，克雷格·文特很快就有了新的理想，这个理想可能是生命科学的终极目标：创造新的生命形式。克雷格·文特计划利用 DNA 小片段，合成新的基因组，并将其转入已经被剔除了本身基因组的细菌之中，观察这微小的细菌能否进行新陈代谢和繁殖。经过研究团队十几年不懈的努力，耗资超过 4000 万美元，克雷格·文特研究团队终于在 2010 年创造出全新的细菌。克雷格·文特认为，“这是地球上第一个，父母是电脑却可以进行自我复制的物种。”目前，克雷格·文特又展开了一系列新的研究，他把自己的游艇改装成研究船，带领团队成员远征百慕大群岛附近的马尾藻海，希望就地取材，绘制出该海域生态系统中所有微生物的基因组图谱。克雷格·文特的终极目标是利用海洋中寻找到的基因，设计出全新的生命形式。这些生命将具备捕获二氧化碳、遏制温室效应的能力，还能清理核废料，并产生大量氢原子。这项全新生命形式的发展将有望改变全球能源经济的现状。克雷格·文特的研究旅程从人类基因组测序，到人工合成细菌，再到从海洋中寻找有益基因以设计全新生命，始终贯穿一个主线：从基因到生命。无论是认识基因、合成基因，或是寻找新基因，克雷格·文特所有研究都是为创造生命绘制蓝图，最终实现人造生命的使命，回答了“科学真的可以创造生命”这一重要命题。酵母人工染色体合成的突破之路细菌和酵母分别是原核和真核生物的典型代表，能够合成这两者的基因组，就能为合成生命奠定重要的理论基础，丰富人造生命的知识储备。作为原核生物的细菌，科学家合成其基因组并创造全新的生命尚且花费了十几年的时间。那么作为真核生物的酵母，其基因组有 16 条染色体，合成的复杂性和难度可想而知。为此，国际上发起了酵母基因组合成计划（Sc2.0），这是人类首次尝试对真核生物的基因组进行从头设计合成，旨在重新设计并合成酿酒酵母全部 16 条染色体。该项目于 2011 年启动，由来自中国、美国、英国、新加坡、澳大利亚等国的超过 200 位科学家共同参与。研究人员在从头合成酵母基因组序列的过程中面临了诸多挑战。由于酵母基因组中存在大量重复序列，他们去除了转座子和重复元件，并重新编码终止密码子。同时，研究人员对基因序列进行了碱基删除、插入和替换的工作，确保合成菌株与天然菌株的表型相同的同时，也保证了基因组的稳定性。2017 年《Science》封面展示的酵母基因组结构模型，其中金色代表已经完成全合成的染色体；白色代表天然染色体 （图片来源：《Science》官网）根据以上原则和标准，2014 年，纽约大学的 Jef Boeke 教授领衔的研究团队成功创建出了第一条人工酵母染色体最小的 3 号染色体。这一成果开启了真核生物基因组合成的先河。到 2017 年，Sc2.0 团队完成了人工合成酵母基因组 16 条染色体中的 5 条，其中 4 条由中国科学家完成。具体来说，天津大学元英进院士团队负责了 5 号和 10 号染色体的合成；清华大学戴俊彪研究员团队负责 12 号染色体的设计合成；华大基因杨焕明院士团队负责酵母 2 号染色体的从头设计与全合成。到了 2023 年，Sc2.0 计划迎来新的里程碑式突破，华大基因沈玥研究员团队完成酵母 7 号和 13 号染色体的从头设计与全合成，以及 tRNA 新染色体的构建。这标志着酵母的全部 16 条染色体的合成工作已圆满完成。此外，该团队还成功构建了一种包含 50%合成 DNA 的酵母菌株，这种酵母菌株不仅能够活跃增殖，还展现了正常的细胞形态、长度和形状。2023 年《Cell》发表文章描述了酵母染色体的整合过程：将含有不同合成染色体的酵母细胞进行杂交，在后代中寻找携带两条合成染色体的个体，经过漫长的杂交过程，科学家们逐渐将他们先前合成的所有染色体（6 条完整染色体和 1 条染色体臂）整合到同一个细胞中（图片来源：参考文献[5]）参与酵母基因组合成计划的中国科学家代表，从左到右依次为：李炳志、戴俊彪、杨焕明、元英进、沈玥（图片来源：人民日报）人造细胞再升级：逼近真实活细胞人工合成细菌和酵母主要解决基因组合成的问题，然而活细胞执行功能主要还是依靠蛋白质。2024 年 4 月 23 日，美国科学家在《自然·化学》（Nature Chemistry）杂志上发表了一项最新研究成果，他们通过操纵 DNA 和蛋白质，创造出类似人体细胞的人造细胞，这一成果对再生医学、药物输送和诊断工具等领域具有重要意义。细胞支架是细胞内部的重要支架结... PC版： 手机版：

越南发现新型冠状病毒的新变种，为英国变种与印度变种的混合体，其传播性更强，且能在空气中迅速传播。

越南发现新型冠状病毒的新变种，为英国变种与印度变种的混合体，其传播性更强，且能在空气中迅速传播。 越南卫生部部长阮青龙在29日举行的全国新型肺炎疫情防控视频会议上表示，新发现的病毒混合体非常危险。越南将在世界基因图谱上公布该病毒变异株。 越南卫生部的统计数据显示，在第四波疫情中，越南出现了多种病毒株，最常见的是在印度和英国发现的变异毒株，其中印度变异毒株较为普遍，英国变异毒株仅出现在岘港市和其他一些地方。 （越通社）

新研究发现了噬菌体破坏细菌防御系统的一种新方法

新研究发现了噬菌体破坏细菌防御系统的一种新方法 一项突破性研究揭示了噬菌体蛋白的新调控机制，为了解细菌防御机制和开发基于噬菌体的疗法开辟了新途径。新发现推动了抗击危险细菌的重大进展。由奥塔哥大学的彼得-菲纳兰教授领导的一个国际科学家小组研究了噬菌体（一种感染细菌的病毒）所使用的一种特殊蛋白质。对细菌和噬菌体之间这种微观军备竞赛的研究非常重要，因为它可以开发出抗生素的替代品。这项研究发表在著名的国际期刊《自然》（Nature）上，分析了噬菌体在部署抗CRISPR时使用的一种蛋白质，这是它们阻断细菌CRISPR-Cas免疫系统的方法。领衔作者、奥塔哥微生物学和免疫学系的尼尔斯-伯克霍尔茨（Nils Birkholz）博士说，了解噬菌体如何与细菌相互作用，是在人类健康或农业领域利用噬菌体对付细菌病原体的道路上迈出的重要一步。"具体来说，我们需要了解细菌用来保护自己免受噬菌体感染的防御机制，如CRISPR，这与我们利用人体免疫系统抵御病毒的方式并无二致，以及噬菌体如何抵御这些防御机制。例如，如果我们知道噬菌体是如何杀死特定细菌的，这就有助于确定适当的噬菌体作为抗菌剂使用。更具体地说，我们必须了解噬菌体在感染后是如何控制它们的反防御武器库（包括抗CRISPR）的我们必须了解噬菌体是如何调控在与细菌的战斗中有用的基因的表达的。"这项研究揭示了噬菌体在部署抗CRISPRs时需要多么谨慎。一种特定的噬菌体蛋白质有一个在许多参与基因调控的蛋白质中非常常见的部分或结构域；众所周知，这个螺旋-翻转-螺旋（HTH）结构域能够特异性地结合DNA序列，并根据具体情况打开或关闭基因。这种蛋白质的 HTH 结构域用途更为广泛，并表现出一种以前未知的调控模式。它不仅能利用这个结构域结合 DNA，还能结合其RNA转录物，RNA转录物是 DNA 序列和其中编码的抗CRISPR 之间的中介分子。由于这种蛋白质参与调节抗CRISPR的产生，这意味着这种调节具有更多层次它不仅通过DNA结合机制发生，还通过我们发现的结合信使RNA的新机制发生。这一发现可能会对基因调控的理解产生重大影响。"在了解噬菌体如何躲避 CRISPR-Cas 的防御并在一系列应用中杀死目标细菌方面，揭示这种意想不到的复杂调控机制是一项重要进展。这一发现尤其令科学界振奋，因为它展示了一个经过深入研究的蛋白质家族的新型调控机制。HTH 结构域自 20 世纪 80 年代初被发现以来就一直受到深入研究，因此我们最初认为我们的蛋白质会像其他具有 HTH 结构域的蛋白质一样发挥作用，但当我们发现这种新的作用模式时，我们感到非常惊讶。这一发现有可能改变该领域对这一重要而广泛的蛋白质结构域的功能和机制的看法，并可能对我们理解基因调控产生重大影响。"编译自/ScitechDaily ... PC版： 手机版：

中国卫健委：未发现新病毒或细菌导致的新发传染病

中国卫健委：未发现新病毒或细菌导致的新发传染病 针对近期暴发的呼吸道疾病流行，中国国家卫生健康委员会称，目前未发现新病毒或细菌导致的新发传染病，当前流行的疾病均由已知病原体引起。 综合澎湃新闻和观察者网报道，中国国家卫健委星期六（12月2日）举行新闻发布会，介绍冬季呼吸道疾病防治有关情况。卫健委新闻发言人、宣传司副司长米锋说，当前卫健委同国家中医药管理局、国家疾控局持续开展冬季呼吸道疾病监测和研判，对做好医疗资源调剂、优化就医流程、发挥中医药作用等工作进行部署。 米锋说，根据监测，目前流行的急性呼吸道疾病均由已知病原体引起，都有相应的成熟治疗手段，未发现新病毒或细菌导致的新发传染病。 针对冬季呼吸道流行防治部署，米锋说，要增加医疗服务供给，推进中医医院、妇幼保健院等各级各类医疗机构儿科门诊“应开尽开”，根据患者数量增开午间、夜间和周末门诊，延长服务时间，扩充住院床位，不断优化挂号、检查、缴费等就诊流程；做好分级诊疗，畅通转诊渠道，保障医用物资供应。 他还提到，要充分发挥中医药作用，中西医结合，针对冬季呼吸道常见病，普及中医药防治疾病知识；做好流感等疫苗供应保障和接种服务，老年人、儿童等重点人群尽早接种疫苗，降低患病风险。 中国近期呼吸道疾病病例激增，多地儿童医院和门诊人满为患。世界卫生组织称，包括北京和辽宁在内的各地未发现任何新型或异常病原体，世卫正密切跟进感染形势，也在与中国医生合作，研究针对肺炎支原体感染的抗生素耐药性问题。 另据中国卫健委官网消息，中国星期五（1日）同世界卫生组织举行呼吸道疾病技术交流会。中方专家在会上介绍了自11月23日技术交流会之后，全国相关呼吸道疾病监测、临床诊疗等方面情况和工作进展。双方就多病原监测、肺炎支原体感染等进行深入技术交流。双方表示将继续就此保持沟通。 2023年12月2日 5:16 PM