新研究发现了西兰花中能增强其抗癌化合物的关键基因

新研究发现了西兰花中能增强其抗癌化合物的关键基因 一项全面的基因组研究绘制出了西兰花产生葡萄糖苷酸(GSL)的基因蓝图,突出了像 MAM1 这样的关键基因,这些基因增强了西兰花的抗癌特性。这些见解对于培育营养价值更高的西兰花和相关芸苔属作物至关重要,可为健康带来显著益处。西兰花因其对健康的益处而闻名,这主要是由于它含有丰富的葡萄糖苷酸(GSL),具有抗癌和抗氧化特性。尽管对芸苔属植物进行了广泛研究,但 GSL 多样性的遗传基础仍不清楚。了解这些机制对于提高西兰花及相关作物的营养价值至关重要。以前的研究已经确定了各种 GSL 结构,但具体基因及其在 GSL 生物合成中的作用还需要进一步探索。填补这些空白对于开发具有更多健康益处的基因改良芸苔属作物至关重要。中国湖南农业大学的研究人员最近在《园艺研究》(Horticulture Research)杂志上发表了一项研究,介绍了西兰花的染色体级基因组组装。这项研究利用先进的测序技术对 GSL 的生物合成进行了详细分析。该研究利用先进的PacBio HiFi读数和Hi-C技术成功组装了高质量的西兰花染色体组尺度基因组,实现了613.79 Mb的总基因组大小和14.70 Mb的等位基因N50。通过这一详细的基因组图谱,确定了参与 GSL 生物合成的关键基因,包括关键的甲硫基烷基丙二酸合成酶 1(MAM1)基因。B. oleraceavar.italicaPlenck(Bop04-28-6,西兰花)的基因组。A显示成熟期西兰花主要特征的图像。BIllumina 读取的 17-mer 光谱。C装配好的 Bop04-28-6 基因组的 Hi-C 相互作用热图。右侧色条代表 Hi-C 相互作用的密度,以 1-Mb 分辨率的链接数表示。DBop04-28-6 和其他物种基因组特征的环形图。来源:园艺研究研究表明,在西兰花中过表达BoMAM1会显著增加C4-GSL的积累,突出了它在GSL生物合成中的重要作用。此外,该研究还揭示了导致不同芸苔属物种之间 GSL 特征多样性的进化机制。这些发现使人们对影响 GSL 生成的遗传因素有了全面的了解,这对未来的遗传研究和开发营养价值更高的芸苔属作物至关重要。该研究的通讯作者王俊伟博士说:"我们的研究结果让我们全面了解了影响西兰花中GSL生物合成的遗传因素。这些知识对于未来遗传改良和提高芸苔属作物的营养价值至关重要。"这项基因组研究为旨在提高西兰花和其他芸苔属 作物营养成分的分子育种计划提供了宝贵的资源。通过了解 GSL 生物合成的遗传基础,研究人员可以开发出具有更多健康益处的品种,为改善人类健康和营养做出贡献。编译自/ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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《人类基因组编辑研究伦理指引》发布 严禁将编辑后的人胚用于生育 体细胞基因组编辑临床研究的主要目的是治疗或预防疾病,体细胞临床研究应基于基础研究证据,进行必要的动物实验及临床前体外实验以获得开展临床研究所需的安全性、有效性循证。涉及人胚和胎儿体细胞的基因组编辑研究,还须审慎考虑并评估可能造成可遗传变异的风险,尤其是在人胚发育早期阶段,避免可遗传的基因组被编辑的风险。目前进行任何生殖系基因组编辑的临床研究是不负责任和不被允许的。只有在对获益与风险以及其他可供选择的方案进行充分理解和权衡,安全性和有效性问题得以解决,已获得广泛的社会共识,经严格审慎的评估并在严格监管下,才可考虑开展临床研究。 ... PC版: 手机版:

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比人类基因组更复杂 甘蔗基因组图谱的绘制标志着一个科学里程碑

比人类基因组更复杂 甘蔗基因组图谱的绘制标志着一个科学里程碑 现代杂交甘蔗简介现代杂交甘蔗是地球上收获最多的作物之一,用于制造糖、糖蜜、生物乙醇和生物基材料等产品。它也拥有最复杂的基因蓝图。迄今为止,甘蔗复杂的遗传学使其成为最后一种没有完整和高度精确基因组的主要作物。科学家们开发并结合多种技术,成功绘制出甘蔗的遗传密码图。有了这张地图,他们就能验证抗褐锈病的具体位置,这种褐锈病如果不加以控制,就会对糖料作物造成毁灭性打击。研究人员还可以利用基因序列更好地了解糖类生产中涉及的许多基因。甘蔗遗传研究进展这项研究是美国能源部联合基因组研究所(JGI)社区科学计划的一部分,JGI是能源部科学办公室在劳伦斯伯克利国家实验室(伯克利实验室)的用户设施。该研究于3月27日发表在《自然》杂志上,基因组可通过JGI的植物门户网站Phytozome获取。"这是我们迄今为止完成的最复杂的基因组序列,"JGI 植物项目负责人、哈德逊阿尔法生物技术研究所(HudsonAlpha Institute for Biotechnology)研究员杰里米-施穆茨(Jeremy Schmutz)说。"这表明我们已经取得了很大进展。这种事情在 10 年前人们认为是不可能的。我们现在能够实现我们认为在植物基因组学领域不可能实现的目标"。甘蔗的基因组之所以如此复杂,一方面是因为它体积庞大,另一方面是因为它比一般植物含有更多的染色体拷贝,这一特征被称为多倍体。甘蔗有大约 100 亿个碱基对(DNA 的组成单位);相比之下,人类基因组大约有 30 亿个碱基对。甘蔗 DNA 的许多片段在不同染色体内部和之间都是相同的。因此,在重建完整基因蓝图的同时,正确重组所有小段 DNA 是一项挑战。研究人员将多种基因测序技术结合起来,包括一种新开发的名为 PacBio HiFi 的测序方法,这种方法可以准确确定较长 DNA 片段的序列,从而解决了这一难题。了解和利用甘蔗基因组有了完整的"参考基因组",研究甘蔗就更容易了,研究人员可以将甘蔗的基因和通路与其他研究得比较透彻的作物(如高粱或其他感兴趣的生物燃料作物,如开关草和马齿苋)的基因和通路进行比较。通过与其他作物进行比较,可以更容易地了解每个基因是如何影响相关性状的,例如哪些基因在制糖过程中高度表达,或者哪些基因对抗病性很重要。这项研究发现,负责抵抗棕色锈病的基因只存在于基因组的一个位置,而棕色锈病是一种真菌病原体,曾给甘蔗作物造成数百万美元的损失。这张图片显示的是基因排序图(使用 GENESPACE 创建),它比较了相关植物物种的基因组组装情况。水平白线代表染色体,连接染色体的彩色编织线表示保守的基因块。这样,研究人员就能将研究得比较透彻的作物(如双色高粱,一种特殊的高粱)中的保守基因追踪到更复杂的基因组中,如野生甘蔗和栽培品种 R570,从而更好地了解它们的功能。为了形成对比,上一行提供了 R570 先前的单倍体组合,其中基因组中的多个染色体拷贝被表示为一个单一的马赛克组合。图片来源:Adam Healey 和 John Lovell/HudsonAlpha论文第一作者、HudsonAlpha 公司研究员亚当-希利(Adam Healey)说:"当我们对基因组进行测序时,我们填补了围绕褐锈病的基因序列空白。甘蔗基因组中有数十万个基因,但只有两个基因共同发挥作用,保护植物免受病原体的侵害。据我们所知,在所有植物中,以类似方式进行保护的情况屈指可数。更好地了解甘蔗的这种抗病性是如何起作用的,有助于保护其他面临类似病原体的作物。"研究人员对一种名为 R570 的甘蔗栽培品种进行了研究,几十年来,该品种一直被世界各地用作了解甘蔗遗传学的模型。与所有现代甘蔗栽培品种一样,R570 也是由甘蔗驯化品种(产糖能力强)和野生品种(携带抗病基因)杂交而成的。对农业和生物能源的潜在影响该论文的最后一位作者、法国国际发展农业研究中心(CIRAD)甘蔗研究员安热莉克-德洪(Angélique D'Hont)说:"了解 R570 的完整遗传图谱将使研究人员能够追踪哪些基因来自哪个亲本,从而使育种人员能够更容易地确定控制相关性状的基因,以提高产量。"改良未来的甘蔗品种在农业和生物能源领域都有潜在的应用前景。改进甘蔗的产糖方式可以提高农民的作物产量,在相同的种植面积上提供更多的糖分。甘蔗是生产生物燃料(尤其是乙醇)和其他生物产品的重要原料或起始材料。甘蔗压榨后剩下的残渣被称为甘蔗渣,是一种重要的农业残渣,也可被分解和转化为生物燃料和生物产品。联合生物能源研究所是伯克利实验室领导的能源部生物能源研究中心,该研究所的首席科技官布雷克-西蒙斯(Blake Simmons)说:"我们正在努力了解植物中的特定基因与下游生物质质量的关系,然后我们可以将生物质转化为生物燃料和生物产品。""有了对甘蔗遗传学的深入了解,我们就能更好地理解和控制植物基因型,从而生产出我们所需的糖类和蔗渣衍生中间体,实现与生物经济相关的规模化可持续甘蔗转化技术"。到目前为止,甘蔗复杂的遗传学使其成为最后一种没有完整和高精度基因组的主要作物。研究人员结合多种技术,成功绘制出甘蔗的DNA图谱,并确定了关键区域包括与糖的生产和运输以及对褐锈病的抗病性有关的几个区域。甘蔗的参考基因组可用于帮助培育抗逆性更强的作物或提高糖产量,并可应用于农业和生物能源领域。 ... PC版: 手机版:

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科学家揭示对基因组健康至关重要的145个基因 2月14日,《自然》杂志发表了一项新研究,通过对近千个转基因小鼠品系进行系统筛选,发现了一百多个与DNA损伤有关的关键基因。这项工作为癌症进展和神经退行性疾病提供了见解,也为蛋白质抑制剂提供了潜在的治疗途径。基因组包含生物细胞内的所有基因和遗传物质。当基因组稳定时,细胞就能准确地复制和分裂,将正确的遗传信息传递给下一代细胞。尽管基因组非常重要,但人们对影响基因组稳定性、保护、修复和防止 DNA 损伤的遗传因素知之甚少。突破性研究及其影响在这项新研究中,威康-桑格研究所的研究人员与剑桥大学英国痴呆症研究所的合作者一起,着手更好地了解细胞健康的生物学特性,并找出维持基因组稳定性的关键基因。研究小组利用一组转基因小鼠品系,确定了 145 个在增加或减少异常微核结构的形成中起关键作用的基因。这些结构表明基因组不稳定和 DNA 损伤,是衰老和疾病的常见标志。当研究人员敲除DSCC1基因时,基因组不稳定性的增加最为显著,异常微核的形成增加了五倍。缺乏该基因的小鼠具有与人类凝聚素病症患者相似的特征,这进一步强调了这项研究与人类健康的相关性。通过 CRISPR 筛选,研究人员发现DSCC1缺失引发的这种效应可以通过抑制蛋白质 SIRT1 得到部分逆转。这些发现有助于揭示影响人类基因组一生健康和疾病发展的遗传因素。该研究的资深作者、剑桥大学英国痴呆症研究所的加布里埃尔-巴尔穆斯(Gabriel Balmus)教授说:"继续探索基因组不稳定性对于开发针对遗传根源的定制治疗方法至关重要,其目标是改善各种疾病的治疗效果和患者的整体生活质量。我们的研究强调了SIRT抑制剂作为治疗粘连蛋白病和其他基因组疾病途径的潜力。它表明,早期干预,特别是针对 SIRT1 的干预,有助于在基因组不稳定性发展之前减轻与之相关的生物变化。"这项研究的第一作者、威康桑格研究所的大卫-亚当斯(David Adams)博士说:"基因组稳定性是细胞健康的核心,影响着从癌症到神经变性等一系列疾病,但这一直是一个探索相对不足的研究领域。这项工作历时15年,体现了从大规模、无偏见的基因筛选中可以学到什么。所发现的 145 个基因,尤其是那些与人类疾病相关的基因,为开发治疗癌症和神经发育障碍等基因组不稳定疾病的新疗法提供了有希望的靶点。"研究要点:对基因组造成损害的各种来源包括辐射、化学接触以及 DNA 复制或修复过程中的错误。微核是一种小的异常结构,通常被称为"突变工厂",其中含有错位的遗传物质,而这些物质本应在细胞核中。它们的存在意味着患癌症和发育障碍等疾病的风险增加。凝聚蛋白病是一组因凝聚蛋白功能障碍而导致的遗传病,凝聚蛋白对细胞分裂过程中染色体的正常组织和分离至关重要。这可能导致一系列发育异常、智力障碍、独特的面部特征和生长迟缓。当 SIRT1 蛋白被抑制时,DNA 损伤就会减少,它们就能挽救与内聚力破坏相关的DSCC1缺失所带来的负面影响。这种作用是通过恢复一种名为 SMC3 的蛋白质的化学水平实现的。编译来源:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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“基因程序”让所有植物的祖先征服了旱地

“基因程序”让所有植物的祖先征服了旱地 哥廷根大学培养的两株 Zygnema。C 表示叶绿体,N 表示细胞核,P 表示类核。单细胞丝含有两个叶绿体和一个细胞核。现在,在内布拉斯加-林肯大学的领导下,一个由来自全球 20 个研究机构的 50 名科学家组成的团队绘制了四株古老的Zygnema藻类的基因组图谱,揭开了最早陆地植物的基因创新之路。内布拉斯加大学林肯分校的计算生物学家、该研究的共同通讯作者尹彦斌说:"这是一个进化的故事。它回答了最早的陆生植物是如何从水生淡水藻类进化而来这一根本问题。"基因组测序是确定生物体完整遗传物质(DNA)的过程,并将其组装成一个可计算的表示形式。它为研究物种进化和了解遗传多样性提供了宝贵的资源。如果全基因组测序是在基因所在的染色体水平上进行的,则会更有用。绘制海藻基因组图谱揭示了陆生植物的进化过程 Klára Plíhalová/Wikimedia CommonsCC BY-SA 4.0研究人员利用德克萨斯大学奥斯汀分校的藻类培养库中的两个样株和德国哥廷根大学的两个样株,组建了四个多细胞藻类样株。Zygnema属于淡水和半陆生藻类Zygnematophyceae(双星藻属),有4000多个已描述的物种,能适应紫外线、极端干燥和冰冻等极端压力。陆生植物的一个显著特点是它们的多细胞体。多细胞基因与对环境压力的反应密切相关,为植物的适应性奠定了基础。研究人员利用尖端的DNA测序技术,生成了完整的染色体级藻类基因组。通过将这些基因组与其他植物和藻类的基因组进行比较,研究人员发现了双星藻属的基因创新。他们发现了涉及生长和发育、细胞分裂、细胞壁生物合成和重塑的"基因程序",以及由环境线索触发的基因。基因的共同表达表明,它们共同感知环境并相应地调节植物生长。"我们的基因网络分析揭示了基因的共同表达,特别是那些在陆生植物和裸子植物最后的共同祖先中扩展和获得的细胞壁合成和重塑基因,"Yin说。"我们揭示了平衡环境响应和多细胞细胞生长机制的深层进化根源"。研究人员说,他们的发现将引发进一步的研究,这对生物能源、水的可持续性和碳封存都有重要意义。哥廷根大学的共同通讯作者扬-德-弗里斯(Jan de Vries)说:"我们不仅为整个植物科学界提供了宝贵的高质量资源,使他们现在可以探索这些基因组数据,而且我们的分析还发现了环境反应之间错综复杂的联系。"这项研究发表在《自然遗传学》杂志上。 ... PC版: 手机版:

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《人类基因组编辑研究伦理指引》发布:严禁将编辑后的生殖细胞、受精卵或人胚用于妊娠及生育

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研究发现癌症可以在没有基因突变的情况下发生

研究发现癌症可以在没有基因突变的情况下发生 虽然已有研究描述了这些过程对癌症发展的影响,但这是科学家们首次证明基因突变并非癌症发病的必要条件。这一发现迫使我们重新考虑 30 多年来一直认为癌症主要是遗传疾病的理论,即癌症必然是由基因组水平上累积的DNA变异引起的。通过降低多聚核蛋白的表达水平而获得肿瘤的例子。左边是正常发育过程中眼睛前体组织的例子。右图是通过降低多聚核蛋白的表达水平而诱发的肿瘤。DNA 被染成蓝色。位于细胞末端的一种蛋白质被标记为绿色,以显示细胞在组织中的组织方式。肿瘤中失去了正常的组织结构。比例尺:100 微米。图片来源: Giacomo Cavalli为了证明这一点,研究小组重点研究了能改变基因活动的表观遗传因素。通过在果蝇体内造成表观遗传失调,然后将细胞恢复到正常状态,科学家们发现基因组的部分功能仍然失调。这种现象会诱发一种肿瘤状态,这种肿瘤状态会自主维持并继续发展,即使导致肿瘤的信号已经恢复,这些细胞的癌变状态仍会保持在记忆中。这些结论将于2024年4月24日发表在《自然》杂志上,为肿瘤学开辟了新的治疗途径。说明在人类遗传学研究所(法国国家科学研究中心/蒙彼利埃大学)工作。表观遗传学研究的是在相同的 DNA 序列下,不同基因表达谱的遗传机制。基因组被定义为细胞或生物体内所含的遗传物质集合,也就是整个 DNA 序列。科学家们重点研究了被称为多聚核蛋白的表观遗传因子,它们调控着关键基因的表达,在许多人类癌症中都出现了失调。当这些蛋白被实验性地移除时,目标基因的活性就会被打乱:一些基因可以激活自身的转录并自我维持。当多聚核糖蛋白重新整合到细胞中时,一部分基因会对这些蛋白产生抗性,并在细胞分裂过程中保持失调,从而使癌症继续发展。编译来源:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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