开源项目绘制脊髓损伤超清生物学图谱

开源项目绘制脊髓损伤超清生物学图谱 据科技日报,瑞士洛桑联邦理工学院科学家在脊髓损伤领域取得了一项重要突破。通过开源项目 Tabulae Paralytica,团队将尖端的细胞和分子图谱技术与人工智能(AI)相结合,以前所未有的细节绘制出了脊髓损伤后每个细胞中展开的复杂分子过程。这项开创性的研究发表在新一期《自然》杂志上,其不仅确定了一组在康复中起关键作用的特定神经元和基因,还为新疗法铺平了道路。

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创新纳米凝胶被证明可有效治疗脊髓损伤

创新纳米凝胶被证明可有效治疗脊髓损伤 当前治疗方法面临的挑战目前可用于调节急性脊髓损伤后由控制大脑内部环境的成分介导的炎症反应的治疗方法疗效有限。这也是因为缺乏一种能选择性地作用于小胶质细胞和星形胶质细胞的治疗方法。纳米凝胶中枢神经系统选择性药物治疗方案。资料来源:米兰理工大学马里奥-内格里研究所纳米凝胶的开发与功效米兰理工大学开发的纳米载体被称为纳米凝胶,由能与特定目标分子结合的聚合物组成。在这种情况下,纳米凝胶被设计成与神经胶质细胞结合,而神经胶质细胞在急性脊髓损伤后的炎症反应中至关重要。马里奥-内格里医学研究所(Istituto di Ricerche Farmacologiche Mario Negri IRCCS)和米兰理工大学(Politecnico di Milano)的合作表明,纳米凝胶含有一种具有抗炎作用的药物(罗利普兰),能够将神经胶质细胞从损伤状态转变为保护状态,积极促进受伤组织的恢复。研究表明,纳米凝胶对神经胶质细胞具有选择性作用,能有针对性地释放药物,最大限度地发挥药效,并减少可能出现的副作用。见解和未来方向米兰理工大学化学、材料与化学工程系'Giulio Natta'教授菲利波-罗西(Filippo Rossi)解释说:"这项研究的关键在于了解能够在特定细胞群中选择性靶向纳米凝胶的功能基团。这使得通过减少不必要的影响来优化药物治疗成为可能。"马里奥-内格里研究所神经科学系急性脊髓创伤和再生组组长皮埃特罗-维利亚内塞继续说:"研究结果表明,纳米凝胶减少了炎症,提高了脊髓损伤动物模型的恢复能力,部分恢复了运动功能。这些结果为骨髓溶解症患者开辟了新的治疗途径。此外,这种方法还可能有益于治疗阿尔茨海默氏症等神经退行性疾病,因为炎症和神经胶质细胞在这些疾病中发挥着重要作用。"编译来源:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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《.细胞生物学 》

《.细胞生物学 》 简介:研究细胞结构、功能及其生命活动规律的学科,涵盖遗传机制、信号传导、增殖分化等核心过程,为揭示疾病机理、开发新型疗法及生物技术提供理论支撑。 亮点:融合分子生物学与生物化学技术,近年突破包括基因编辑、干细胞重编程及单细胞测序,推动再生医学与精准医疗发展。 标签:#分子机制 #细胞动态 #基因编辑 #干细胞技术 #再生医学 #精准医疗 链接:

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解码小鼠的思维:索尔克研究所具有里程碑意义的表观基因组大脑图谱

解码小鼠的思维:索尔克研究所具有里程碑意义的表观基因组大脑图谱 这些工作由美国国立卫生研究院的"通过推进创新神经技术进行大脑研究计划"(BRAINInitiative)负责协调,该计划的最终目标是为哺乳动物的大脑绘制一幅全新的动态图像。索尔克教授、遗传学国际理事会主席、霍华德-休斯医学研究所研究员约瑟夫-埃克(Joseph Ecker)说:"通过这项工作,我们不仅获得了关于哪些细胞构成了小鼠大脑的大量信息,还了解了这些细胞内的基因是如何被调控的,以及这些基因是如何驱动细胞功能的。当利用这个基于表观基因组的细胞图谱,开始研究已知会导致人类疾病的基因变异时,就会对哪些细胞类型在疾病中可能最脆弱有了新的认识"。美国国立卫生研究院大脑计划于 2014 年启动,已为研究人员提供了 30 多亿美元的资金,用于开发变革性技术并将其应用于脑科学。2021年,得到"脑神经启示录计划"(BRAIN Initiative)支持的研究人员包括索尔克(Salk)的团队公布了小鼠大脑图谱的初稿,该图谱开创了描述神经元特征的新工具,并将这些工具应用于小鼠大脑的小切片。今年早些时候,许多相同的技术被用于绘制最初的人脑图谱。在最新的工作中,研究人员扩大了研究细胞的数量和小鼠大脑的区域,并使用了过去几年才出现的新的单细胞技术。左上图:解剖小鼠大脑的三维效果图,根据解剖的脑区划分为不同的部分;左下图:小鼠大脑的三维效果图,根据解剖的脑区划分为不同颜色的部分(黄色、蓝色、水蓝色、绿色、粉色、橙色、棕色、红色)。右上角:小鼠大脑的垂直切片,不同颜色(橙色、绿色、蓝色、水蓝色、红色、紫色)代表不同细胞类型,代表特定细胞类型在该切片中的空间位置;右下角:小鼠大脑的垂直切片,不同颜色(橙色、绿色、蓝色、水蓝色、红色、紫色)代表不同细胞类型,代表特定细胞类型在该切片中的空间位置:多色圆圈(黄色、蓝色、水蓝色、绿色、粉红色、橙色、棕色、红色)代表根据表观基因组剖析在小鼠整个大脑中发现的细胞类型的数量和多样性。资料来源:索尔克研究所全脑分析和公众可及性两篇新论文的资深作者爱德华-卡拉韦教授说:"这是整个大脑的研究,以前从未有过。观察整个大脑会产生一些想法和原理,而这些想法和原理是你每次观察一个部分所无法了解的"。为了帮助其他研究小鼠大脑的研究人员,新数据通过一个在线平台公开发布,不仅可以通过数据库进行搜索,还可以使用人工智能工具 ChatGPT 进行查询。索尔克研究教授玛格丽塔-贝伦斯(Margarita Behrens)补充说:"将小鼠作为模式生物的人非常多,这为他们在涉及小鼠大脑的研究中提供了一个非常强大的新工具。"这期《自然》特刊共刊登了 10 篇美国国立卫生研究院大脑计划(NIH BRAIN Initiative)的文章,其中 4 篇由索尔克研究人员合著,描述了小鼠大脑的细胞及其连接。这四篇论文中的亮点包括单细胞 DNA 甲基化图谱为了确定小鼠大脑中的所有细胞类型,索尔克研究人员采用了一次分析一个脑细胞的尖端技术。这些单细胞方法既研究细胞内DNA的三维结构,也研究DNA上附着的甲基化学基团的模式这是基因受细胞控制的两种不同方式。2019年,埃克的实验室小组开创了同时进行这两项测量的方法,这让研究人员不仅能研究出不同细胞类型中哪些基因程序被激活,还能研究出这些程序是如何开启和关闭的。研究小组发现了基因在不同细胞类型中通过不同方式被激活的例子,就像用两个不同的开关打开或关闭电灯一样。了解了这些重叠的分子回路,研究人员就能更容易地开发出干预脑部疾病的新方法。埃克实验室的博士后研究员、本文第一作者刘汉清说:"如果你能了解这些细胞类型中所有重要的调控元素,你也就能开始了解细胞的发育轨迹,这对了解自闭症和精神分裂症等神经发育疾病至关重要。"研究人员还对大脑的哪些区域含有哪些细胞类型有了新的发现。在对这些细胞类型进行编目时,他们还发现脑干和中脑的细胞类型远远多于大得多的大脑皮层这表明大脑的这些较小部分可能进化出了更多的功能。单细胞染色质图另一种间接确定DNA结构以及细胞正在积极利用哪段遗传物质的方法是测试哪些DNA可以被其他分子结合。加州大学圣地亚哥分校的任兵(Bing Ren)领导的研究人员(包括索尔克的埃克和贝伦斯)利用这种称为染色质可及性的方法,绘制了来自117只小鼠的230万个脑细胞的DNA结构图。然后,研究小组利用人工智能,根据这些染色质可及性模式,预测DNA的哪些部分是细胞状态的总体调控因子。他们发现的许多调控元件都位于DNA片段中,而这些DNA片段已经与人类脑部疾病有牵连;关于哪些细胞类型使用哪些调控元件的新知识有助于确定哪些细胞与哪些疾病有牵连。神经元投射和连接在贝伦斯、卡拉韦和埃克共同撰写的另一篇论文中,研究人员绘制了整个小鼠大脑神经元之间的连接图。然后,他们分析了这些图谱与细胞内甲基化模式的对比。这让他们发现了哪些基因负责引导神经元到达大脑的哪些区域。埃克实验室的博士后研究员、该论文的共同第一作者周景天(音译)说:"我们发现了某些规则,这些规则根据细胞的DNA甲基化模式决定细胞投射到哪里。"神经元之间的连接对其功能至关重要,而这套新规则可能有助于研究人员研究疾病中出现问题的原因。比较小鼠、猴子和人类的运动皮层运动皮层是哺乳动物大脑中参与计划和执行自主肢体运动的部分。贝伦斯、埃克和任领导的研究人员研究了来自人类、小鼠和非人灵长类运动皮层的 20 多万个细胞的甲基化模式和 DNA 结构,以更好地了解运动皮层细胞在人类进化过程中的变化。他们能够确定特定调控蛋白的进化与基因表达模式进化之间的相关性。他们还发现,近 80% 的人类特有的调控元件是可转座元件DNA 的移动小段,可以很容易地改变在基因组中的位置。"我认为,总的来说,这一整套研究为其他人未来的研究提供了蓝图,"索尔克分子神经生物学文森特-科茨讲座教授卡拉韦说。"研究特定细胞类型的人现在可以查看我们的数据,了解这些细胞的所有连接方式以及它们的所有调控方式。这是一种资源,可以让人们提出自己的问题"。编译自:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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约翰霍普金斯大学科学家解开夜盲症30年的生物学之谜

约翰霍普金斯大学科学家解开夜盲症30年的生物学之谜 5月14日发表在《美国国家科学院院刊》上的这一研究结果表明,名为G90D的视紫红质基因突变会产生一种不寻常的背景电"噪音",使眼睛的视杆细胞(即位于眼睛后部视网膜上负责夜间视力的细胞)脱敏,从而导致夜盲症,这种先天性疾病会导致弱光环境下的视力低下。该研究的作者写道,对异常电活动的识别可以"为未来的治疗干预提供目标"。约翰霍普金斯大学医学院神经科学系教授、博士 King-Wai Yau 说,这些电事件可以帮助科学家更好地了解眼睛的视杆细胞和视锥细胞是如何发挥作用的。这项研究由 Yau 和博士后研究员 Zuying Chai 领导。"众所周知,视紫红质中的G90D突变会产生背景电噪声,使杆状细胞脱敏,但这种'噪声'的性质及其精确的分子来源近30年来一直没有得到解决,"Yau说。"我们能够通过一种G90D rhodopsin表达水平非常低的小鼠模型来帮助解决这种疾病的机制问题。"在比较基因工程小鼠体内 G90D 的低表达水平和人类夜盲症患者体内 G90D 的表达水平时,作者得出结论,振幅低但频率极高的异常电活动可能是导致人类夜盲症的最大原因。除了不寻常的电噪声之外,人们还知道视紫红质会产生另一种叫做自发热异构化的电活动,即视紫红质分子内部的热能触发视紫红质随机激活。与观察到的异常电活动不同,G90D rhodopsin 的自发异构化表现出振幅高但频率低的特点。研究人员在实验中发现,G90D rhodopsin 的自发异构化率比正常 rhodopsin 高约两百倍,但它们的杆适配效应并不高,不足以在很大程度上导致人类的夜盲症。资料来源:King-Wai Yau 实验室在大多数情况下,视杆细胞对光线非常敏感,但对于夜盲症患者来说,视杆细胞无法准确探测光线的变化,在黑暗中也无法发挥作用。Yau 说,夜盲症患者需要更明亮的光线才能在弱光环境下看清东西。几十年来,尽管研究人员知道 G90D 基因突变,但他们一直难以确定它是如何导致夜盲症的,因为以前带有这种突变的小鼠模型会产生高水平的背景噪声,产生类似于背景光的效果,而小鼠的视杆细胞会很快适应这种背景光。这使得研究人员难以准确测量这种突变的信号效应。为了解决这个问题,约翰霍普金斯大学医学院的研究人员对小鼠进行了基因改造,使小鼠体内的 G90D 低表达,这一水平相当于小鼠自然群体中正常视紫红质表达量的 0.1%。这使研究人员能够区分 G90D 突变小鼠产生的不同类型的活动,就像几乎没有或根本没有等效的背景光存在一样。科学家们用一种高分辨率的方法记录了小鼠视网膜中单个视杆细胞的电活动,他们用一根超细玻璃吸管(宽度约为人头发丝的七十分之一)吸入了能够导电的生理盐水溶液。"实际上可以看到这些事件,"Yau 说。"我们使用了一种非常特殊的技术吸管记录技术,以如此高的分辨率记录活动,以至于如果一个视黄素分子发生异构化或激活,我们就能看到,因为这会导致电流发生变化。"G90D是与夜盲症有关的四种斜视蛋白突变之一。第一作者Chai说,下一步要做的是确定其他视黄素突变(T94I、A292E和A295V)是如何导致这种病症的。导致G90D夜盲症的机制可能与导致这种病症的其他三种视网膜视蛋白突变相似。编译来源:ScitechDailyDOI: 10.1073/pnas.2404763121 ... PC版: 手机版:

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神经生物学家发现了压力如何转化为恐惧 以及阻止它的方法

神经生物学家发现了压力如何转化为恐惧 以及阻止它的方法 发表在《科学》(Science)杂志上的最新研究确定了导致广泛恐惧体验的大脑生物化学和神经回路。图中,神经元显示为青色,逆行追踪器显示为黄色和品红色。资料来源:加州大学圣地亚哥分校斯皮策实验室但是,如果在没有实际威胁的情况下产生恐惧,就会对我们的健康造成危害。那些遭受过严重或危及生命的压力的人,即使在没有实际威胁的情况下,也会产生强烈的恐惧感。这种恐惧的泛化会对心理造成伤害,并可能导致长期的精神疾病,如创伤后应激障碍(PTSD)。在没有威胁的情况下,我们的大脑会产生恐惧感,这种由压力引起的机制一直是个谜。现在,加利福尼亚大学圣迭戈分校的神经生物学家确定了导致这种普遍恐惧体验的大脑生化变化,并绘制了神经回路图。他们的研究发表在《科学》杂志上,为如何预防恐惧反应提供了新的见解。背侧剑突是位于脑干的一个区域,图像中绿色显示的是血清素能神经元,红色显示的是病毒表达的 TdTomato 蛋白,黄色显示的是共聚焦细胞。加州大学圣地亚哥分校斯皮策实验室。图片来源:加州大学圣地亚哥分校斯皮策实验室恐惧研究的突破在报告中,前加州大学圣地亚哥分校助理项目科学家李慧泉(现为 Neurocrine Biosciences 公司高级科学家)、生物科学学院阿特金森家族特聘教授尼克-斯皮策(Nick Spitzer)和他们的同事描述了他们发现神经递质使大脑神经元能够相互沟通的化学信使是压力诱发广泛恐惧的根源的研究过程。研究人员通过对小鼠大脑中一个被称为背侧剑突的区域(位于脑干)进行研究,发现急性压力会诱发神经元中化学信号的转换,从兴奋性的"谷氨酸"神经递质转换为抑制性的"GABA"神经递质,从而导致普遍的恐惧反应。针对普遍恐惧的见解和干预措施加州大学圣地亚哥分校神经生物学系和卡夫利脑与心智研究所成员斯皮策说:"我们的研究结果为了解恐惧泛化的相关机制提供了重要见解。从这一分子细节层面了解这些过程的好处是知道发生了什么以及发生在哪里可以针对驱动相关疾病的机制进行干预"。使用共聚焦显微镜拍摄的大脑背侧急流区图像。资料来源:加州大学圣地亚哥分校斯皮策实验室压力诱导神经递质的转换被认为是大脑可塑性的一种形式,在这一新发现的基础上,研究人员随后对患有创伤后应激障碍的人的死后大脑进行了检查。在他们的大脑中也证实了类似的谷氨酸-GABA 神经递质转换。研究人员接下来找到了一种阻止产生广泛恐惧的方法。在小鼠经历急性应激之前,他们给小鼠的背侧剑突注射了一种腺相关病毒(AAV),以抑制负责合成 GABA 的基因。这种方法阻止了小鼠获得广泛性恐惧。此外,当小鼠在应激事件发生后立即服用抗抑郁药氟西汀(百忧解)时,递质转换和随后出现的广泛性恐惧就会被阻止。研究人员不仅确定了切换发射器的神经元位置,还展示了这些神经元与中央杏仁核和外侧下丘脑的连接,而这些脑区以前与其他恐惧反应的产生有关。斯皮策说,"既然我们已经掌握了压力诱发恐惧的核心机制以及实施这种恐惧的电路,那么干预措施就可以有针对性和特异性。"编译自:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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甘蔗基因组的完整图谱首次完成绘制 蕴藏将甘蔗转化为绿色燃料的方法

甘蔗基因组的完整图谱首次完成绘制 蕴藏将甘蔗转化为绿色燃料的方法 共同作者、昆士兰农业和食品创新联盟的罗伯特-亨利教授说,甘蔗是世界上 20 种主要作物中最后一种绘制了基因组图谱的作物。亨利教授说:"这标志着甘蔗基因组革命的开始,现在我们拥有了与其他作物公平竞争的知识。虽然这一基因组测绘将成为帮助创造更多抗性甘蔗作物的工具,但它也是我们将甘蔗和其他植物生物质转化为航空燃料的其他研究向前迈出的重要一步"。这张图片显示的是基因排序图(使用 GENESPACE 创建),它比较了相关植物物种的基因组组装情况。水平白线代表染色体,连接染色体的彩色编织线表示保守的基因块。这样,研究人员就能将研究得比较透彻的作物(如双色高粱,一种特殊的高粱)中的保守基因追踪到更复杂的基因组中,如野生甘蔗和栽培品种 R570,从而更好地了解它们的功能。为了形成对比,上一行提供了 R570 先前的单倍体组合,其中基因组中的多个染色体拷贝被表示为一个单一的马赛克组合。图片来源:Adam Healey 和 John Lovell/HudsonAlpha可再生碳和甘蔗的潜力亨利教授正在开发从植物生物质中提取的可再生碳产品,以用作具有成本效益和可持续发展的航空燃料,这是澳大利亚研究理事会植物替代化石碳工程研究中心(ARC Research Hub for Engineering Plants to Replacement Fossil Carbon)工作的一部分。他说:"传统上,甘蔗只是为了制糖而培育的,但现在随着净零排放目标的实现,人们对世界上产量最高的作物之一成为可再生碳源产生了浓厚的兴趣。这张基因组图谱将帮助我们生产出甘蔗,它是替代化石碳的更好原料"。对甘蔗研究和产业的影响首席研究员、澳大利亚联邦科学与工业研究组织(CSIRO)研究科学家凯伦-艾特肯(Karen Aitken)博士说,基因组测绘方面的突破通过利用以前无法获得的甘蔗遗传多样性,解决了蔗糖产量停滞不前的严峻挑战。艾特肯博士说:"这是甘蔗研究向前迈出的重要一步,将提高我们对甘蔗产量、对不同环境条件的适应性以及抗病性等复杂性状的认识。这是首个完成的优质甘蔗品种基因组,代表了全球科学家 10 年合作努力的重大科学成就。这些知识为我们提供了新的工具,以加强世界各地针对这种宝贵的生物能源和粮食作物的育种计划。"澳大利亚糖业研究中心细胞遗传学家 Nathalie Piperidis 博士说,该序列的公布将创造大量机会,澳大利亚糖业研究协会为参与这一了不起的成就感到无比自豪。"这项工作不仅有望增进我们对这种神奇作物的了解,而且还将提供前所未有的方法来推动行业内的育种技术,以生产一系列可再生和商业上可行的产品,其中包括但远不止蔗糖"。研究论文发表在《自然》杂志上。编译自:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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