细菌战甲:青蛙疫苗如何改变微生物组以对抗致命真菌

细菌战甲:青蛙疫苗如何改变微生物组以对抗致命真菌该研究于6月12日发表在皇家学会哲学会刊B的特刊上,表明微生物组反应可能是疫苗功效中一个重要的、被忽视的部分。“构成动物微生物组的微生物通常可以帮助抵御病原体,例如通过产生有益物质或通过与病原体竞争空间或营养物质,”宾夕法尼亚州立大学生物学副教授兼研究负责人GuiBecker说。“但是当你接种疫苗时,你的微生物组会发生什么变化,比如COVID疫苗、流感疫苗或黄热病疫苗等减毒活疫苗?在这项研究中,我们以青蛙作为模型系统开始探索这个问题。”青蛙和其他两栖动物受到壶菌的威胁,这导致几大洲的一些物种灭绝,数百种其他物种的种群数量严重下降。在易感物种中,这种真菌会导致有时致命的皮肤病。“壶菌是近代历史上野生动物保护最严重的病原体之一,如果不是最严重的话,迫切需要开发控制其传播的工具,”贝克尔说,他也是OneHealth微生物组中心和宾夕法尼亚州立大学传染病动力学中心的成员。“我们发现,在某些情况下,疫苗可以诱导微生物组发生保护性转变,这表明仔细操纵微生物组可以作为更广泛战略的一部分,帮助两栖动物,或许还有其他脊椎动物,应对新出现的病原体。”研究人员应用了一种疫苗,在这种情况下,一种由壶菌产生的代谢产物的非致死剂量用于蝌蚪。五周后,他们观察了微生物组的组成是如何变化的,确定了单个细菌种类及其相对比例。研究人员还在实验室中培养了每种细菌,并测试了特定于细菌的产品是否促进、抑制或对壶菌生长没有影响,将结果添加到该信息的大型数据库中并与之进行比较。“增加接触壶菌产品的浓度和持续时间会显着改变微生物组的组成,从而产生更高比例的细菌产生抗壶菌物质,”大学贝克尔实验室的硕士生SamanthaSiomko说。阿拉巴马州的研究人员和论文的第一作者。“这种保护性转变表明,如果一只动物再次接触到相同的真菌,它的微生物组将能够更好地对抗病原体。”以前在微生物组中诱导保护性变化的尝试依赖于添加一种或多种已知可产生有效抗真菌代谢物(即益生菌)的细菌。然而,根据研究人员的说法,细菌必须与微生物组中的其他物种竞争,并且并不总是能够成功地将自己确立为微生物组的永久成员。贝克尔说:“这些青蛙的皮肤上有数百种细菌,它们是从环境中吸收的,而且成分会定期变化,包括随季节变化。试图操纵微生物社区,例如通过添加细菌益生菌,是具有挑战性的,因为社区的动态是如此复杂和不可预测。我们的结果很有希望,因为我们基本上已经朝着更有效地对抗真菌病原体的方向操纵了整个细菌群落,而无需添加需要竞争资源才能生存的生物。”值得注意的是,微生物组内的物种总数多样性没有受到影响,只有物种的组成和相对比例受到影响。研究人员认为这是积极的,因为青蛙微生物组多样性的下降通常会导致疾病或死亡,而且人们普遍认为,维持多样化的微生物组可以让细菌和微生物物种群落更动态地应对威胁更高的功能冗余。研究人员表示,微生物组组成的这种适应性转变,他们称之为“微生物组记忆”,可能在疫苗功效中发挥重要作用。除了了解这种转变背后的机制外,研究小组还希望在未来研究成年青蛙和其他脊椎动物的微生物组记忆概念。“我们的合作团队实施了一种预防技术,该技术依赖于来自壶菌的代谢产物,”贝克尔说。“基于mRNA或活细胞的疫苗——就像那些通常用于预防细菌或病毒感染的疫苗——可能会对微生物组产生不同的影响,我们很高兴探索这种可能性。”...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1364805.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1364805.htm

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针对佛教僧侣的微生物组研究揭示了冥想对肠道细菌的影响2017年对18项冥想研究的回顾推测,这种做法可以改变影响炎症的某些基因的表达。虽然这被假设为支撑冥想的一些积极影响的可能机制,但工作的分子过程仍然是个谜。在最近的研究揭示了我们的肠道-大脑轴可以影响炎症、新陈代谢和情绪的许多方式之后,新的研究开始探索冥想和肠道微生物组之间的潜在关系。为了做到这一点,研究人员转向了与世隔绝的藏传佛教僧侣,他们每天花很多时间进行冥想。来自西藏三个偏远寺庙的37名佛教僧侣被招募来提供粪便样本进行微生物组分析。每个参与者平均每天打坐两小时,时间长达30年。为了分离任何可能与冥想直接相关的微生物组差异,研究人员从一个由寺庙附近居民组成的对照组收集了微生物组样本。该研究指出,由于这些地区的受试者人数稀少,在招募一个足够的对照组方面存在重大挑战。在排除了那些服用抗生素或益生菌的人,并将他们的饮食、年龄和健康状况与僧侣相匹配后,研究人员找到了19名邻近的居民作为对照组。研究人员在新的研究中报告说:"我们发现,冥想组和对照组之间的几个细菌物种有明显的不同。冥想组中的细菌在属的层面上丰富了,对人类的身体和心理健康有积极的影响。这种改变的肠道微生物群组成可以减少焦虑和抑郁的风险,并改善身体的免疫功能"。冥想组中普雷沃特氏菌和细菌菌种的含量最为明显。这两个物种以前一直与积极的心理健康和低的抑郁症和焦虑症比率有关。尽管研究结果非常吸引人,但研究人员表示需要谨慎解释。研究对象的队列非常小,虽然研究人员试图将对照组尽可能地与僧侣相匹配,但研究结果不能直接断定检测到的微生物组差异完全是由冥想造成的。剑桥大学的AriannaBasile也强调,这些发现不能作为冥想通过微生物组改善心理健康的证据。没有参与这项新研究的Basile说,可能有一些证据表明冥想可以帮助轻微的心理健康疾病,这些新的发现并没有对这种关联提供巨大的洞察力。"研究人员能够研究粪便微生物群的不同功能,虽然他们推测了这些功能的影响,但研究无法预测它们是否真的会改变体内的化学过程,从而改变各种健康结果,"巴西尔指出。"同样重要的是要注意,样本量很小,虽然他们的16S测序技术没有问题,但其他技术,如元基因组猎枪分析,将能够在物种水平上分析肠道微生物组,这将提供更多信息。"至少这项新的研究是第一个尝试和调查冥想对肠道微生物组的长期影响。它也是第一个做了令人难以置信的艰苦的实际工作,追踪偏远的西藏佛教僧侣,将他们的肠道细菌与当地不打坐的邻居进行比较。这项研究的结论依赖于许多注意事项,但它也为未来的研究人员提供了引人入胜的新途径。"这些结果表明,长期的深度冥想可能对肠道微生物群产生有益的影响,使身体能够保持最佳的健康状态,"研究人员总结说。"这项研究提供了有关长期深度冥想在调节人类肠道菌群方面的作用的新线索,这可能在心身状况和福祉方面发挥积极作用"。这项新研究发表在《普通精神病学》杂志上。...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1339925.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1339925.htm

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蜜蜂蜂巢底部的碎片可以提供城市微生物组的快照

蜜蜂蜂巢底部的碎片可以提供城市微生物组的快照与我们的内脏充满了微生物一样,城市也有小型生物组,是在环境中生长的各种类型的小生物的组合。而且,就像分析我们内脏中的微生物组可以揭示关于我们身体状况的重要细节一样,对城市的小生灵做同样的事情可以揭示关于什么样的真菌、细菌和其他小生命形式与人类城市居民一起生活的数据。虽然有可能使用人类研究人员来收集一个城市的微生物组数据,但这种实地研究可能是昂贵的,劳动密集型的,而且费时。因此,来自纽约大学、麻省理工学院、普拉特学院和威尔康奈尔医学院的研究人员决定寻求一种昆虫的帮助,这种昆虫每天都会在世界各地的城市中飞驰:蜜蜂。由于蜜蜂每天可以在离其蜂巢两英里(3公里)的范围内觅食,研究人员认为它们可以成为人类现场研究人员的优秀替身。当蜜蜂从它们在城市街道上辛勤劳作的日子回来时,它们会在蜂巢的底部沉积细小的碎屑。通过分析这些碎片,研究人员发现了一些有趣的细节。在一项使用纽约布鲁克林区三个屋顶蜂巢的试点研究中,研究人员采取了蜂巢拭子,并检查了蜂蜜、蜂体和蜂巢碎片,以找出哪一个将提供最丰富的数据来源。碎片提供了最丰富的数据集,因此下一步是分析来自世界各地蜂巢的碎片。研究小组发现,他们研究的每个城市都在蜂巢碎片中发现了不同的基因特征。例如,在悉尼,样本显示了来自橡胶降解细菌的遗传物质,而墨尔本则更绿色,大量来自桉树的遗传物质出现在蜂巢的底部。对威尼斯的蜂巢的分析显示,来自与腐木和枣树有关的真菌的DNA在碎片中占主导地位。对东京蜂巢的分析不仅发现了用于发酵酱油的酵母的DNA,而且还发现了猫立克次体的存在,这是一种从猫身上传播给人类的病原体,引起一种通常被称为猫抓热的疾病。这一发现使研究小组相信,利用蜜蜂跟踪城市环境可能有希望成为追踪人类疾病传播的一种方式,尽管他们说目前的发现过于初步,无法就此得出明确的结论。"最让我们惊讶的是,蜜蜂不仅从它们接触的植物中收集微生物信息,而且还从它们穿越的微生物云中收集与其他环境或生物有关的信息,"纽约大学的ElizabethHénaff说,她是这项研究的主要作者。"这项研究对于理解如何设计我们的建筑环境以承载多物种城市具有意义。"对蜂巢碎片的额外分析也提供了关于可能影响蜜蜂健康的微生物的信息。在一些蜂巢中,科学家们发现了几种微生物,它们的存在表明蜂巢是健康的,但在另一些蜂巢中,他们发现了表明相反情况的病原体,这表明蜜蜂碎片分析可能是衡量蜂巢状态的一个好方法。这项研究已经发表在《环境微生物组》杂志上。...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1352067.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1352067.htm

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微生物中提取的抗生素对新型超级细菌有杀灭效果

微生物中提取的抗生素对新型超级细菌有杀灭效果在开发这种抗生素的过程中,来自德国和美国的研究人员使用了一种名为iCHip的设备,这种设备可以让科学家培养出迄今为止被认为是"细菌暗物质"的细菌,或者是根本无法在实验室中培养的细菌。有趣的是,99%的细菌都属于这一类。iCHip是由一家名为NovoBioticPharmaceuticals的小型初创公司和波士顿东北大学的微生物学家KimLewis共同开发的。这次,该设备帮助研究人员找到了一种抗生素--由北卡罗来纳州的土壤微生物Eleftheriaterraesubspeciescarolina产生的Clovibactin。这些细菌产生的有效物质是为了攻击其他土壤微生物,从而帮助它们战胜其他土壤微生物。该研究的合著者、乌得勒支大学化学系研究员马库斯-温加斯(MarkusWeingarth)说:"Clovibactin与众不同。由于它是从以前无法生长的细菌中分离出来的,病原菌以前没有见过这种抗生素,没有时间产生抗药性。"这种抗生素一经发现,研究人员就着手研究它的工作原理。他们发现,这种抗生素的杀菌机制与目前的抗生素不同。它基本上是在细菌入侵者用来构建细胞壁的三种不同前体分子周围形成一个笼子。事实上,"Clovibactin"这个名字来源于希腊语中的"Klovi",意思是笼子,因为它的作用方式很新颖。目前的一些抗生素也是通过破坏细菌细胞壁来发挥作用的,而克洛维菌素的独特之处在于它能锁住这些被称为焦磷酸盐的分子。Weingarth说:"Clovibactin就像一个严实的手套一样包裹着焦磷酸盐。就像一个笼子把目标围了起来。由于Clovibactin只与目标中不变的、保守的部分结合,细菌将更难产生抗药性。事实上,我们在研究中没有观察到任何对Clovibactin的抗药性。"Clovibactin能够穿透耐抗生素超级细菌的防御系统,这一事实进一步增强了人们对它的希望,因为它在与细菌的斗争中又向前迈进了几步。当抗生素附着在有害细菌上时,它会发出丝状物,进一步结合并消灭细菌。它还会使细菌释放出一种被称为自溶酶的酶,进一步帮助细菌溶解自身细胞壁,从而自行消亡。该研究的合著者、德国波恩大学的塔尼娅-施奈德(TanjaSchneider)说:"Clovibactin的多靶点攻击机制可在不同位置同时阻断细菌细胞壁的合成。这提高了药物的活性,并大大增强了其对抗药性产生的稳健性"。在小鼠研究中,Clovibactin能有效对抗多种病原体,尤其是对革兰氏阳性菌,如引起常见医院感染的MRSA、葡萄球菌和链球菌,以及引起结核病等一系列疾病的其他入侵者。研究小组现在计划研究如何利用氯维巴坦的有效性,并表示这种抗生素还需要一段时间才能作为药物广泛使用,因为它必须经过临床试验和审批等常规途径。这项研究发表在《细胞》杂志上。...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1378835.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1378835.htm

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新研究向抗病微生物组疗法迈出重要一步

新研究向抗病微生物组疗法迈出重要一步现在,哈德逊医学研究所(HudsonInstituteofMedicalResearch)与美国系统生物学研究所(InstituteforSystemsBiology)和澳大利亚莫纳什大学(MonashUniversity)的科学家合作开展的新研究发现了一种方法,可以确定肠道中哪些物种最重要,以及它们之间的相互作用如何影响微生物组和更广泛生物学的健康,并为治疗炎症性肠病、感染、自身免疫性疾病和癌症等一系列健康问题的新进展铺平了道路。哈德逊研究所副教授塞缪尔-福斯特(SamuelForster)说:"健康的肠道中大约有1000种不同的细菌--这是一个微观的多元文化社区,拥有超过一万亿的个体成员。我们微生物群落中的细菌以群落的形式存在,它们相互依赖,相互产生和分享关键的营养物质"。研究人员表示,通过研究复杂微生物群的计算模型,他们不仅可以了解微生物的构成和相互作用,还可以了解它们如何影响周围的身体。福斯特说:"我们开发了一种新的计算方法来了解这些依赖关系及其在塑造我们的微生物群方面的作用。这种新方法解开了我们对肠道微生物群的理解,为选择性重塑微生物群落的新治疗方案奠定了基础。"克罗恩病就是一个例子,研究小组证实它与微生物群中的硫化氢有关。研究人员发现,与之前的研究相反,该病是由于使用硫化氢的细菌减少而引发的,而不是产生硫化氢的物种增加。福斯特和他的团队与总部位于阿德莱德的生物技术公司BiomeBank有着长期的合作关系,该公司正在研究通过恢复肠道微生物生态来治疗和预防疾病的新方法。通过哈德逊医学研究所与BiomeBank的合作,这些对群落结构的深入了解将为合理选择微生物组合进行有针对性的干预提供机会。使用计算方法研究微生物群落可能是了解如何针对群落中的复杂关系采取意义深远的健康干预措施的关键一步。"这是开发复杂微生物疗法的重要一步,"领衔作者瓦内萨-马塞利诺(VanessaMarcelino)说。"这种方法使我们能够识别和排列细菌之间的关键相互作用,并利用这些知识预测改变群体的有针对性的方法"。该团队目前正与生物技术公司BiomeBank合作,以便将他们的发现付诸实践,找到利用肠道微生物群生态学治疗和预防疾病的新方法。福斯特说:"通过哈德逊医学研究所与BiomeBank的合作,我们对群落结构的这些见解将为合理选择微生物组合进行有针对性的干预提供机会。"该研究发表在《自然通讯》(NatureCommunications)杂志上。...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1391753.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1391753.htm

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