研究显示COVID-19感染包括多种SARS-CoV-2病毒变体

研究显示COVID-19感染包括多种SARS-CoV-2病毒变体凯斯西储大学（CWRU）的研究人员对360名COVID-19患者的病毒感染进行了基因排序。他们发现SARS-CoV-2病毒有广泛的遗传变异，表明所有的个体感染都包括病毒的多种变体。研究人员指出，有关该病毒的报告通常强调一个单一的优势毒株。这导致了对病毒遗传变异的报道不足，并可能在公共卫生计划和反应中产生严重后果。PC版：https://www.cnbeta.com/articles/soft/1315833.htm手机版：https://m.cnbeta.com/view/1315833.htm

研究发现SARS-CoV-2在感染后可在肺部存留长达18个月之久

研究发现SARS-CoV-2在感染后可在肺部存留长达18个月之久一项突破性研究揭示，由于先天性免疫系统失效，SARS-CoV-2可在肺部潜伏数月之久，无法被发现，并可能导致Long-COVID。感染COVID一到两周后，SARS-CoV-2病毒一般就无法在上呼吸道中检测到了。但这是否意味着病毒已不存在于人体内呢？为了弄清这个问题，巴斯德研究所（InstitutPasteur）艾滋病专业小组与法国公共研究机构替代能源和原子能委员会（CEA）合作，对动物模型的肺细胞进行了研究。研究结果表明，SARS-CoV-2不仅在某些人的肺部存在长达18个月之久，而且其持续存在似乎与先天性免疫（抵御病原体的第一道防线）失效有关。这项研究发表在《自然-免疫学》（NatureImmunology）杂志上。在COVID-19中发现病毒储库有些病毒在引起感染后会以隐蔽和难以察觉的方式在体内存留。它们被称为"病毒库"。艾滋病病毒就是这种情况，它潜伏在某些免疫细胞中，随时可能重新激活。导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒也可能是这种情况。至少，这是巴斯德研究所的一个科学家小组在2021年提出的假设，现在已在非人灵长类动物的临床前模型中得到证实。"我们观察到，在感染了SARS-CoV-2的灵长类动物身上，炎症会持续很长时间。因此，我们怀疑这可能是由于病毒在体内的存在，"巴斯德研究所艾滋病毒、炎症和持久性研究小组负责人米夏埃尔-穆勒-特鲁特温（MichaelaMüller-Trutwin）解释说。研究显示，SARS-CoV-2病毒通过桥状细胞突起从一个巨噬细胞传播到另一个巨噬细胞，从而实现传播。细胞核以粉红色标出，病毒蛋白NSP3以绿色标出。图片来源：©MarieLazzerini,NicolasHuot,InstitutPasteur研究结果为了研究SARS-CoV-2病毒的持久性，巴斯德研究所的科学家们与CEA的IDMIT（用于创新疗法的传染病模型）中心合作，对感染了该病毒的动物模型的生物样本进行了分析。研究的初步结果表明，尽管在上呼吸道或血液中检测不到病毒，但在感染6至18个月后，一些人的肺部发现了病毒。另一项发现是，Omicron菌株在肺部持续存在的病毒数量低于SARS-CoV-2原始菌株。这项研究的第一作者、巴斯德研究所艾滋病毒、炎症和持久性研究组的研究员尼古拉斯-胡特（NicolasHuot）指出："我们非常惊讶地发现，在经过如此长的时间之后，在某些免疫细胞--肺泡巨噬细胞--中发现了病毒，而常规的PCR检测结果是阴性的。更重要的是，我们培养了这些病毒，并利用我们开发的研究艾滋病毒的工具观察到它们仍然能够复制。"为了了解先天性免疫在控制这些病毒库中的作用，科学家们随后将注意力转向了NK（自然杀伤）细胞。MichaelaMüller-Trutwin说："先天性免疫的细胞反应是人体的第一道防线，但直到现在对SARS-CoV-2感染的研究还很少。然而，人们早就知道NK细胞在控制病毒感染方面发挥着重要作用。这项研究表明，在一些动物体内，感染了SARS-CoV-2的巨噬细胞对NK细胞的破坏具有抵抗力，而在另一些动物体内，NK细胞能够适应感染（被称为适应性NK细胞）并破坏抵抗性细胞，在这种情况下就是巨噬细胞。"因此，这项研究揭示了一种可能解释"病毒库"存在的机制：长期感染病毒或感染很少病毒的人体内会产生适应性NK细胞，而感染较多病毒的人体内不仅没有适应性NK细胞，而且NK细胞的活性也会降低。因此，先天免疫似乎在控制持续性SARS-CoV-2病毒方面发挥了作用。"我们将开始对大流行开始时感染SARS-CoV-2的人群进行研究，以确定所发现的病毒库和机制是否与长期COVID病例有关。MichaelaMüller-Trutwin说："但这里的结果已经代表了在了解病毒库的性质和调节病毒持续存在的机制方面迈出的重要一步。"参考文献"SARS-CoV-2病毒在肺泡巨噬细胞中的持续存在受IFN-γ和NK细胞的控制"，作者：NicolasHuot、CyrilPlanchais、PierreRosenbaum、VanessaContreras、BeatriceJacquelin、CarolinePetitdemange、MarieLazzerini、EmmaBeaumont、AurelioOrta-Resendiz、FélixA.Rey、R.KeithRey、FélixA.Rosenbaum。Rey、R.KeithReeves、RogerLeGrand、HugoMouquet和MichaelaMüller-Trutwin，2023年11月2日，《自然-免疫学》。DOI:10.1038/s41590-023-01661-4编译来源：ScitechDaily...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1403855.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1403855.htm

研究人员发现对所有治疗性抗体有抗性的新冠病毒亚变体

研究人员发现对所有治疗性抗体有抗性的新冠病毒亚变体感染SARS冠状病毒-2（SARS-CoV-2）或接种COVID-19疫苗后会引发免疫反应，从而产生中和抗体，帮助预防SARS-CoV-2的（再次）感染或疾病的严重过程。通过附着在病毒的穗状蛋白上，中和抗体提供保护并阻止病毒进入细胞。Omicron亚型BA.1、BA.4、BA.5以及Q.1.1在尖峰蛋白上有大量的突变。其中一些突变是逃逸突变，使病毒能够逃避抗体的中和。此外，对生物技术生产的抗体的抗性也在发展，这些抗体是作为预防措施或作为对已确诊的SARS-CoV-2感染的治疗而给高风险患者使用的。Omicron亚系BQ.1.1是第一个对目前由EMA（欧洲药品管理局）和/或FDA（美国食品和药物管理局）批准的所有抗体疗法具有抗性的变体。然而，某些SARS-CoV-2变体，特别是Omicron变体，由于尖峰蛋白的突变，避免了中和抗体，甚至在接种疫苗或康复期的个人中引起有症状的感染。这被称为免疫规避，它对高风险人群构成了危险，包括老年人和免疫系统较弱的人，或者由于疾病或药物治疗所导致。他们往往不能产生足以保护自己免受严重疾病的免疫反应，即使在全面接种疫苗后也是如此。为了保护高风险患者，在确认SARS-CoV-2感染后，以生物技术生产的抗体作为预防措施或作为早期治疗。不同SARS-CoV-2变体的尖峰蛋白的突变赋予了对个别抗体疗法的抗性。因此，定期监测治疗性抗体是否对目前流通的病毒变体继续有效是很重要的。来自德国灵长类动物中心-莱布尼茨灵长类动物研究所感染生物学组和弗里德里希-亚历山大-纽伦堡大学分子免疫学部的一个研究小组调查了已获批准的抗体疗法对目前流通的Omicron亚变体的抑制效率。研究人员发现，在全球范围内正在上升的Omicron亚变体BQ.1.1对所有可用的抗体疗法都有抵抗力。"在我们的研究中，我们将携带选定病毒变体的穗状蛋白的非传播性病毒颗粒与不同稀释度的待测抗体混合，随后测量抑制细胞培养物感染所需的抗体量。"该研究的主要作者PhernaArora解释说："我们总共测试了12种单独的抗体，其中6种在欧洲被批准用于临床，还有4种抗体鸡尾酒抗体组合。"研究人员发现，Omicron亚变体BQ.1.1既不能被单个抗体也不能被抗体鸡尾酒中和。相比之下，目前占主导地位的Omicron亚变体BA.5仍能被一种获批的抗体和两种获批的抗体鸡尾酒中和。"考虑到高风险患者，我们非常关注Omicron亚变体BQ.1.1对所有获批抗体疗法的耐药性。特别是在BQ.1.1广泛存在的地区，医生在治疗受感染的高危患者时不应该仅仅依靠抗体疗法，还应该考虑使用其他药物，如帕克洛韦或莫努匹韦，"研究负责人MarkusHoffmann对该研究结果评论道。发现Omicron亚变体BQ.1.1已经对一种即将在美国获批的新抗体疗法产生耐药性，这突出了开发针对COVID-19的新抗体疗法的重要性。"SARS-CoV-2变体的抗体耐药性的不断发展要求开发新的抗体疗法，专门针对目前流通的和未来的病毒变体。"德国灵长类动物中心-莱布尼茨灵长类动物研究所感染生物学组组长StefanPöhlmann总结说："理想情况下，它们应该针对尖峰蛋白中几乎没有可能发生逃逸突变的区域。"...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1335803.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1335803.htm

科学家们发现可令SARS-CoV-2病毒尖峰蛋白失效的小分子药物

科学家们发现可令SARS-CoV-2病毒尖峰蛋白失效的小分子药物一些小分子可以将SARS-CoV-2尖峰蛋白锁定在无害的封闭构型（左），而不是传染性的开放构型（右）。穗状蛋白在攻击细胞时改变形状。在它们的"开放"结构中，它们暴露出一个被称为受体结合域（RBD）的部分，因此它可以附着在人类细胞的ACE2蛋白上。在"封闭"结构中，这个RBD部分被藏在尖峰蛋白内，不能与人类细胞结合。一些COVID-19疗法中包含的抗体，或由疫苗或感染刺激的抗体，都是针对RBD结构域的，所以它不能与ACE2结合。然而，冠状病毒的一些新变种含有RBD片段的突变。这意味着旨在针对该片段的疫苗和抗体疗法可能随着病毒的变异而变得不再有效。为了解决这个问题，可以将穗状蛋白中其他不太容易发生突变的部分作为目标。一种可能性是穗状蛋白中的一个口袋，它被称为病毒的阿喀琉斯之踵。当这个口袋被游离脂肪酸（FFA）或其他一些化合物占据时，该蛋白仍被锁定在其封闭的、无害的构造中。然而，这些化合物并不是合适的治疗方法，因为它们并不稳定，或者它们的结合力很弱。因此，JianhuiHuang,NiuHuang,及其同事决定寻找其他缺乏这些缺陷的潜在治疗方法。利用计算机建模，该团队筛选了一个小分子库，寻找那些能够滑入这个口袋并牢牢粘在穗状蛋白上的小分子，使其保持封闭形状。然后，研究人员使用表面等离子体共振和其他技术来评估这些分子的类似物，以改善结合和溶解度。研究小组说，所产生的化合物能够与原始冠状病毒以及omicronBA.4变体的尖峰蛋白结合，可以作为开发COVID-19广谱治疗方法的起点。...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1343281.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1343281.htm

研究人员解释为什么Omicron比其他COVID-19变种更具感染性

研究人员解释为什么Omicron比其他COVID-19变种更具感染性今年早些时候SARS-CoV-2的Omicron变种迅速在全世界蔓延，来自Gladstone研究所、加州大学伯克利分校和创新基因组学研究所的研究人员利用病毒样颗粒来确定该病毒的哪些元素负责其高度的感染性和传播。此外，他们还证明，尽管针对早期病毒变种产生的抗体对Omicron的有效性大大降低，但那些最近打过加强针的人拥有更高水平的有效抗体。这项研究最近发表在《美国国家科学院院刊》上。"病毒样颗粒系统让我们快速查询新的变种，并深入了解它们在细胞培养中的感染性是否发生变化，"格拉德斯通病毒学研究所所长、这项新研究的资深作者MelanieOtt博士说。"就Omicron而言，它使我们能够更好地掌握，在分子水平上，这个变种与其他变种有什么不同。""这种方法对于快速研究先前的抗体和疫苗对一个新出现的病毒株的有效性是非常有用的，"该研究的另一位高级作者珍妮弗-杜德纳博士指出，他是格拉德斯通公司的高级调查员，加州大学伯克利分校的教授，创新基因组学研究所的创始人，以及霍华德-休斯医学研究所的调查员。包括阿卜杜拉-赛义德（左）和艾莉森-西林（右）在内的一个研究小组利用类病毒颗粒来确定SARS-CoV-2病毒的哪些部分是其感染性和传播性增加的原因。资料来源：迈克尔-肖特/格拉斯通研究所类似病毒的样颗粒加速了Omicron的研究流行病学证据表明，2021年11月在南非首次发现的SARS-CoV-2的Omicron变种，比该病毒的原始毒株传播得更快。与其他变种相比，它还导致了更多的突破性感染，例如在以前感染过或完全接种过COVID-19疫苗的人身上。为了研究SARS-CoV-2病毒，Ott和Doudna的研究团队在2021年的最初几个月创造了病毒样颗粒。这些颗粒是由病毒颗粒的结构的膜、包膜、核苷酸和穗状蛋白组成的。然而，由于类病毒颗粒没有病毒的基因组，它们不能感染人类，处理起来比活体病毒的危险性要小。此外，研究人员创造新的类病毒颗粒的速度远远超过他们培育新的活病毒变种来进行分析。研究人员先前展示了相应的完整活病毒的感染性是如何与类病毒颗粒的组装效果相关的。例如，根据细胞培养实验，如果携带某种突变的类病毒颗粒在产生病毒颗粒方面更有效，那么具有相同突变的活病毒副本也更具感染性。最近，该团队开发了病毒样颗粒，以捕捉新出现的SARS-CoV-2的Omicron变种中不同突变的影响。他们发现，尖峰蛋白的Omicron突变使病毒样颗粒的感染性比带有祖代尖峰蛋白的颗粒高一倍。而携带Omicron突变的核衣壳蛋白的病毒样颗粒的感染性是祖先SARS-CoV-2的30倍。Ott说："人们一直在关注尖峰蛋白，但我们在我们的系统中看到，对于Delta和Omicron来说，核衣壳在加强这种病毒的传播方面确实更重要。我认为，如果我们想产生更好的疫苗或研究阻断COVID-19的传播，我们可能想考虑尖峰蛋白以外的目标。"当研究小组制造出携带Omicron突变的膜或包膜蛋白的病毒样颗粒时，他们发现这些颗粒并不比祖先的病毒样颗粒更具感染性；事实上，它们的感染性只有其他一些...PC版：https://www.cnbeta.com/articles/soft/1312279.htm手机版：https://m.cnbeta.com/view/1312279.htm

Omicron的后代：Arcturus - 了解冠状病毒新变体XBB.1.16

Omicron的后代：Arcturus-了解冠状病毒新变体XBB.1.16一个新的COVID变体XBB.1.16，或"Arcturus"现在已经在包括英国在内的至少34个国家被确认。Arcturus是omicron的一个亚变体，于2023年1月在印度首次发现。截至4月17日，即英国卫生安全局（UKHSA）报告英国这一变体数据的最新日期，整个英格兰已经对105例Arcturus进行了排序。五名对Arcturus检测呈阳性的英国人已经死亡。值得注意的是，只有一小部分COVID-19感染者进行了基因测序，所以很可能还有许多Arcturus病例。英国卫生局最近报告说，该变体在英国的序列中占2.3%。同时，Arcturus最近几周在美国稳步上升，截至4月底，占新的COVID确诊病例的10%以上。但该变体在印度一直占主导地位，截至4月中旬，印度记录的Arcturus序列占全球的61%。在过去的一个月里，它促使印度的病例大幅增加。该国每天记录超过10,000个COVID病例，Arcturus占所有病例的三分之二。幸运的是，这一浪潮现在似乎正在下降。尽管如此，Arcturus已被世界卫生组织列为一个值得关注的变体。那么，我们对这个变体了解多少，我们是否应该担心？Arcturus是从哪里来的？XBB.1.16是XBB的后代，是一个重组的Omicron菌株，意味着它包含来自两个不同变种的遗传物质。具体来说，XBB是两个BA.2亚系的混合物：BA.2.10.1和BA.2.75。相对于早期的变种，XBB显示出更高的传播性，可能是因为它似乎更善于逃避现有的疫苗接种和先前感染的免疫力。Arcturus与XBB.1.5关系非常密切，也被称为Kraken。与它的母株XBB相比，Arcturus在尖峰蛋白上有三个额外的突变：E180V，F486P和K478R。这是SARS-CoV-2（导致COVID的病毒）表面的一种蛋白质，使其能够与我们的细胞结合并感染。据了解，Arcturus是迄今为止最具传染性的亚变体，而这些额外的突变可能解释了原因。COVID的典型症状包括发烧、咳嗽、流鼻涕和失去味觉或嗅觉。然而，印度的医生报告说，感染Arcturus的儿童出现了结膜炎症状，这在早期的COVID传播过程中一般不会出现。疫苗保护情况如何？COVID疫苗针对SARS-CoV-2的尖峰蛋白。因此，尖峰蛋白的突变可能会影响疫苗的效果。目前还没有关于疫苗对Arcturus的功效的数据。然而，最近的一项研究发现，在接种过疫苗或以前感染过的人中，对密切相关的XBB和XBB.1毒株产生的抗体反应明显低于对其他变种的反应。因此，XBB亚变体可能威胁到目前的COVID疫苗和治疗方法。但重要的是，疫苗很可能仍然对重症提供良好的保护。虽然需要进一步研究以确认Arcturus对疫苗的反应，但科学家们正在继续研究新的疫苗，这些疫苗可以对新出现的变体提供更强的保护。omicron的持续演变尽管omicron在2021年底首次被检测到，但它仍在继续进化，导致新的亚变体。Arcturus是迄今为止检测到的大约600个中的一个。这在高度接种疫苗的人群中是可以预期的。新的变体自然会进化以逃避现有的防御措施。那些具有竞争优势的菌株--即更大的传播性和逃避我们免疫反应的能力--将占据主导地位。Arcturus可能会促使英国和其他地方的病例增加。然而，没有很大的理由担心。虽然科学家将继续监测Arcturus，但现阶段没有证据表明它比以前的变种更严重。此外，我们现在有来自疫苗和自然感染的良好保护。尽管如此，COVID的持续演变和Arcturus等新毒株的出现提醒我们，这种病毒仍然与我们同在。对于那些有资格接受进一步强化治疗的人来说，重要的是保持最新的治疗策略。作者：ManalMohammed，威斯敏斯特大学医学微生物学高级讲师。...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1360887.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1360887.htm