研究发现受感染的微生物会携带产生甲烷的新基因

研究发现受感染的微生物会携带产生甲烷的新基因 研究发现,微生物一旦受到感染,就会携带产生甲烷的新基因。最近的一项研究揭示,感染微生物的病毒在甲烷(一种强效温室气体)的环境循环中发挥着关键作用,从而加剧了气候变化。通过分析从各种湖泊到牛胃内部等15种不同栖息地采集的近1000组元基因组DNA数据,研究人员发现,微生物病毒携带有控制甲烷过程的特殊遗传元素,即辅助代谢基因(AMGs)。根据生物栖息地的不同,这些基因的数量也会不同,这表明病毒对环境的潜在影响也因其栖息地而异。这项研究的第一作者、俄亥俄州立大学伯德极地与气候研究中心副研究员钟志平说,这一发现为更好地理解甲烷如何在不同生态系统中相互作用和移动提供了重要依据。"了解微生物如何推动甲烷过程非常重要,"钟说,他也是一名微生物学家,研究微生物如何在不同环境中进化。"微生物对甲烷代谢过程的贡献已经研究了几十年,但对病毒领域的研究在很大程度上仍然不足,我们希望了解更多"。这项研究发表在《自然通讯》杂志上。病毒在温室气体排放中的作用病毒帮助促进了地球上所有的生态、生物地球化学和进化过程,但科学家们直到最近才开始探索它们与气候变化的关系。例如,甲烷是仅次于二氧化碳的第二大温室气体排放源,但主要是由被称为古细菌的单细胞生物产生的。这项研究的共同作者、俄亥俄州立大学微生物组科学中心微生物学教授马修-沙利文(Matthew Sullivan)说:"病毒是地球上最丰富的生物实体。在这里,我们在一长串病毒编码的代谢基因中增加了甲烷循环基因,从而扩大了我们对其影响的了解。我们的团队试图回答病毒在感染过程中实际操纵了多少'微生物代谢'"。尽管微生物在加速大气变暖方面发挥的重要作用现已得到广泛认可,但人们对感染这些微生物的病毒所编码的甲烷代谢相关基因如何影响它们的甲烷产生却知之甚少,钟南山说。为了解开这个谜团,钟志平和他的同事们花了近十年的时间从独特的微生物库中收集和分析微生物和病毒 DNA 样本。研究小组选择的最重要的研究地点之一是克罗地亚自然保护区内的弗拉纳湖。在富含甲烷的湖泊沉积物中,研究人员发现了大量影响甲烷产生和氧化的微生物基因。此外,他们还发现了多种病毒群落,并发现了 13 种有助于调节宿主新陈代谢的 AMG。尽管如此,没有任何证据表明这些病毒本身直接编码甲烷代谢基因,这表明病毒对甲烷循环的潜在影响因其栖息地而异,钟说。牲畜和环境影响总之,研究显示,甲烷代谢AMG更有可能在宿主相关环境(如牛胃内部)中发现,而在环境栖息地(如湖泊沉积物)中发现的这些基因则较少。由于奶牛和其他牲畜也造成了全球约 40% 的甲烷排放,他们的研究表明,病毒、生物和整个环境之间的复杂关系可能比科学家们曾经想象的更加错综复杂。钟说:"这些发现表明,病毒对全球的影响被低估了,值得引起更多关注。"虽然目前还不清楚人类活动是否影响了这些病毒的进化,但研究小组希望从这项工作中获得的新见解能让人们进一步认识到传染源对地球上所有生命的影响力。尽管如此,要继续深入了解这些病毒的内在机制,还需要进一步的实验来进一步了解它们对地球甲烷循环的贡献,钟南山说,尤其是当科学家们在研究如何减少微生物驱动的甲烷排放时。他说:"这项工作是掌握气候变化的病毒影响的第一步。我们还有很多东西要学。"编译自:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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研究人员对3.175亿个海洋微生物的基因信息进行了分析和编目

研究人员对3.175亿个海洋微生物的基因信息进行了分析和编目 海洋微生物组是一个巨大的、高度多样化的基因库,具有复杂的新陈代谢能力。全球海洋基因组已被证明是科学的重要资源,尤其是在健康领域。例如,最初从水母中分离出来的绿色荧光蛋白现在已被广泛应用于医学成像诊断;生活在热液喷口周围的细菌是用于检测 SARS-CoV-2 的 PCR 测试中聚合酶的来源。但是,还有更多的基因有待发现。元基因组学是对直接取自环境或临床样本的遗传物质的研究,可以将基因功能与基因所属的生物体相匹配。分析数百万海洋微生物的基因构成是一项艰巨的任务。值得庆幸的是,人工智能的兴起和计算能力的提高使得大规模的元基因组分析成为可能。现在,阿卜杜拉国王科技大学(KAUST)的研究人员与西班牙国家研究委员会(CSIC)海洋科学研究所合作,对居住在海洋中的微生物的大量基因信息进行了分析和编目。研究人员利用 2021 年发明的 KAUST 元基因组分析平台 (KMAP) 分析了 2102 份海洋样本。大部分(78.5%)样本采集于上层海洋(0 至 200 米/656 英尺);7.2%采集于中层海洋(200 米/656 英尺至 1000 米/3281 英尺);10.2%采集于暗层海洋,深度低于 1000 米/3281 英尺。他们的DNA测序分析确定了3.175亿个独特的基因簇,并利用这些基因簇创建了KMAP全球海洋基因目录1.0,这是世界上最大的海洋微生物开源目录,可将微生物与基因功能、地理位置和栖息地类型相匹配。除了增进我们对海洋微生物群及其新陈代谢能力的了解外,所提供的信息还能帮助科学家追踪全球变暖、污染和整体海洋健康状况,并为探索新型基因在医药、能源、食品和其他行业的潜在用途提供了工具。该研究的通讯作者卡洛斯-杜阿尔特(Carlos Duarte)说:"科学家可以远程访问目录,研究不同的海洋生态系统是如何运作的,跟踪污染和全球变暖的影响,寻找生物技术应用,如新型抗生素或分解塑料的新方法。我们目前正在经历的人工智能加速发展很可能会在识别我们正在发布的海量目录中所包含的生物技术相关基因方面发挥重要作用"。有趣的是,在中深海区发现的独特基因簇中,真菌占了 50%以上,这凸显了真菌对微生物多样性的贡献。此外,95.9% 的样本来自远洋区,即远离海岸的开放自由水域,4.1% 的样本来自海底区,即洋底。底栖微生物在海洋生物地球化学循环中起着举足轻重的作用,生物圈中生物(生物)和非生物(非生物)之间的相互作用促进了碳、氮和硫等重要元素的更替。收集有关这些微生物的信息为了解海洋生态系统如何适应因自然和人为原因而不断变化的环境提供了宝贵的信息。"我们的分析强调了继续对海洋进行采样的必要性,重点是那些研究不足的区域,如深海和洋底,"该研究的主要作者Elisa Liaolo说。虽然 3.175 亿个基因簇听起来似乎很多,但研究人员知道,他们仍有很多工作要做。杜阿尔特说:"海洋基因目录1.0中记录的3.17亿个基因组虽然令人印象深刻,但很可能只是海洋生命漫长进化史所积累的庞大功能库的冰山一角。进一步的项目侧重于对海洋中未被充分研究的栖息地进行取样和大规模测序,其中包括研究中未包括的珊瑚和海草等生物,这些栖息地中已知有大量微生物物种,这些项目将可能揭示出比这个初始基因目录中包含的基因数量多得多的基因。"这项研究发表在《科学前沿》杂志上。 ... PC版: 手机版:

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《.微生物学 》

《.微生物学 》 简介:研究微小生物的学科,涵盖细菌、病毒、真菌等单细胞或多细胞生物的结构、功能及其生态作用。通过揭示微生物的代谢机制与遗传特性,推动医学(如抗生素与疫苗研发)、农业(生物肥料)及工业(发酵技术)等领域的创新应用。 亮点:在公共卫生(如病原体防控)、环境治理(污染物降解)和生物能源开发中发挥关键作用。分子生物学与基因组学技术加速了微生物资源的挖掘,其跨学科特性串联起化学、医学与环境科学的前沿研究。 标签:#微生物研究 #生命科学基础 #抗生素开发 #基因工程 #公共卫生 #环境治理 链接:

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哈佛和麻省理工学院科学家发现肠道中能破坏胆固醇的微生物

哈佛和麻省理工学院科学家发现肠道中能破坏胆固醇的微生物 研究发现,在胆固醇水平降低的人群中,有多种细菌能代谢胆固醇。肠道微生物群的变化与一系列疾病有关,如 2 型糖尿病、肥胖症和炎症性肠病。现在,麻省理工学院和哈佛大学布罗德研究所以及麻省总医院的一个研究小组发现,肠道中的微生物也可能影响心血管疾病。在发表于《细胞》(Cell)杂志的一项研究中,研究小组确定了在肠道中消耗胆固醇的特定细菌种类,它们可能有助于降低人体内的胆固醇和心脏病风险。拉姆尼克-泽维尔实验室、布罗德代谢组学平台的成员和合作者分析了弗拉明汉心脏研究(Framingham Heart Study)1400 多名参与者的代谢物和微生物基因组。研究小组发现,一种名为"颤螺旋菌"(oscillibacter)的细菌会吸收并代谢周围环境中的胆固醇,肠道中这种微生物含量较高的人胆固醇水平较低。他们还确定了这种细菌可能用来分解胆固醇的机制。这些结果表明,以特定方式操纵微生物组的干预措施有朝一日可能有助于降低人体内的胆固醇。这些发现还为更有针对性地研究微生物组的变化如何影响健康和疾病奠定了基础。泽维尔是布罗德研究所的核心成员、免疫学项目主任和传染病与微生物组项目联合主任。他还是哈佛医学院和麻省总医院的教授。泽维尔实验室的博士后研究员李晨皓和研究科学家马丁-斯特拉扎尔是这项研究的共同第一作者。在过去的十年中,其他研究人员发现了肠道微生物组的组成与心血管疾病因素之间的联系,如人的甘油三酯和餐后血糖水平。但科学家们还无法针对这些联系采取治疗措施,部分原因是他们对肠道内的代谢途径缺乏全面的了解。在这项新研究中,布罗德团队更全面、更详细地了解了肠道微生物对新陈代谢的影响。他们将枪式元基因组测序技术与代谢组学技术相结合,枪式元基因组测序技术能分析样本中所有微生物的DNA,代谢组学技术能测量数百种已知和数千种未知代谢物的水平。他们利用这些工具研究了弗雷明汉心脏研究的粪便样本。斯特拉扎尔说:"项目成果强调了高质量、经过整理的患者数据的重要性。这使我们能够注意到那些非常微妙且难以测量的效果,并直接对其进行跟踪。"这种方法发现了微生物与代谢特征之间的 16000 多种关联,其中有一种关联特别强烈:与缺乏相关属种细菌的人相比,体内有几种颤螺旋菌属细菌的人胆固醇水平较低。研究人员发现,该属细菌在肠道中的数量惊人,平均每 100 个细菌中就有 1 个。研究人员随后想弄清微生物分解胆固醇的生化途径。为此,他们首先需要在实验室中培养这种生物。幸运的是,实验室多年来一直在收集粪便样本中的细菌,为此他们建立了一个独特的菌种库,其中也包括颤螺旋菌。在成功培育出这种细菌后,研究小组利用质谱法确定了细菌中胆固醇代谢最可能产生的副产品。这使他们能够确定细菌降低胆固醇水平的途径。他们发现,细菌将胆固醇转化为中间产物,然后再由其他细菌分解并排出体外。接下来,研究小组利用机器学习模型确定了负责这种生化转换的候选酶,然后在实验室中的某些颤螺旋菌中检测到了这些酶和胆固醇分解产物。研究小组发现了另一种肠道细菌 - 产粪甾醇真杆菌(Eubacterium coprostanoligenes),它也有助于降低胆固醇水平。这种细菌携带一种基因,科学家们此前已经 先前已经证明参与胆固醇代谢。在新的研究中,研究小组发现,Eubacterium 可能与Oscillibacter对胆固醇水平有协同作用,这表明,研究细菌物种组合的新实验可能有助于揭示不同微生物群落如何相互作用影响人类健康。人类肠道微生物组中的绝大多数基因仍未定性,但研究小组相信,他们在确定胆固醇代谢酶方面取得的成功,为发现受肠道微生物影响的其他类似代谢途径铺平了道路,这些代谢途径可以作为治疗靶点。"有许多临床研究试图进行粪便微生物组转移研究,但对微生物之间以及微生物与肠道之间如何相互作用却不甚了解,"李说。"我们希望先退一步,专注于一种特定的微生物或基因,我们就能系统地了解肠道生态学,并提出更好的治疗策略,比如针对一种或几种微生物进行治疗。""由于肠道微生物组中存在大量功能未知的基因,我们预测代谢功能的能力还存在差距,"他补充说。"我们的工作强调了肠道微生物可能改变其他固醇代谢途径的可能性。我们可能会有很多新发现,这些发现将使我们更接近于从机理上理解微生物是如何与宿主相互作用的。"编译自:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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研究发现一小部分微生物可能会影响男性精子的活力

研究发现一小部分微生物可能会影响男性精子的活力 据加州大学洛杉矶分校泌尿学系的研究人员称,精液微生物群可能在影响精子参数和提高男性生育能力方面起着至关重要的作用。考虑到最近的研究强调了微生物群对人类整体健康的重要性,研究人员对精液微生物群进行了调查,以了解其对男性不育症的潜在影响。探索精液中这些微生物的功能有可能为开发治疗方法铺平道路,从而纠正精子参数方面的任何问题。乳酸杆菌对精子活力的影响研究发现,一种特殊的微生物 - 惰性乳酸杆菌(Lactobacillus iners)可能会对男性的生育能力产生直接的负面影响。研究人员发现,这种微生物较多的男性更容易出现精子活力问题。以前的研究发现,惰性乳酸杆菌会优先产生 L-乳酸,可能会导致局部的促炎环境,从而对精子的活力产生不利影响。该研究的作者指出,现有的研究已经暗示了这种微生物与生育能力之间的联系,但大多数文献都与阴道微生物群和女性因素有关。这是第一项报告这种微生物与男性因素的生育能力之间存在负相关的研究。精液微生物群的多样性及其影响研究人员还发现,在精子浓度正常和异常的患者中都存在假单胞菌组中的三种细菌。在精子浓度异常的患者中,名为荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)和司徒策氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)的微生物更为常见,而在精子浓度异常的样本中,普氏假单胞菌(Pseudomonas putida)则不太常见。然而,研究结果表明,并非同一密切相关群体的每个成员都会以同样的方式影响生育能力,无论是积极影响还是消极影响。换句话说,即使是密切相关的微生物,也不一定总是与生育能力有相同的直接关系。结论和未来研究方向这项研究的主要作者、加州大学洛杉矶分校泌尿科住院医师瓦迪姆-奥萨德奇(Vadim Osadchiy)说:"关于微生物组及其与男性不育的关系,还有很多问题需要探索。"不过,这些发现提供了宝贵的见解,可以引导我们朝着正确的方向深入理解这种相关性。我们的研究与来自小型研究的证据相吻合,将为未来更全面的调查铺平道路,以揭示精液微生物组与生育能力之间的复杂关系"。编译来源:ScitechDaily ... PC版: 手机版:

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《.环境工程微生物学 》 简介:该学科研究微生物在生态保护与污染治理中的应用,利用细菌、真菌等微生物的代谢功能降解污染物,促进碳氮循环。涵盖废水处理、土壤修复、固废资源化等领域,结合分子生物学技术优化生物膜、活性污泥等工艺,推动环境治理向高效、低碳方向转型。 亮点:跨学科融合(环境科学+微生物学)- 技术前沿性(基因编辑、合成生物学)- 应用广泛性(水/气/固全介质治理)- 可持续性(生物能源开发、生态平衡维护) 标签:#环境工程 #微生物学 #生物修复 #合成生物学 #可持续发展 链接:

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