科学家用尖端人工智能揭开蛋白质的秘密

科学家用尖端人工智能揭开蛋白质的秘密 该工具由 KAUST 生物信息学研究员 Maxat Kulmanov 及其同事开发，在预测蛋白质功能方面优于现有的分析方法，甚至能够分析现有数据集中没有明确匹配的蛋白质。该模型被称为 DeepGO-SE，它利用了类似于 Chat-GPT 等生成式人工智能工具所使用的大型语言模型。然后，它根据蛋白质工作方式的一般生物学原理，利用逻辑蕴含得出关于分子功能的有意义的结论。从本质上讲，它通过构建部分世界模型（在本例中为蛋白质功能），并根据常识和推理推断出在这些世界模型中应该发生的事情，从而赋予计算机逻辑处理结果的能力。一种新的人工智能（AI）工具能对未知蛋白质的功能进行逻辑推理，有望帮助科学家揭开细胞内部的奥秘。图片来源：© 2024 KAUST; Ivan Gromicho他补充说："这种方法有很多应用前景，"KAUST 生物本体论研究小组负责人罗伯特-霍恩多夫（Robert Hoehndorf）说，"特别是当需要对神经网络或其他机器学习模型生成的数据和假设进行推理时。"库尔曼诺夫和霍恩多夫与KAUST的斯特凡-阿罗德（Stefan Arold）以及瑞士生物信息学研究所的研究人员合作，评估了该模型破译那些在体内作用未知的蛋白质功能的能力。该工具成功地利用了一种鲜为人知的蛋白质的氨基酸序列数据及其与其他蛋白质的已知相互作用，并精确地预测了其分子功能。该模型非常精确，在一次国际功能预测工具竞赛中，DeepGO-SE 在 1600 多种算法中名列前 20 位。KAUST 团队目前正在利用这一工具研究在沙特阿拉伯沙漠极端环境中生长的植物中发现的神秘蛋白质的功能。他们希望这些发现将有助于确定生物技术应用中的新型蛋白质，并希望其他研究人员也能使用这一工具。库尔曼诺夫解释说："DeepGO-SE分析未表征蛋白质的能力可以促进药物发现、代谢通路分析、疾病关联、蛋白质工程、筛选感兴趣的特定蛋白质等任务。"编译来源：ScitechDaily ... PC版： 手机版：

研究表明蛋白质食物来源对增强和保持肌肉至关重要

研究表明蛋白质食物来源对增强和保持肌肉至关重要 蛋白质来源比较研究最近发表在《营养学杂志》（Journal of Nutrition）上的一项新研究是首批比较作为混合膳食一部分的全蛋白食物合成代谢特性的随机对照试验之一。研究发现，尽管热量和总蛋白质含量相同，但在老年人中，含有瘦牛肉的全食物杂餐比全食物素食餐的餐后肌肉蛋白质合成率更高。事实上，研究人员观察到，与提供等量植物蛋白的全食物素食餐相比，食用含瘦牛肉的杂食餐后，肌肉蛋白质合成率要高出 47%。马斯特里赫特大学医学中心人类生物学系运动和营养生理学教授、本研究的主要研究者 Luc van Loon 博士说："以前的研究评估了摄入分离蛋白质的影响，而本研究旨在通过了解作为典型膳食一部分的全蛋白质食物的影响来反映更真实的生活环境。鉴于随着年龄的增长，保护瘦体重以保持体力的重要性，以及人们对素食和纯素生活方式的兴趣与日俱增，这项研究对于了解蛋白质食物来源是否能同样有效地支持肌肉的维持和生长非常重要。"根据以往对摄入不同蛋白质来源进行比较的研究，研究人员计算出需要 16 名参与者才能完成研究，并检测出摄入两种膳食后肌肉蛋白质合成率的潜在差异。因此，研究人员在荷兰马斯特里赫特对 16 名健康的老年人（65-85 岁）进行了临床试验。在一个测试日，参与者吃了一顿全食物杂粮餐，其中包含 3.5 盎司作为主要蛋白质来源的瘦牛肉碎、土豆、四季豆、苹果酱（100% 苹果制成）和香草黄油。另一个测试日包括食用热量和蛋白质含量相等的全食物素食餐，其主要成分是未经加工、常食用的植物蛋白食物，如藜麦、大豆、鹰嘴豆和蚕豆。重要的是，两餐平均都含有 36 克蛋白质，这符合基于证据的刺激老年人肌肉蛋白质合成的建议（即每公斤体重 0.45 克蛋白质）。van Loon 补充说："我们有兴趣研究进餐对老年人肌肉蛋白质合成的影响，因为与年龄有关的肌肉质量和力量损失（称为肌肉疏松症）非常重要，这是全球日益严重的公共健康问题。"研究结果和影响在两个实验日之前的两天里，所有参与者都没有进行体育运动和剧烈运动，也没有饮酒。研究人员利用在进餐后六小时内频繁采集的血液和肌肉活检样本，比较了餐后血浆氨基酸谱和肌肉蛋白质合成率。除了观察到餐后6小时内肌肉蛋白质合成率增加了47%之外，研究人员还注意到，尽管素食餐没有出现任何选择性氨基酸缺乏症，但瘦牛肉餐后血浆中的EAA浓度却高出了127%。"重要的是，参与者在食用含牛肉的杂食餐后，血浆中的亮氨酸（一种对肌肉蛋白质合成尤为重要的必需氨基酸）要高出139%，"该出版物的主要作者、理学硕士菲利普-平卡尔斯（Philippe Pinckaers）说。"这项研究说明了食物基质的潜在影响，以及含牛肉膳食和素食膳食之间氨基酸生物利用率和生物功能差异的重要性。"编译来源：ScitechDaily ... PC版： 手机版：

获得丘成桐中学科学奖的论文可以说全都是造假。例如获得2023年生物学一等奖的论文，不仅建立模型预测蛋白质三维结构，而且还用基因编

获得丘成桐中学科学奖的论文可以说全都是造假。例如获得2023年生物学一等奖的论文，不仅建立模型预测蛋白质三维结构，而且还用基因编辑技术做点突变实验验证模型预测，写成英文论文，完全是博士生水平的研究。一个中学哪有做基因编辑的实验条件？有这种水平的学生还上什么中学，直接授予博士学位。丘成桐搞这种科学竞赛，就是在鼓励造假，拼的是造假资源。

英研究：抑制特定蛋白质或能有效治疗骨质疏松

英研究：抑制特定蛋白质或能有效治疗骨质疏松 英国研究人员近期发现，一种名为Clec14a的蛋白质会影响骨骼生成过程，抑制这种蛋白质或有助于治疗骨质疏松等疾病。 新华社报道，英国伯明翰大学日前发布的新闻公报介绍，骨骼内部的毛细血管内壁上有一种特殊的细胞，称为H型内皮细胞，它们负责将未成熟的成骨细胞运输到所需的位置，促进骨质生成。 该校研究团队发现，在运输过程中，如果这种细胞表面同时搭载了Clec14a蛋白质，成骨细胞的成熟会受到抑制。 研究人员从不同类型的转基因小鼠体内提取成骨细胞，放入诱导溶液进行体外培养。 结果发现，如果没有这种蛋白质的存在，成骨细胞在四天后就能发育成熟，而有该蛋白质的情况下需要八天。 动物实验显示，敲除了与这种蛋白质相应基因的小鼠体内成骨细胞成熟度高，骨骼发育更好，表现为骨密度更高、长骨更长等。用抗体抑制这种蛋白质的作用，可产生与敲除该基因类似的效果。 骨质疏松症等骨骼疾病严重影响着全球许多人的生活质量。现有的治疗方法有限，且常伴有副作用。这项研究成果有助于开发新的治疗方法。 相关论文发表在英国学术期刊《通讯-生物学》上。 #英国 #研究 #蛋白质 #骨质疏松症-电报频道- #娟姐新闻:@juanjienews

2024年诺贝尔化学奖一半授予David Baker，以表彰其计算蛋白质设计的贡献；另一半授予Demis Hassabis和Jo

2024年诺贝尔化学奖一半授予David Baker，以表彰其计算蛋白质设计的贡献；另一半授予Demis Hassabis和John M. Jumper，以表彰其蛋白质结构预测的贡献。 （诺贝尔奖网站）-电报频道- #娟姐新闻:@juanjienews

牛津大学科学家发现早期癌症检测的关键蛋白质 确诊前7年多就可检测到

牛津大学科学家发现早期癌症检测的关键蛋白质 确诊前7年多就可检测到 由英国癌症研究中心（Cancer Research UK）资助、牛津人口健康中心（Oxford Population Health）开展的两项研究发现，血液中的蛋白质有可能在癌症确诊前七年就提醒人们癌症的存在。研究人员确定了与19种不同癌症类型相关的618种蛋白质，其中包括在癌症确诊前至少7年采集血样的人体内发现的107种蛋白质。研究小组发现，这些蛋白质可能在癌症的最早期阶段就参与其中，从而可以预防癌症。他们认为，其中一些蛋白质可用于比目前更早地检测癌症。将来，这将有助于在更早的阶段治疗或完全预防癌症。英国癌症研究中心正在资助研究人员寻找癌症的最早征兆，这也是该中心通过研究预防癌症的长期战略的一部分。在这些研究中，研究小组使用了一种名为蛋白质组学的强大技术。蛋白质组学使科学家能够在一个时间点上分析组织样本中的大量蛋白质，了解它们之间的相互作用，并发现不同组织样本中蛋白质的重要差异。在第一项研究中，科学家们分析了英国生物库中的血液样本，这些样本来自 44000 多人，其中有 4900 多人后来被诊断出患有癌症。研究小组利用蛋白质组学分析了每人一份血液样本中的 1463 种蛋白质。他们比较了被确诊为癌症和未被确诊为癌症的人的蛋白质，寻找他们之间的重要差异，并找出哪些蛋白质与癌症风险有关。科学家们还发现了癌症确诊前三年血液中存在差异的 182 种蛋白质。在第二项研究中，科学家们研究了 30 多万个癌症病例的基因数据，深入探讨了哪些血液蛋白与癌症的发展有关，哪些可以成为新疗法的目标。科学家发现，血液中的 40 种蛋白质会影响一个人罹患 9 种不同癌症的风险。虽然改变这些蛋白质可能会增加或减少人们患癌的几率，但科学家们也发现，在某些情况下，这可能会导致意想不到的副作用。不过，研究小组强调，他们还需要做进一步的研究，以找出这些蛋白质在癌症发展中的确切作用、哪些蛋白质是最可靠的检测指标、可以开发哪些检测方法来在临床上检测这些蛋白质，以及哪些药物可以靶向这些蛋白质。牛津人口健康研究所高级营养流行病学家、第一项研究的共同第一作者凯伦-帕皮尔（Keren Papier）博士说："为了挽救更多癌症患者的生命，我们需要更好地了解癌症早期发生了什么。来自数千名癌症患者的数据揭示了血液中的蛋白质如何影响我们的癌症风险，这确实令人兴奋。现在，我们需要深入研究这些蛋白质，看看哪些蛋白质可以可靠地用于预防。"共同第一作者约书亚-阿特金斯博士说："我们与生俱来的基因以及由这些基因产生的蛋白质对癌症的发生和发展有着巨大的影响。感谢成千上万向英国生物库提供血液样本的人，我们正在建立一幅更全面的图景，了解基因如何在多年内影响癌症的发展。"牛津人口健康研究所高级分子流行病学家、第一篇论文的资深作者和第二篇研究报告的第一作者卡尔-史密斯-伯恩博士说："我们已经预测了人体可能对针对特定蛋白质的药物做出的反应，包括许多潜在的副作用。在进行任何临床试验之前，我们已经掌握了一些早期迹象，知道哪些蛋白质可能会因为意外的副作用而成为我们避免使用的靶点。这项研究让我们离利用靶向药物预防癌症的目标更近了一步这曾经被认为是不可能的，但现在却更容易实现了。"牛津大学人口健康研究所高级分子流行病学家、这两项研究的资深作者露丝-特拉维斯（Ruth Travis）教授说："要想预防癌症，我们就必须了解导致癌症早期发展的因素。这些研究非常重要，因为它们提供了许多有关多种癌症的病因和生物学特性的新线索，包括对癌症确诊前几年发生的事情的深入了解。我们现在拥有的技术可以对数千个癌症病例中的数千种蛋白质进行研究，确定哪些蛋白质在特定癌症的发展过程中起作用，哪些蛋白质可能对多种癌症类型有共同的影响"。英国癌症研究中心研究与创新执行主任 Iain Foulkes 博士说："预防癌症意味着要注意疾病最早的预警信号。这意味着要进行深入细致的研究，找到我们应该密切关注的分子信号。这项研究的发现是向提供预防性疗法迈出的关键性的第一步，而预防性疗法是让人们过上更长、更美好的生活，远离癌症恐惧的最终途径。"编译来源：ScitechDailyDOI: 10.1038/s41467-024-48017-6DOI: 10.1038/s41467-024-46834-3 ... PC版： 手机版：