Omicron的后代：Arcturus - 了解冠状病毒新变体XBB.1.16

Omicron的后代：Arcturus-了解冠状病毒新变体XBB.1.16一个新的COVID变体XBB.1.16，或"Arcturus"现在已经在包括英国在内的至少34个国家被确认。Arcturus是omicron的一个亚变体，于2023年1月在印度首次发现。截至4月17日，即英国卫生安全局（UKHSA）报告英国这一变体数据的最新日期，整个英格兰已经对105例Arcturus进行了排序。五名对Arcturus检测呈阳性的英国人已经死亡。值得注意的是，只有一小部分COVID-19感染者进行了基因测序，所以很可能还有许多Arcturus病例。英国卫生局最近报告说，该变体在英国的序列中占2.3%。同时，Arcturus最近几周在美国稳步上升，截至4月底，占新的COVID确诊病例的10%以上。但该变体在印度一直占主导地位，截至4月中旬，印度记录的Arcturus序列占全球的61%。在过去的一个月里，它促使印度的病例大幅增加。该国每天记录超过10,000个COVID病例，Arcturus占所有病例的三分之二。幸运的是，这一浪潮现在似乎正在下降。尽管如此，Arcturus已被世界卫生组织列为一个值得关注的变体。那么，我们对这个变体了解多少，我们是否应该担心？Arcturus是从哪里来的？XBB.1.16是XBB的后代，是一个重组的Omicron菌株，意味着它包含来自两个不同变种的遗传物质。具体来说，XBB是两个BA.2亚系的混合物：BA.2.10.1和BA.2.75。相对于早期的变种，XBB显示出更高的传播性，可能是因为它似乎更善于逃避现有的疫苗接种和先前感染的免疫力。Arcturus与XBB.1.5关系非常密切，也被称为Kraken。与它的母株XBB相比，Arcturus在尖峰蛋白上有三个额外的突变：E180V，F486P和K478R。这是SARS-CoV-2（导致COVID的病毒）表面的一种蛋白质，使其能够与我们的细胞结合并感染。据了解，Arcturus是迄今为止最具传染性的亚变体，而这些额外的突变可能解释了原因。COVID的典型症状包括发烧、咳嗽、流鼻涕和失去味觉或嗅觉。然而，印度的医生报告说，感染Arcturus的儿童出现了结膜炎症状，这在早期的COVID传播过程中一般不会出现。疫苗保护情况如何？COVID疫苗针对SARS-CoV-2的尖峰蛋白。因此，尖峰蛋白的突变可能会影响疫苗的效果。目前还没有关于疫苗对Arcturus的功效的数据。然而，最近的一项研究发现，在接种过疫苗或以前感染过的人中，对密切相关的XBB和XBB.1毒株产生的抗体反应明显低于对其他变种的反应。因此，XBB亚变体可能威胁到目前的COVID疫苗和治疗方法。但重要的是，疫苗很可能仍然对重症提供良好的保护。虽然需要进一步研究以确认Arcturus对疫苗的反应，但科学家们正在继续研究新的疫苗，这些疫苗可以对新出现的变体提供更强的保护。omicron的持续演变尽管omicron在2021年底首次被检测到，但它仍在继续进化，导致新的亚变体。Arcturus是迄今为止检测到的大约600个中的一个。这在高度接种疫苗的人群中是可以预期的。新的变体自然会进化以逃避现有的防御措施。那些具有竞争优势的菌株--即更大的传播性和逃避我们免疫反应的能力--将占据主导地位。Arcturus可能会促使英国和其他地方的病例增加。然而，没有很大的理由担心。虽然科学家将继续监测Arcturus，但现阶段没有证据表明它比以前的变种更严重。此外，我们现在有来自疫苗和自然感染的良好保护。尽管如此，COVID的持续演变和Arcturus等新毒株的出现提醒我们，这种病毒仍然与我们同在。对于那些有资格接受进一步强化治疗的人来说，重要的是保持最新的治疗策略。作者：ManalMohammed，威斯敏斯特大学医学微生物学高级讲师。...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1360887.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1360887.htm

内地今年发现39种进化分支全为Omicron变异株

内地今年发现39种进化分支全为Omicron变异株内地在上月初取消入境隔离，本周一起全面恢复内地和港澳人员往来。在北京，中国疾控中心病毒病所研究员陈操表示，监测数据显示，今年1月1日起，从全国各个口岸入境人员当中，监测到39种进化分支，全部为Omicron变异株，以BA.5.2和BF.7及其亚分支为主，未监测到传播力、致病力、免疫逃逸能力明显增加的新型变异株流行。对于近期多地开展新冠抗体检测服务，陈操表示，目的是获得各年龄组、城乡人群特异性抗体水平，尤其是中和抗体水平，以了解人群的「免疫本底」，估算全人群新冠抗体水平，推算出人群的感染水平。中心流行病学首席专家吴尊友表示，未来出现比现在传染性更强变异毒株的可能性非常小，出现致病性加强或者病毒出现「返祖」到Delta病毒，甚至原始毒株的可能性也是非常小。2023-02-0917:43:35

AI工具能预测冠状病毒未来变种

AI工具能预测冠状病毒未来变种瑞士科学家研制出一种新型人工智能（AI）工具，可以预测包括新冠病毒在内的冠状病毒未来变种，有望促进下一代抗体疗法及疫苗的研发，为制定公共卫生政策提供重要参考。相关研究刊发于最新一期《细胞》杂志。为了创建这一新型AI工具，苏黎世联邦理工学院团队，在实验室产生了大约100万个新冠病毒刺突蛋白变种，它们携带不同的突变和突变组合。刺突蛋白会与人类细胞上的血管紧张素转化酶2（ACE2）蛋白相互作用以感染人类，疫苗接种、感染或抗体疗法获得的抗体通过阻断这一机制发挥作用。新冠病毒变体内的许多突变发生在该区域，这使病毒能够逃避免疫系统并继续传播。通过进行高通量实验及测序，研究人员确定了这些变种如何与ACE2蛋白和现有抗体疗法相互作用，揭示了单个潜在的变种可以感染人类细胞的程度，以及它们可以逃避抗体的程度。随后，研究人员利用收集的数据训练机器学习模型，这些模型能够识别复杂的模式——只给出一种新变体的DNA序列，就可以准确预测它能否与ACE2结合以感染和逃避中和抗体。最终机器学习模型可以用来预测数百亿种理论上可能的变体，包括单突变和组合突变，远远超过实验室测试的百万种。研究人员表示，新方法有助于开发下一代抗体疗法，目前科学家们已经研制出了一些抗体，该方法可以确定哪些抗体具有最广泛的活性，也有望促进下一代新冠肺炎疫苗的开发。PC版：https://www.cnbeta.com/articles/soft/1313727.htm手机版：https://m.cnbeta.com/view/1313727.htm

内地首宗同时感染两种Omicron亚型变异病毒个案

内地首宗同时感染两种Omicron亚型变异病毒个案内地发现首宗同时感染两种Omicron亚型变异病毒个案。中国疾控中心网站发布文章，指患者去年12月23日开始食欲不佳，同月29日出现疲劳、咳嗽，新冠检测呈阳性。患者今年1月4日出现发冷和发烧到摄氏38.9度，曾经入院，两日后再入院，之后8次核酸检测呈阳性。研究人员于2023年1月28日和2月7日从患者身上采集上呼吸道样本，证实患者同时感染BA.5.2.48和BF.7.14。文章称，目前在重庆流行的主要严重急性呼吸系综合征病毒2型毒株为BA.5.2.48，BF.7.14比例相对较低。研究人员提醒，随著各种变种在一个地区共同传播的风险不断增加，对严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2型变种的监测，特别是对免疫缺陷的关键人群的监测，变得越来越重要。2023-03-1815:57:25(2)

T细胞仍可能是我们对抗最新冠状病毒"关注变种"BA.2.86的武器

T细胞仍可能是我们对抗最新冠状病毒"关注变种"BA.2.86的武器拉荷亚免疫学研究所科学家们利用生物信息学来预测T细胞如何适应对抗高度变异的Pirola变体。今年8月，研究人员在以色列和丹麦的病人身上检测到了一种新的SARS-CoV-2"令人担忧的变体"。从那时起，这种被称为BA.2.86或"Pirola"的变种就开始在全球传播。Pirola变体之所以引起人们的警惕，是因为它发生了高度变异。事实上，与最初接种的SARS-CoV-2变体相比，Pirola的变异程度不亚于Omicron变体。随着Pirola的扩散，拉荷亚免疫学研究所（LJI）的研究人员正在调查COVID-19疫苗（或以前接触过的SARS-CoV-2疫苗）是否仍能保护人们免受严重疾病的侵袭。LJI教授、生物科学博士AlessandroSette说："人们担心，变异如此之多的病毒会'逃避'T细胞免疫。"现在，《细胞、宿主与微生物》（CellHost&Microbe）杂志上的一项新研究表明，T细胞可以看穿Pirola的突变，并锁定它们的目标。"我们的分析表明有一个积极的消息，"助理研究教授阿尔巴-格里福尼（AlbaGrifoni）博士说，"看来以前接触过奥米克隆或接种过新型二价疫苗的人可能会被T细胞武装起来，这些细胞可以'迎头赶上'，产生对抗Pirola的特异性反应。"拉荷亚研究所教授、生物科学博士亚历山德罗-塞特（AlessandroSette）。图片来源：拉荷亚免疫学研究所在这项新研究中，塞特和格里福尼利用了一个名为免疫表位数据库（IEDB）的资源。该数据库收录了世界各地免疫学家收集的宝贵研究成果，描述了免疫细胞如何识别微生物上的片段或"表位"。借助IEDB中的大量数据，研究人员已经详细了解了COVID-19疫苗或以前接触过SARS-CoV-2的T细胞是如何"训练"T细胞靶向SARS-CoV-2表位的。研究人员提取了这些IEDB数据，并开发了一个生物信息学管道来预测这些T细胞将如何对Pirola变体做出反应。Grifoni说："我们根据以前SARS-CoV-2变体的实验数据和预测数据模拟了T细胞对Pirola的反应。"研究人员发现，大多数T细胞仍能靶向Pirola上的表位：总体而言，CD4+"辅助"T细胞反应识别的片段有72%，CD8+"杀伤"T细胞表位有89%在变异株之间没有变化，或者说"保持不变"。研究人员在Pirola的"Spike"蛋白上发现的保守T细胞表位较少，这也在意料之中，因为它携带了大部分变异。在这种主要结构蛋白上，只有56%的CD4+"辅助"T细胞表位和CD8+"杀伤"T细胞表位是保守的。这是一个潜在的问题，因为目前的COVID-19疫苗在设计上只能让免疫细胞识别并锁定Spike表位。然而，当研究人员仔细观察斯派克片段时，他们发现96%的CD4+"辅助"T细胞表位和62%的CD8+"杀伤"T细胞表位非常相似，T细胞仍有可能识别它们。简而言之，如果Pirola想要躲避T细胞，它做得并不好。拉荷亚免疫学研究所研究助理阿尔巴-格里福尼（AlbaGrifoni）博士资料来源：拉荷亚免疫学研究所塞特说："免疫系统识别的许多表位在新的Pirola变体上仍然保持不变。预测这种病毒仍将被T细胞识别。"格里福尼补充说："T细胞也可能'追随'Pirola新变异的多肽，针对这些表位发起新的反应，就像我们在其他变异体上看到的那样。我们认为，尽管病毒在进化，但在Pirola病毒感染或其他最新变种的病例中，我们并没有看到更严重的疾病，这可能就是原因之一。"格里福尼强调，这些发现只是预测，而不是基于实际Pirola感染的观察结果。尽管如此，她仍然认为，观察以及预测如何反映在最近的实际研究中非常重要。我们仍然需要实验验证，但我们已经在全球范围内建立了几个合作机构，它们正在研究这个问题。塞特补充说，许多人仍然很容易感染SARS-COV-2，即使是Pirola变种。这就是为什么人们仍然应该接种疫苗，尤其是最新疫苗的原因。研究人员目前正在收集实验数据，以进一步了解T细胞对变异体的反应，并进一步加强他们的预测工具以了解接种过二价疫苗和/或"突破性"感染的人究竟是如何对未来的变异株产生T细胞反应的。参考文献"亚利桑德罗-塞特（AlessandroSette）、约翰-西德尼（JohnSidney）和阿尔巴-格里福尼（AlbaGrifoni）于2023年12月8日发表的《细胞宿主与微生物》（CellHost&Microbe）杂志上发表的《预测已有的SARS-2特异性T细胞会交叉识别BA.2.86》。DOI:10.1016/j.chom.2023.11.010编译来源：ScitechDaily...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1403759.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1403759.htm

研究人员弄清COVID-19奥密克戎亚变异体如何进化以攻破肺部防御系统

研究人员弄清COVID-19奥密克戎亚变异体如何进化以攻破肺部防御系统这项研究提供的证据表明，奥米克龙亚变体可能会以这样一种方式进化，即重新获得有效感染肺部的能力，并在高危患者和免疫力不足的个体中引发严重疾病。研究结果发表在《自然-通讯》（NatureCommunications）杂志上。奥密克戎亚变体：BA.1和BA.2在2022年上半年的COVID-19大流行中，BA.1和BA.2Omicron亚变体占主导地位。与德尔塔变异体和其他变异体相比，这些亚变异体感染肺细胞的能力有所下降。然而，BA.5亚变体在2022年秋季超越了其他Omicron亚变体，其感染效率最初还不清楚。来自德国灵长类动物中心的马库斯-霍夫曼（MarkusHoffmann）和斯特凡-波尔曼（StefanPöhlmann）带领研究小组证明，由于尖峰蛋白发生了突变，BA.5感染肺细胞的效率实际上远高于之前的Omicron亚变体。Omicron亚变体BA.5的尖峰蛋白模型，其中H69Δ/V70Δ突变用红色标出，该突变是造成肺细胞进入增加的部分原因。资料来源：马库斯-霍夫曼（MarkusHoffmann）研究人员发现，BA.5Omicron亚变体的尖峰蛋白的裂解效率高于其前身。此外，BA.5的尖峰蛋白有助于病毒进入肺细胞并提高细胞融合效率。研究小组使用"伪病毒"作为安全模型，研究病毒如何穿透肺细胞。该研究的第一作者马库斯-霍夫曼（MarkusHoffmann）解释说："我们发现BA.5获得了一种突变，这种突变使病毒比以前占优势的Omicron亚变体更有效地穿透肺细胞。因此，Omicron亚变体的不断进化可能会在未来产生高效传播到下呼吸道并可能导致严重疾病的病毒，至少在没有有效免疫保护的患者中是如此。OmicronBA.5特性的改变是由于一个被称为"H69Δ/V70Δ"的关键突变造成的。"感染生物学家MarkusHoffmann博士（左）和德国灵长类动物中心(DPZ)-莱布尼茨灵长类动物研究所感染生物学组组长StefanPöhlmann教授。图片来源：KarinTilch为了验证这些发现，柏林夏里特大学医院病毒学部门的ChristianDrosten团队用真实病毒进行了更多实验。这些试验证实，BA.5株病毒能有效地感染肺细胞，从而证实了哥廷根大学的研究结果。为了确定OmicronBA.5是否也能感染生物体的肺细胞，爱荷华大学的研究人员比较了感染BA.5和感染其他亚变体的小鼠的肺部。他们发现，与早期的Omicron亚变体相比，BA.5在小鼠肺部的复制效率要高出1000倍。最后，德国格赖夫斯瓦尔德-里姆斯岛弗里德里希-洛夫勒研究所在雪貂身上进行的实验表明，BA.5亚变体在上呼吸道中的传播效率比以前的病毒变体更高。德国灵长类动物中心感染生物学组组长斯特凡-波尔曼（StefanPöhlmann）说："总而言之，这表明BA.5亚变体与其他Omicron亚变体类似，具有高度传染性，而且还进化出了高效感染肺细胞的能力，因此，应密切监测Omicron亚变体的进一步进化，以便能够快速识别风险潜力增加的变体。"...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1372117.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1372117.htm