中国科学家创制防控水稻“癌症”新型基因

中国科学家创制防控水稻“癌症”新型基因稻瘟病被称为水稻“癌症”,是一种毁灭性的真菌病害,全球每年因稻瘟病造成的产量损失达数千万吨。目前,我国种植的水稻广谱抗病品种有限。因此,快速克隆抗病基因,培育广谱抗病水稻品种,是实现作物病害绿色防控,既保护环境又保障粮食安全最有效的措施。...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1365371.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1365371.htm

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科学家寻找到关于"开启"癌症基因遗传变化的新启示

科学家寻找到关于"开启"癌症基因遗传变化的新启示基因突变可以导致癌症,然而特定类型的影响,如断裂和重新连接DNA的结构变异,可以有很大差异。2022年12月7日发表在《自然》杂志上的研究结果表明,这些突变的活性取决于特定基因和调控基因的序列之间的距离,以及参与调控序列的活性水平。这项工作推进了预测和解释癌症基因组中发现的哪些基因突变导致疾病的能力。"如果我们能更好地了解一个人为什么会得癌症,以及什么特定的基因突变在驱动它,我们就能更好地评估风险并寻求新的治疗方法,"该论文的资深作者、基因表达实验室的助理教授杰西-迪克森说。大多数基因突变对癌症没有影响,导致致癌基因激活的分子事件也相对罕见。Dixon的实验室研究基因组是如何在三维空间中组织的,并试图了解为什么这些变化会在某些情况下发生,而不是大多数情况下。该团队还希望确定可能区分这些事件发生地点和时间的因素。"一个基因就像一盏灯,调节它的东西就像灯的开关,"迪克森说。"我们看到,由于癌症基因组中的结构变异,有很多开关有可能'打开'一个特定的基因。"从左起分别是徐志超和JesseDixon资料来源:索尔克研究所利用CRISPR-Cas9基因编辑,研究小组通过在基因组的某些位置切割DNA来引入基因突变。他们发现,他们创造的一些变体对附近基因的表达有重大影响,并可能最终导致癌症,但大多数变体基本上没有影响。当一些基因被带入具有新的调控序列的环境中时,它们似乎会出现混乱,而其他基因则完全不受影响。被引入的序列类型似乎对细胞是否变成癌症有巨大影响。"我们的下一步行动是测试基因组中是否有其他因素有助于激活致癌基因,"萨尔克大学博士后、该论文的共同第一作者徐志超说。"我们也对我们正在开发的一种新的CRISPR基因组编辑技术感到兴奋,它可以使这种类型的基因组工程工作更加有效"。...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1335047.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1335047.htm

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中国科学家破解水稻生殖隔离之谜

中国科学家破解水稻生殖隔离之谜据介绍,作物杂种优势利用是大幅提高粮食产量的重要途径,一般来说,品种间亲缘关系越远,杂交优势越明显。如果籼稻和粳稻亚种间能育成超级杂交稻,据预测,可以比现有杂交水稻增产15%以上。上世纪七十年代以来,袁隆平先生研发的杂交水稻主要是利用籼稻亚种内的杂种优势,实现了水稻大幅增产。中国科学院院士刘耀光认为,杂交稻籼稻亚种内杂种优势的潜力挖掘已经到达一个平台期,想要进一步增产,今后的发展方向是利用籼粳亚种间的杂种优势,以及亚洲稻和非洲稻之间的杂种优势。然而,籼稻和粳稻之间存在严重的生殖隔离,其杂交种常表现出杂种不育现象,是阻碍杂种优势利用的最大障碍之一。本研究发现,引起籼稻和粳稻杂种花粉不育的是两个基因,可以分别比喻为“破坏者”和“守卫者”。“破坏者”对所有花粉产生伤害作用,引起花粉的败育;而“守卫者”阻止“破坏者”的伤害作用。可以说,该研究首次从分子层面阐明了水稻杂种不育的机理,实现了该领域里程碑式的突破!中国科学院院士种康认为,该成果为未来超级杂交稻进入完全分子设计的新阶段提供了非常重要的理论基础。论文链接:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(23)00730-4...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1373457.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1373457.htm

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科学家发现对抗癌症微妙基因操纵的药物

科学家发现对抗癌症微妙基因操纵的药物了解DNA缺失许多癌症都会删除一段名为9p21的DNA。事实上,它是所有癌症中最常见的DNA缺失,在某些癌症(如黑色素瘤、膀胱癌、间皮瘤和某些脑癌)中的发生率高达25%-50%。科学家们早就知道,带有9p21缺失的癌症意味着患者的预后更差,而且对免疫疗法--旨在增强患者对癌症的天然免疫反应的治疗策略--产生抗药性。这种缺失有助于癌细胞避免被免疫系统发现和消灭,部分原因是它促使癌细胞分泌出一种叫做MTA的有毒化合物,这种化合物会损害免疫细胞的正常功能,并阻碍免疫疗法的有效性。口腔鳞状癌细胞(白色)被两个细胞毒性T细胞(红色)攻击的伪彩色扫描电子显微镜照片。资料来源:美国国立卫生研究院国家癌症研究所贝勒医学院邓肯综合癌症中心RitaElenaSerda。新药的潜力"在动物模型中,我们的药物能将MTA降回正常值,免疫系统重新启动,"领导这项研究的戴尔医学院分子生物科学系研究副教授兼肿瘤学副教授埃弗雷特-斯通(EverettStone)说。"我们在肿瘤周围看到了更多的T细胞,它们处于攻击模式。T细胞是一种重要的免疫细胞类型,就像一支特警队,能够识别肿瘤细胞,并为它们注入大量酶,从内到外啃噬肿瘤。"斯通设想将这种药物与免疫疗法结合使用,以提高其疗效。该研究的共同第一作者是前UT博士后研究员、现任武田肿瘤公司科学家的DonjetaGjuka,以及前布里格姆妇女医院和丹娜法伯癌症研究所博士后研究员、现任麻省总布里格姆医院住院医师的ElioAdib。了解受缺失影响的基因9p21缺失会导致癌细胞中一些关键基因的缺失。一对产生细胞周期调节因子的基因消失了,而细胞周期调节因子是保持健康细胞以缓慢、稳定的速度生长和分裂的蛋白质。当这些基因丢失时,细胞就会肆意生长。这就是它们致癌的原因。同样被删除的还有一个管家基因,它能产生一种分解毒素MTA的酶。斯通认为,正是这种基因的缺失让癌细胞获得了一种新的超级能力:使免疫系统失活的能力。斯通说:"当癌细胞失去这两个基因时,它就获得了一举两得的效果。它失去了通常防止其失控生长的制动器。与此同时,它还解除了人体警察部队的武装。因此,它会变成一种更具侵略性和恶性的癌症。"为了制造出候选药物,斯通和他的同事们首先利用人体自然产生的有助于分解MTA的酶,然后加入柔性聚合物。斯通说:"这已经是一种非常好的酶,但我们需要对其进行优化,使其在体内的作用时间更长。如果我们只注射天然酶,它会在几小时内被排出体外。在小鼠体内,我们的改良版能在血液循环中存活数天;在人体内,它的存活时间会更长。"研究人员计划对他们这种名为PEG-MTAP的药物进行更多的安全性测试,并正在寻求资金将其用于人体临床试验。...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1390517.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1390517.htm

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中国农业科学院3月8日发布消息,我国科学家研究发现了国际关注近百年的水稻种质资源“复粒稻”形成的遗传基础,揭示了水稻穗粒数的调控

中国农业科学院3月8日发布消息,我国科学家研究发现了国际关注近百年的水稻种质资源“复粒稻”形成的遗传基础,揭示了水稻穗粒数的调控机制,为培育高产水稻新品种提供了新路径。中国农业科学院作物科学研究所研究员童红宁称,最终发现控制水稻穗粒数的基因,通过杂交方式导入到现代品种中,发现可以将水稻穗粒数增加20%以上,增加水稻产量15%左右。专家表示,该研究发现利用该基因可增加水稻穗粒数,而不影响粒重,为开展多性状的协同改良,最终实现水稻的高产和稳产提供了技术路径。(央视财经)

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中国科学家首次捕获全新长寿基因

中国科学家首次捕获全新长寿基因“通过全球寿命基因数据库比对,我们发现该长寿基因是国际上第8个具有广泛延长动物寿命的新基因。”论文通讯作者、浙江大学农业与生物技术学院研究员沈星星说。“远程”操控线粒体的核基因线粒体主要负责细胞的能量供应,是我们细胞内的重要成员。随着年龄的增长,线粒体功能往往会逐渐衰退。鉴于线粒体与衰老、神经退行性疾病、代谢性疾病、心血管疾病以及肿瘤等多种疾病的发生紧密相关,如何保持线粒体功能的稳态至关重要。“线粒体是一种很特别的细胞器,根据内共生理论,线粒体源自一种古老的α-变形菌,这种细菌被一个原始的真核细胞吞噬,但并未被消化,而是与宿主细胞形成了共生关系”论文第一作者、浙江大学博士生陶妹说,“线粒体内部至今仍然保存着属于自己的DNA,但同时,线粒体也受到细胞核内DNA的调控。线粒体与细胞核之间建立的相互交流和协作的稳定关系,就叫协同演化。”“我们可以把这种协同演化模式理解为,有两辆汽车以相同的速度并行行驶在道路上,彼此的速度变化紧密同步,一方的加速或减速会立即反映在另一方上。”沈星星解释,“但以往科学家的目光大多集中在线粒体本身,我们则是转换视角,将关注点放在与线粒体协同演化的细胞核上。”于是,研究团队综合了演化生物学、计算生物学、功能基因组学等多个交叉学科,系统性地挖掘“远程”操控线粒体进化的核基因。结果发现,有75个核基因与线粒体基因展现出显著的协同演化模式,它们表现出了各种不同的功能,包括端粒维持、核糖体生物发生、线粒体功能和DNA修复,而这些功能都与生命衰老和疾病显著相关。研究团队还挑选了其中四个核基因——CG13220,CG11837,Nop60B和CG11788,在果蝇体内进行了基因活性降低的实验。结果显示,与对照组相比,这四个基因的活性降低均导致了线粒体形态的异常。“延年益寿”全新基因沈星星打了一个比方,如果把生物体看成一台计算机,线粒体相当于电池,而细胞核就是CPU。“一台计算机的待机时间不仅与电池容量大小有关,也与CPU处理策略有关。”研究人员提出了一个关键问题:改变这些核基因的活力是否会影响动物的寿命?让研究团队惊喜的是,他们在四个核基因中发现了一个特别的存在——CG11837,不仅能够影响线粒体形态,它的活力还与动物的寿命长短存在显著的正相关性。为了寻找可靠证据,研究人员首先在六种不同的动物中进行了CG11837基因敲降实验,包含褐飞虱、果蝇、斯氏按蚊和秀丽隐杆线虫等。结果显示,在所有研究的动物中,降低CG11837基因的活力就会显著缩短它们的寿命,幅度在25%至59%之间。敲降基因会缩短寿命,反之,激活基因是否可以延长寿命?为此,研究人员又在果蝇和线虫中进行了该基因的过表达实验。结果显示,这两种动物的寿命均显著延长,幅度达到12%至35%。这一发现促使研究人员思考,该基因是否也能延长人类的寿命?于是,他们对人类离体细胞进行了实验,发现激活CG11837基因能够提升抗衰老能力30%。“这一系列研究证实了CG11837基因在动物中具有广泛的长寿效应。”沈星星兴奋表示。对于这项研究,《自然—衰老》三位匿名评审专家指出:该研究方法独特且新颖,从线粒体基因组—核基因组之间的共进化角度出发,打破了传统思维上的局限,挖掘到功能非常保守的新长寿基因,对衰老研究领域具有非常重要的科学价值和实践意义。而在谈到该研究成果的应用前景时,除了可以研发基于CG11837基因的药物和治疗方法,来延长人类健康寿命,主要从事昆虫分子生物学研究的沈星星还提到,在农业领域,该基因可以成为控制害虫的新靶点,进而减少对化学农药的依赖,实现环境友好的绿色防控;在公共卫生领域,可以通过干扰该基因表达来缩短蚊虫等传播疾病媒介的寿命,从而降低疟疾、登革热等传染病的传播风险,为蚊媒疾病防控和公共卫生安全提供新的解决方案。相关论文信息:https://doi.org/10.1038/s43587-024-00641-z 敲低CG11837基因后,黑腹果蝇脂肪体中线粒体的形态变得异常,呈现碎片化和聚集成簇的特征。图中蓝色为细胞核,绿色为多个线粒体,线粒体包围形成的黑色孔为脂肪滴。沈星星课题组供图...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1433670.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1433670.htm

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科学家完成阿拉比卡基因组测序 为开发适应气候的咖啡打开大门

科学家完成阿拉比卡基因组测序为开发适应气候的咖啡打开大门参考基因组对于开发更能适应气候变化和抗病的品种至关重要。通过对阿拉比卡咖啡的参考基因组进行前所未有的测序,一个科学家联盟得以筛选出可能对咖啡抵抗锈病和其他疾病负有责任的基因(候选基因)。同时,他们还确定了与阿拉比卡咖啡香味有关的一些基因的表达。这项研究可为开发更适应气候变化的品种提供指导。图片来源:GianBarros"有了基因组知识,我们就有可能获得以下两个方向的信息:通过指导杂交来培育品种,换句话说,为我们今后培育新品种的杂交提供参考;"DouglasDomingues是巴西圣保罗大学路易斯-德凯罗斯农学院植物基因组学和转录组学小组的研究员,也是这篇论文(他当时还在圣保罗州立大学里奥克拉罗分校工作)的作者之一。据他说,对基因组进行测序是一场竞赛。"测序的价格下降了很多,而咖啡是少数几种还没有进行参考基因组测序的商品之一。其他小组也在尝试,在我们之前就有一篇论文发表了。但他们大多采用的是标准策略:选择一种有趣的植物进行栽培,然后对其基因组进行测序。"Domingues所在的小组对一种植物进行了测序,这种植物从农艺学的角度来看并不有趣,但从遗传学的角度来看却大有可为。"我们参考基因组的优势在于它来自'二倍体'个体。这项工作的协调人、雀巢食品安全与分析科学研究所基因组学高级专家PatrickDescombes解释说。他解释说,阿拉比卡咖啡是一种四倍体:它有两个基因组,因为它是由另外两个物种融合而成的。"与常见的四倍体品种相比,通过对阿拉比卡咖啡的二倍体进行测序,科学家们可以获得更清晰、更简化的基因组视图。这样就能更精确地识别相似基因之间的变异,促进分子信息在改良研究中的应用。在这项研究中,研究小组能够更准确地确定这种融合发生的时间:不超过60万年前,C.canephora和C.eugenioides融合形成这种四倍体杂交种,并继续其进化之路。"我们利用阿拉比卡、罗布斯塔和尤金尼欧亚种的DNA信息得出了这一结论:我们能够做出更准确的推断,因为以前这一区间的年代在5万年到100万年之间。"Domingues报告说:"我们将这一时间窗口缩短为35万年至60万年。"这篇文章最近发表在《自然-遗传学》(NatureGenetics)杂志上,是包括巴西在内的十多个国家的科学家联合攻关的成果,这些科学家与一个以上的机构合作。就多明戈斯而言,他的参与得到了巴西国家科学基金会(FAPESP)的部分资助,该基金会通过青年研究员项目和博士后奖学金授予了苏珊娜-蒂米-伊万本-铃木(SuzanaTiemiIvamoto-Suzuki),苏珊娜-蒂米-伊万本-铃木也是文章的作者之一。野生与栽培咖啡的基因多样性"我们利用参考序列来了解非洲原产地野生阿拉比卡咖啡的多样性,并将其与当今种植的阿拉比卡咖啡进行比较,"ESALQ-USP的科学家解释说,研究小组对种植在世界各地的阿拉比卡咖啡品种以及在埃塞俄比亚森林中采集的野生标本进行了重新测序,并设法了解了野生咖啡与种植咖啡之间的差异。为了从基因组学的角度了解阿拉比卡的进化史,该研究小组对46个样本进行了测序,其中包括3个罗布斯塔样本、2个尤金尼欧样本和41个阿拉比卡样本。后者包括一个18世纪的模式标本(分类群作者在描述该分类群时指定的实物标本,作为该分类群的基础材料)、12个具有不同育种历史的栽培品种、帝汶杂交种(阿拉比卡与抗虫害的C.canephora品种自发杂交)及其与阿拉比卡的5次回交,以及从埃塞俄比亚大裂谷东西两侧采集的17个野生样本和3个野生/栽培样本。"我们使用了最新的基因组技术,即来自高保真PacBio系统(用于基因测序)的长读数和来自Illumina的短读数(用于分析遗传变异和生物功能的集成系统)的近距离连接,来生成染色体组装。这种组合产生了最高质量和完整性的染色体级组装,"Descombes说。寻求抗病能力据ESALQ-USP教授介绍,在栽培品种中,对育种非常重要的是引入抗咖啡叶锈病的基因。20世纪30年代,巴西在这方面发挥了重要作用。IAC(坎皮纳斯农艺研究所,也位于圣保罗州)是研究和育种的先驱中心。坎皮纳斯农艺研究所的研究人员向我们提供了该机构早在20世纪30年代就开始实施育种计划的植物。以病害为导向的育种工作出现在20世纪60至70年代,主要工作是将一种抗锈病的阿拉比卡植物(即所谓的帝汶杂交种)与生长在不同国家的植物进行杂交,从而培育出抗锈病的新品种。但当时还不知道是哪些基因产生了抗性。帝汶杂交种于20世纪20年代在帝汶岛的田间被发现,具有天然抗锈病和其他病害的能力。除锈病外,咖啡浆果病、咖啡浆果螟和咖啡二化螟是影响世界许多地区生产的另外三种主要害虫。气候变化也是控制病虫害的一个关键问题,因为气候变化会使病虫害蔓延到新的地区。雀巢农业科学研究所植物遗传学和化学组经理莫德-勒佩利(MaudLepelley)透露说:"不同地区之间的生咖啡豆贸易也是导致某些病虫害向新地区传播的另一个因素。"在现已发表的论文中,研究小组设法找到了文献中已经与抗病性相关的基因集,这些基因只存在于改良后的品种中。"帝汶杂交种以某种方式获得了这些抗病基因,现在我们知道是哪些基因了。它们有几十种,但我们已经缩小了搜索范围。阿拉比卡咖啡有69000个基因,而我们已经缩小到了不到30个。"多明戈斯指出:"能够确定这些以前未知的候选抗性基因,是我们研究中前所未有的成就。"但这项工作远未结束,因为这些基因还有待测试。还需要进行更多的研究,以确定并培育出能够抵抗这些病虫害和其他咖啡病虫害的品种。利用分子遗传学,该研究小组还能够进行三重分离,表明埃塞俄比亚野生植物的遗传多样性不同于今天种植的咖啡,这可能是由于瓶颈效应和驯化造成的,因为在驯化过程中很少有植物被选中。科学家指出:"我们在此表明,由于驯化前的多重瓶颈效应,野生标本的遗传多样性已经很低,而被人类选择用于种植的基因型,包括古老的埃塞俄比亚本地品种和较新的品种,已经在一定程度上混合了不同的品系。"基因表达与咖啡香气与此同时,多明戈斯小组还观察到了一些与咖啡品质,尤其是香味有关的基因表达事件。他们研究了萜烯合成酶(在植物中与抵御昆虫有关),以及一个与咖啡中脂质化合物有关的基因,该基因编码脂肪酸去饱和酶。"我们在一个亚洲阿拉比卡品种中观察到,与香气和风味相关的基因在果实中由C.eugenioides亚基因组表达的多于另一个亲本。换句话说,其中一个基因组对饮料感官特性的贡献大于另一个基因组。"Domingues说:"我们现在想知道的是:这是否适用于我们测序的所有品种,包括改良前和改良后的品种?"探索阿拉比卡咖啡中的基因相互作用这项研究揭示了C.canephora和C.eugenoides基因之间的相互作用如何与阿拉比卡咖啡的香味等特征相关联。阐明基因之间的相互作用有助于增进我们对阿拉比卡咖啡重要特征的遗传机制的了解,而这是开发新品种的基本前提,可以保证未来咖啡产品所需的咖啡豆的生产。这项工作的衍生项目已经在进行中。"我刚刚与法国研究人员合作启动了另一个项目,这也是第一项工作的衍生项目。我们现在要分析非栽培咖啡物种。我们希望了解非咖啡物种的基因组,这些物种所包含的特征与气候变化情景相关。我们的重点是对气候适应能力较强的物种进行测序。我们想知道它们有哪些基...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1429811.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1429811.htm

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