研究显示COVID-19感染包括多种SARS-CoV-2病毒变体

研究显示COVID-19感染包括多种SARS-CoV-2病毒变体凯斯西储大学（CWRU）的研究人员对360名COVID-19患者的病毒感染进行了基因排序。他们发现SARS-CoV-2病毒有广泛的遗传变异，表明所有的个体感染都包括病毒的多种变体。研究人员指出，有关该病毒的报告通常强调一个单一的优势毒株。这导致了对病毒遗传变异的报道不足，并可能在公共卫生计划和反应中产生严重后果。PC版：https://www.cnbeta.com/articles/soft/1315833.htm手机版：https://m.cnbeta.com/view/1315833.htm

研究人员创造基于SARS-CoV-2尖峰蛋白自身的药物 阻止病毒进入细胞

研究人员创造基于SARS-CoV-2尖峰蛋白自身的药物阻止病毒进入细胞长HR2_45抑制剂（红色显示）与SARS-CoV-2尖峰蛋白的HR1部分（浅蓝色显示）结合的低温电子显微镜结构阿克塞尔-布朗格实验室的杨凯璐、斯坦福大学的同事以及加州大学伯克利分校、哈佛大学医学院和芬兰大学的合作者已经生成了一种基于尖峰蛋白扭曲部分的分子（称为HR2），它将自己粘在病毒上，防止尖峰蛋白扭曲。他们的研究表明，即使是新的SARS-COV-2变种，它也能防止细胞感染。杨的工作于10月发表在《国家科学院院刊》上，并于2月21日星期二在加利福尼亚州圣地亚哥举行的第67届生物物理学会年会上发表。其他治疗COVID-19的方法通过粘附在尖峰蛋白的外部来阻止它感染细胞，但它们有缺点。例如，贝特罗维单抗是一种针对尖峰蛋白的抗体治疗，然而，它对新的COVID-19变体效果不佳，因为尖峰蛋白的这一部分已经随着时间的推移发生了变异。杨和Brunger希望他们的分子（他们称之为longHR2_42抑制剂）是开发一种新型抗病毒疗法的先导化合物，以防止感染，即使是针对新变体也有效。longHR2_42抑制剂可能对不断进化的病毒起作用的原因是，它是基于穗状蛋白的一部分，即使其他部分发生了变化也没有改变。"在病毒中，有两部分尖峰蛋白聚集在一起形成了这个束。因此，我们只是从这个束的一部分中抽取了一小块，通过化学合成这一小块，它可以插入尖峰蛋白中，阻止病毒感染细胞，"Brunger解释说。在这次COVID-19大流行之前，过去的研究旨在创造一种类似的分子，以阻止SARS冠状病毒的感染，但过去的那些尝试并不像长HR2_42抑制剂那样有效。Brunger认为他们的分子比过去的尝试更有效，因为杨的工作确定了SARS-CoV-2病毒扭曲在一起的部分的详细结构，称为融合后的所谓HR1HR2复合物，所以他们知道更长的分子将有助于阻止尖峰蛋白首先扭曲成HR1HR2复合物。"我们根据结构把分子做得比以前发表的工作长一点，事实上，我们在融合和感染试验中证实，这块长的分子的抑制效果要好得多，"Brunger说。该团队目前正在感染SARS-CoV-2的小鼠身上测试较长的HR2_42抑制剂（与芬兰大学的GiuseppeBallisteri和合作者合作）。他们希望能够通过雾化器将其提供给人们，使其进入气道，这正是你想要治疗早期感染的地方，以防止感染变得严重。"Brunger解释说："人们开始流鼻涕的那一刻就是使用它的时机。"...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1345743.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1345743.htm

研究发现SARS-CoV-2在感染后可在肺部存留长达18个月之久

研究发现SARS-CoV-2在感染后可在肺部存留长达18个月之久一项突破性研究揭示，由于先天性免疫系统失效，SARS-CoV-2可在肺部潜伏数月之久，无法被发现，并可能导致Long-COVID。感染COVID一到两周后，SARS-CoV-2病毒一般就无法在上呼吸道中检测到了。但这是否意味着病毒已不存在于人体内呢？为了弄清这个问题，巴斯德研究所（InstitutPasteur）艾滋病专业小组与法国公共研究机构替代能源和原子能委员会（CEA）合作，对动物模型的肺细胞进行了研究。研究结果表明，SARS-CoV-2不仅在某些人的肺部存在长达18个月之久，而且其持续存在似乎与先天性免疫（抵御病原体的第一道防线）失效有关。这项研究发表在《自然-免疫学》（NatureImmunology）杂志上。在COVID-19中发现病毒储库有些病毒在引起感染后会以隐蔽和难以察觉的方式在体内存留。它们被称为"病毒库"。艾滋病病毒就是这种情况，它潜伏在某些免疫细胞中，随时可能重新激活。导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒也可能是这种情况。至少，这是巴斯德研究所的一个科学家小组在2021年提出的假设，现在已在非人灵长类动物的临床前模型中得到证实。"我们观察到，在感染了SARS-CoV-2的灵长类动物身上，炎症会持续很长时间。因此，我们怀疑这可能是由于病毒在体内的存在，"巴斯德研究所艾滋病毒、炎症和持久性研究小组负责人米夏埃尔-穆勒-特鲁特温（MichaelaMüller-Trutwin）解释说。研究显示，SARS-CoV-2病毒通过桥状细胞突起从一个巨噬细胞传播到另一个巨噬细胞，从而实现传播。细胞核以粉红色标出，病毒蛋白NSP3以绿色标出。图片来源：©MarieLazzerini,NicolasHuot,InstitutPasteur研究结果为了研究SARS-CoV-2病毒的持久性，巴斯德研究所的科学家们与CEA的IDMIT（用于创新疗法的传染病模型）中心合作，对感染了该病毒的动物模型的生物样本进行了分析。研究的初步结果表明，尽管在上呼吸道或血液中检测不到病毒，但在感染6至18个月后，一些人的肺部发现了病毒。另一项发现是，Omicron菌株在肺部持续存在的病毒数量低于SARS-CoV-2原始菌株。这项研究的第一作者、巴斯德研究所艾滋病毒、炎症和持久性研究组的研究员尼古拉斯-胡特（NicolasHuot）指出："我们非常惊讶地发现，在经过如此长的时间之后，在某些免疫细胞--肺泡巨噬细胞--中发现了病毒，而常规的PCR检测结果是阴性的。更重要的是，我们培养了这些病毒，并利用我们开发的研究艾滋病毒的工具观察到它们仍然能够复制。"为了了解先天性免疫在控制这些病毒库中的作用，科学家们随后将注意力转向了NK（自然杀伤）细胞。MichaelaMüller-Trutwin说："先天性免疫的细胞反应是人体的第一道防线，但直到现在对SARS-CoV-2感染的研究还很少。然而，人们早就知道NK细胞在控制病毒感染方面发挥着重要作用。这项研究表明，在一些动物体内，感染了SARS-CoV-2的巨噬细胞对NK细胞的破坏具有抵抗力，而在另一些动物体内，NK细胞能够适应感染（被称为适应性NK细胞）并破坏抵抗性细胞，在这种情况下就是巨噬细胞。"因此，这项研究揭示了一种可能解释"病毒库"存在的机制：长期感染病毒或感染很少病毒的人体内会产生适应性NK细胞，而感染较多病毒的人体内不仅没有适应性NK细胞，而且NK细胞的活性也会降低。因此，先天免疫似乎在控制持续性SARS-CoV-2病毒方面发挥了作用。"我们将开始对大流行开始时感染SARS-CoV-2的人群进行研究，以确定所发现的病毒库和机制是否与长期COVID病例有关。MichaelaMüller-Trutwin说："但这里的结果已经代表了在了解病毒库的性质和调节病毒持续存在的机制方面迈出的重要一步。"参考文献"SARS-CoV-2病毒在肺泡巨噬细胞中的持续存在受IFN-γ和NK细胞的控制"，作者：NicolasHuot、CyrilPlanchais、PierreRosenbaum、VanessaContreras、BeatriceJacquelin、CarolinePetitdemange、MarieLazzerini、EmmaBeaumont、AurelioOrta-Resendiz、FélixA.Rey、R.KeithRey、FélixA.Rosenbaum。Rey、R.KeithReeves、RogerLeGrand、HugoMouquet和MichaelaMüller-Trutwin，2023年11月2日，《自然-免疫学》。DOI:10.1038/s41590-023-01661-4编译来源：ScitechDaily...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1403855.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1403855.htm

研究人员发现了M蛋白如何成为SARS-CoV-2病毒球形结构的关键

研究人员发现了M蛋白如何成为SARS-CoV-2病毒球形结构的关键M蛋白的创新研究由加州大学河滨分校的物理学家领导的一个研究小组设计了一种制造大量M蛋白的新方法，并描述了该蛋白与细胞膜（包膜或“皮肤”）的物理相互作用。病毒。该团队的理论建模和模拟显示了这些相互作用如何可能导致病毒自我组装。研究人员在今天发表在《科学进展》上的论文中报告说，当与SARS-CoV-2上的刺突蛋白相邻的M蛋白卡在膜中时，它会通过局部减少膜厚度来诱导膜弯曲。这种曲率的诱导导致了SARS-CoV-2的球形。从左到右：RoyaZandi、ThomasKuhlman和UmarMohideen。图片来源：加州大学河滨分校库尔曼实验室“如果我们能够更好地了解病毒如何自我组装，那么原则上我们就可以想出方法来阻止这一过程并控制病毒的传播，”物理学和天文学助理教授托马斯·E·库尔曼(ThomasE.Kuhlman)说。领导了该研究项目。“M蛋白之前一直抵制任何类型的表征，因为它很难制造。”Kuhlman和他的同事通过使用大肠杆菌作为“工厂”来大量制造M蛋白，从而克服了这一困难。他解释说，虽然大肠杆菌可以产生大量的M蛋白，但这些蛋白质往往会在大肠杆菌细胞中聚集在一起，最终杀死它们。为了规避这一挑战，研究人员诱导大肠杆菌细胞产生小泛素相关修饰蛋白（SUMO）以及M蛋白。突破性技术“在我们的实验中，当大肠杆菌产生M蛋白时，它同时产生SUMO，”Kuhlman说。“M蛋白与SUMO蛋白融合，从而防止M蛋白彼此粘连。SUMO蛋白相对容易通过另一种蛋白简单地切断来去除。M蛋白由此被纯化并从SUMO中分离出来。”这项工作为驱动SARS-CoV-2病毒组装的机制提供了基本见解。“由于M蛋白也是其他冠状病毒的组成部分，我们的研究结果提供了有用的见解，可以增强我们的理解，并有可能不仅在SARS-CoV-2中，而且在其他致病性冠状病毒中干预病毒形成。”未来发展方向接下来，研究人员计划研究M蛋白与其他SARS-CoV-2蛋白的相互作用，以潜在地破坏这些与药物的相互作用。Kuhlman与加州大学河滨分校的物理学家RoyaZandi和UmarMohideen一起参与了这项研究。Kuhlman负责制造M蛋白。Mohideen是一位杰出的物理学和天文学教授，他使用原子力显微镜和低温电子显微镜来测量M蛋白如何与膜相互作用。Zandi是病毒组装专家、物理学和天文学教授，他开发了M蛋白如何相互作用以及与膜相互作用的模拟。该论文的其他合著者包括加州大学河滨分校的YuanzhongZhu、SiyuLi、MichaelWorcester、SaraAnbir、PratyashaMishra；以及加州大学默塞德分校的JosephMcTiernan、MichaelE.Colvin和AjayGopinathan。共同第一作者张和安比尔对这项工作做出了同等贡献。该研究得到了加州大学总统办公室的资助，旨在调查COVID-19病毒如何自我组装。该研究论文的标题是“脂质双层内SARS-CoV-2膜蛋白的合成、插入和表征”。编译自:ScitechDaily...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1423853.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1423853.htm

研究人员发现了新冠病毒用来入侵细胞的新方法

研究人员发现了新冠病毒用来入侵细胞的新方法渥太华大学研究团队发现了SARS-CoV-2的一个新的病毒入口，并表明它可能能够利用蛋白质来感染更广泛的细胞。在正在进行的COVID-19大流行中，科学界许多紧迫的研究工作之一集中在冠状病毒设法进入宿主细胞的方式。PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1336505.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1336505.htm

新研究显示SARS-CoV-2病毒改变了所感染细胞中的RNA

新研究显示SARS-CoV-2病毒改变了所感染细胞中的RNA最近的研究报告发表在《细胞和感染微生物学前沿》杂志上，通过直接RNA测序检查了Vero细胞（来自猴子）和人类CALU-3细胞的表观转录组。表观转录组是细胞RNA的生化修饰的集合，如甲基化。文章的最后一位作者MarceloBriones告诉AgênciaFAPESP："我们在这项研究中的第一个重要发现是，与未受感染的细胞相比，SARS-CoV-2的感染增加了宿主细胞中的m6a[N6-甲基腺苷]水平，这是一种甲基化的类型。"Briones是UNIFESP医学院（EPM）的教授，也是隶属于其医学生物信息学中心的研究员。甲基化是一种涉及向底物添加甲基的生物化学修饰。它通过能够将一个分子的一部分转移到另一个分子的酶的作用在细胞中发生。这改变了蛋白质、酶、荷尔蒙和基因的行为。研究人员通过分析细胞中存在的所有RNA，从数量上证明了感染细胞RNA的变化，并通过在地图上定位核苷酸中每个区域的甲基化数量，从质量上证明了感染细胞RNA的变化。该研究是2021年发表的早期基因组分析的延续，研究人员分析了SARS-CoV-2中的甲基化模式。"甲基化在病毒中具有两种功能。它调节蛋白质的表达，并且它能防御干扰素的作用，干扰素是宿主机体产生的一种强有力的抗病毒物质，"Briones说。在这两项研究中，研究人员分析了m6a，因为它是最常见的RNA核苷酸修饰类型，参与了几个重要的过程，如细胞内定位和蛋白质翻译。RNA核苷酸含有沿单条链运行的含氮碱基（腺嘌呤、鸟嘌呤、尿嘧啶或胞嘧啶）。研究小组还发现，不同的病毒株在其核苷酸中的含氮碱基的序列上显示出变化。"一些毒株可能比其他毒株的甲基化程度高得多。如果是这样，它们可以在宿主细胞内更好地增殖，"Briones说。他们还发现，被称为m6aDRACH图案的核苷酸序列在SARS-CoV-2和细胞中略有不同。在这个经常用于表观遗传学的缩写中，字母D代表腺嘌呤、鸟嘌呤或尿嘧啶；R代表腺嘌呤或鸟嘌呤；A代表甲基化的残基；C代表胞嘧啶；H代表腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。病毒利用细胞酶进行自身的甲基化，产生了适应病毒DRACH序列的进化压力，使其变得与细胞序列更加相似。适应性最好的病毒株能够更成功地逃避干扰素。在完成对SARS-CoV-2如何在宿主细胞中修饰m6A的调查后，科学家们的下一步将是分析储存的数据，寻找病毒RNA甲基化水平与每个受感染细胞释放的病毒数量之间的相关性，即所谓的病毒爆发规模。Briones解释说："病毒的甲基化程度越高，它们在细胞质中生长得越多，爆发的规模也越大。在正常情况下，如果没有刺激，一个病毒颗粒会复制一千次左右。这些发现为COVID-19的新疗法和已知药物的再利用铺平了道路。"他们还提供了更深入了解病毒株如何逃避免疫系统的要素。研究人员说，该研究中使用的Nanopore直接RNA测序方法（牛津纳米孔技术公司）有几个优点。其中之一是它免去了传统方法（逆转录聚合酶链式反应，或RT-PCR）读取RNA链所需的修改。要用RT-PCR检查一种病毒，科学家必须首先将其RNA转化为DNA（反转录）。其结果是cDNA，其中的'c'代表互补。这是因为只有DNA（它是双链的）可以被复制。然后，cDNA通过被复制数十万次而被放大，复制数十亿个以便有足够的病毒DNA目标部分可供分析。对Briones来说，研究人员可能会被从cDNA中产生的病毒序列的扭曲所迷惑。"一些科学家认为由于存在表观遗传修饰的碱基，核苷酸被调换了。这需要以系统的方式进行调查，"他说。细胞甲基化的增加是由两个m6A检测程序绘制的。其中一个（m6anet）使用了一种称为多实例学习（MIL）的机器学习技术。另一个（EpiNano）使用一种叫做支持向量机（SVM）的技术来验证结果。...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1335129.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1335129.htm