研究显示COVID-19感染包括多种SARS-CoV-2病毒变体

研究显示COVID-19感染包括多种SARS-CoV-2病毒变体凯斯西储大学（CWRU）的研究人员对360名COVID-19患者的病毒感染进行了基因排序。他们发现SARS-CoV-2病毒有广泛的遗传变异，表明所有的个体感染都包括病毒的多种变体。研究人员指出，有关该病毒的报告通常强调一个单一的优势毒株。这导致了对病毒遗传变异的报道不足，并可能在公共卫生计划和反应中产生严重后果。PC版：https://www.cnbeta.com/articles/soft/1315833.htm手机版：https://m.cnbeta.com/view/1315833.htm

研究发现SARS-CoV-2在感染后可在肺部存留长达18个月之久

研究发现SARS-CoV-2在感染后可在肺部存留长达18个月之久一项突破性研究揭示，由于先天性免疫系统失效，SARS-CoV-2可在肺部潜伏数月之久，无法被发现，并可能导致Long-COVID。感染COVID一到两周后，SARS-CoV-2病毒一般就无法在上呼吸道中检测到了。但这是否意味着病毒已不存在于人体内呢？为了弄清这个问题，巴斯德研究所（InstitutPasteur）艾滋病专业小组与法国公共研究机构替代能源和原子能委员会（CEA）合作，对动物模型的肺细胞进行了研究。研究结果表明，SARS-CoV-2不仅在某些人的肺部存在长达18个月之久，而且其持续存在似乎与先天性免疫（抵御病原体的第一道防线）失效有关。这项研究发表在《自然-免疫学》（NatureImmunology）杂志上。在COVID-19中发现病毒储库有些病毒在引起感染后会以隐蔽和难以察觉的方式在体内存留。它们被称为"病毒库"。艾滋病病毒就是这种情况，它潜伏在某些免疫细胞中，随时可能重新激活。导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒也可能是这种情况。至少，这是巴斯德研究所的一个科学家小组在2021年提出的假设，现在已在非人灵长类动物的临床前模型中得到证实。"我们观察到，在感染了SARS-CoV-2的灵长类动物身上，炎症会持续很长时间。因此，我们怀疑这可能是由于病毒在体内的存在，"巴斯德研究所艾滋病毒、炎症和持久性研究小组负责人米夏埃尔-穆勒-特鲁特温（MichaelaMüller-Trutwin）解释说。研究显示，SARS-CoV-2病毒通过桥状细胞突起从一个巨噬细胞传播到另一个巨噬细胞，从而实现传播。细胞核以粉红色标出，病毒蛋白NSP3以绿色标出。图片来源：©MarieLazzerini,NicolasHuot,InstitutPasteur研究结果为了研究SARS-CoV-2病毒的持久性，巴斯德研究所的科学家们与CEA的IDMIT（用于创新疗法的传染病模型）中心合作，对感染了该病毒的动物模型的生物样本进行了分析。研究的初步结果表明，尽管在上呼吸道或血液中检测不到病毒，但在感染6至18个月后，一些人的肺部发现了病毒。另一项发现是，Omicron菌株在肺部持续存在的病毒数量低于SARS-CoV-2原始菌株。这项研究的第一作者、巴斯德研究所艾滋病毒、炎症和持久性研究组的研究员尼古拉斯-胡特（NicolasHuot）指出："我们非常惊讶地发现，在经过如此长的时间之后，在某些免疫细胞--肺泡巨噬细胞--中发现了病毒，而常规的PCR检测结果是阴性的。更重要的是，我们培养了这些病毒，并利用我们开发的研究艾滋病毒的工具观察到它们仍然能够复制。"为了了解先天性免疫在控制这些病毒库中的作用，科学家们随后将注意力转向了NK（自然杀伤）细胞。MichaelaMüller-Trutwin说："先天性免疫的细胞反应是人体的第一道防线，但直到现在对SARS-CoV-2感染的研究还很少。然而，人们早就知道NK细胞在控制病毒感染方面发挥着重要作用。这项研究表明，在一些动物体内，感染了SARS-CoV-2的巨噬细胞对NK细胞的破坏具有抵抗力，而在另一些动物体内，NK细胞能够适应感染（被称为适应性NK细胞）并破坏抵抗性细胞，在这种情况下就是巨噬细胞。"因此，这项研究揭示了一种可能解释"病毒库"存在的机制：长期感染病毒或感染很少病毒的人体内会产生适应性NK细胞，而感染较多病毒的人体内不仅没有适应性NK细胞，而且NK细胞的活性也会降低。因此，先天免疫似乎在控制持续性SARS-CoV-2病毒方面发挥了作用。"我们将开始对大流行开始时感染SARS-CoV-2的人群进行研究，以确定所发现的病毒库和机制是否与长期COVID病例有关。MichaelaMüller-Trutwin说："但这里的结果已经代表了在了解病毒库的性质和调节病毒持续存在的机制方面迈出的重要一步。"参考文献"SARS-CoV-2病毒在肺泡巨噬细胞中的持续存在受IFN-γ和NK细胞的控制"，作者：NicolasHuot、CyrilPlanchais、PierreRosenbaum、VanessaContreras、BeatriceJacquelin、CarolinePetitdemange、MarieLazzerini、EmmaBeaumont、AurelioOrta-Resendiz、FélixA.Rey、R.KeithRey、FélixA.Rosenbaum。Rey、R.KeithReeves、RogerLeGrand、HugoMouquet和MichaelaMüller-Trutwin，2023年11月2日，《自然-免疫学》。DOI:10.1038/s41590-023-01661-4编译来源：ScitechDaily...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1403855.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1403855.htm

新发现的类似SARS-CoV-2的病毒可能感染人类并可抵抗疫苗

新发现的类似SARS-CoV-2的病毒可能感染人类并可抵抗疫苗由华盛顿州立大学保罗-G-艾伦全球健康学院的研究人员领导的一个小组从这种被称为Khosta-2的蝙蝠病毒中发现了穗状蛋白，它能够感染人类细胞，并且对单克隆抗体和SARS-CoV-2疫苗接种者的血清有抵抗力。Khosta-2和SARS-CoV-2都是冠状病毒，属于同一个冠状病毒的亚类，被称为沙贝科病毒。"我们的研究进一步表明，在亚洲以外的野生动物中流行的沙贝科病毒--甚至在发现Khosta-2病毒的俄罗斯西部这样的地方--也对全球健康和正在进行的针对SARS-CoV-2的疫苗接种运动构成威胁，"发表在PLOSPathogens杂志上的研究的通讯作者、WSU病毒学家MichaelLetko说。Letko说，Khosta-2的发现强调了创造通用疫苗以抵御一般的沙贝科病毒的必要性，而不仅仅是防止已知版本的SARS-CoV-2。Letko说："现在，有一些团体试图提出一种疫苗，它不仅能防止SARS-2的下一个变体，而且实际上能保护我们免受一般的沙贝科病毒的侵害。不幸的是，我们目前的许多疫苗是为我们知道的感染人类细胞的特定病毒或那些似乎对我们构成最大风险的病毒设计的。但这是一个不断变化的名单。我们需要拓宽这些疫苗的设计，以防止所有的沙贝科病毒"。尽管最近已经发现了数以百计的沙贝科病毒，主要是在亚洲蝙蝠身上，但大多数不能感染人类细胞。2020年底在俄罗斯蝙蝠中发现的Khosta-1和Khosta-2病毒一开始似乎对人没有什么危险。"从遗传学上讲，这些奇怪的俄罗斯病毒看起来像在世界其他地方发现的其他一些病毒，但是因为它们看起来不像SARS-CoV-2，所以没有人认为它们真的有什么值得太兴奋的地方，"Letko说。"但是当我们更多地观察它们时，我们非常惊讶地发现它们可以感染人类细胞。这改变了我们对这些病毒的一点理解，它们来自哪里，以及哪些区域令人担忧。"Letko与WSU的一对教员，第一作者病毒生态学家StephanieSeifert和病毒免疫学家BonnieGunn合作，研究这两种新发现的病毒。他们确定Khosta-1对人类构成的风险很低，但Khosta-2表现出一些令人不安的特征。研究小组发现，像SARS-CoV-2一样，Khosta-2可以利用其穗状蛋白附着在一种受体蛋白上感染细胞，这种受体蛋白被称为血管紧张素转换酶2（ACE2），在整个人类细胞中发现。他们接下来着手确定目前的疫苗是否能防止这种新病毒。利用来自接种过COVID-19疫苗的人群的血清，该小组看到Khosta-2没有被目前的疫苗有效中和的现象。他们还测试了感染了Omicron变体的人的血清，遗憾的是其抗体也是无效的。幸运的是，Letko说，这种新病毒缺乏一些被认为涉及人类致病机制的基因。然而，存在着Khosta-2与第二种病毒如SARS-CoV-2重组的风险。Letko说："当你看到SARS-2有这种能力从人类身上蔓延到野生动物身上，然后还有其他像Khosta-2这样的病毒在这些动物身上等待，具有我们真的不希望它们具有的这些特性，这就设置了这种情景，它们会不断地掷骰子，直到结合成一种潜在的更危险的病毒。"...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1334973.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1334973.htm

研究人员发现了M蛋白如何成为SARS-CoV-2病毒球形结构的关键

研究人员发现了M蛋白如何成为SARS-CoV-2病毒球形结构的关键M蛋白的创新研究由加州大学河滨分校的物理学家领导的一个研究小组设计了一种制造大量M蛋白的新方法，并描述了该蛋白与细胞膜（包膜或“皮肤”）的物理相互作用。病毒。该团队的理论建模和模拟显示了这些相互作用如何可能导致病毒自我组装。研究人员在今天发表在《科学进展》上的论文中报告说，当与SARS-CoV-2上的刺突蛋白相邻的M蛋白卡在膜中时，它会通过局部减少膜厚度来诱导膜弯曲。这种曲率的诱导导致了SARS-CoV-2的球形。从左到右：RoyaZandi、ThomasKuhlman和UmarMohideen。图片来源：加州大学河滨分校库尔曼实验室“如果我们能够更好地了解病毒如何自我组装，那么原则上我们就可以想出方法来阻止这一过程并控制病毒的传播，”物理学和天文学助理教授托马斯·E·库尔曼(ThomasE.Kuhlman)说。领导了该研究项目。“M蛋白之前一直抵制任何类型的表征，因为它很难制造。”Kuhlman和他的同事通过使用大肠杆菌作为“工厂”来大量制造M蛋白，从而克服了这一困难。他解释说，虽然大肠杆菌可以产生大量的M蛋白，但这些蛋白质往往会在大肠杆菌细胞中聚集在一起，最终杀死它们。为了规避这一挑战，研究人员诱导大肠杆菌细胞产生小泛素相关修饰蛋白（SUMO）以及M蛋白。突破性技术“在我们的实验中，当大肠杆菌产生M蛋白时，它同时产生SUMO，”Kuhlman说。“M蛋白与SUMO蛋白融合，从而防止M蛋白彼此粘连。SUMO蛋白相对容易通过另一种蛋白简单地切断来去除。M蛋白由此被纯化并从SUMO中分离出来。”这项工作为驱动SARS-CoV-2病毒组装的机制提供了基本见解。“由于M蛋白也是其他冠状病毒的组成部分，我们的研究结果提供了有用的见解，可以增强我们的理解，并有可能不仅在SARS-CoV-2中，而且在其他致病性冠状病毒中干预病毒形成。”未来发展方向接下来，研究人员计划研究M蛋白与其他SARS-CoV-2蛋白的相互作用，以潜在地破坏这些与药物的相互作用。Kuhlman与加州大学河滨分校的物理学家RoyaZandi和UmarMohideen一起参与了这项研究。Kuhlman负责制造M蛋白。Mohideen是一位杰出的物理学和天文学教授，他使用原子力显微镜和低温电子显微镜来测量M蛋白如何与膜相互作用。Zandi是病毒组装专家、物理学和天文学教授，他开发了M蛋白如何相互作用以及与膜相互作用的模拟。该论文的其他合著者包括加州大学河滨分校的YuanzhongZhu、SiyuLi、MichaelWorcester、SaraAnbir、PratyashaMishra；以及加州大学默塞德分校的JosephMcTiernan、MichaelE.Colvin和AjayGopinathan。共同第一作者张和安比尔对这项工作做出了同等贡献。该研究得到了加州大学总统办公室的资助，旨在调查COVID-19病毒如何自我组装。该研究论文的标题是“脂质双层内SARS-CoV-2膜蛋白的合成、插入和表征”。编译自:ScitechDaily...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1423853.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1423853.htm

新研究显示SARS-CoV-2病毒改变了所感染细胞中的RNA

新研究显示SARS-CoV-2病毒改变了所感染细胞中的RNA最近的研究报告发表在《细胞和感染微生物学前沿》杂志上，通过直接RNA测序检查了Vero细胞（来自猴子）和人类CALU-3细胞的表观转录组。表观转录组是细胞RNA的生化修饰的集合，如甲基化。文章的最后一位作者MarceloBriones告诉AgênciaFAPESP："我们在这项研究中的第一个重要发现是，与未受感染的细胞相比，SARS-CoV-2的感染增加了宿主细胞中的m6a[N6-甲基腺苷]水平，这是一种甲基化的类型。"Briones是UNIFESP医学院（EPM）的教授，也是隶属于其医学生物信息学中心的研究员。甲基化是一种涉及向底物添加甲基的生物化学修饰。它通过能够将一个分子的一部分转移到另一个分子的酶的作用在细胞中发生。这改变了蛋白质、酶、荷尔蒙和基因的行为。研究人员通过分析细胞中存在的所有RNA，从数量上证明了感染细胞RNA的变化，并通过在地图上定位核苷酸中每个区域的甲基化数量，从质量上证明了感染细胞RNA的变化。该研究是2021年发表的早期基因组分析的延续，研究人员分析了SARS-CoV-2中的甲基化模式。"甲基化在病毒中具有两种功能。它调节蛋白质的表达，并且它能防御干扰素的作用，干扰素是宿主机体产生的一种强有力的抗病毒物质，"Briones说。在这两项研究中，研究人员分析了m6a，因为它是最常见的RNA核苷酸修饰类型，参与了几个重要的过程，如细胞内定位和蛋白质翻译。RNA核苷酸含有沿单条链运行的含氮碱基（腺嘌呤、鸟嘌呤、尿嘧啶或胞嘧啶）。研究小组还发现，不同的病毒株在其核苷酸中的含氮碱基的序列上显示出变化。"一些毒株可能比其他毒株的甲基化程度高得多。如果是这样，它们可以在宿主细胞内更好地增殖，"Briones说。他们还发现，被称为m6aDRACH图案的核苷酸序列在SARS-CoV-2和细胞中略有不同。在这个经常用于表观遗传学的缩写中，字母D代表腺嘌呤、鸟嘌呤或尿嘧啶；R代表腺嘌呤或鸟嘌呤；A代表甲基化的残基；C代表胞嘧啶；H代表腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。病毒利用细胞酶进行自身的甲基化，产生了适应病毒DRACH序列的进化压力，使其变得与细胞序列更加相似。适应性最好的病毒株能够更成功地逃避干扰素。在完成对SARS-CoV-2如何在宿主细胞中修饰m6A的调查后，科学家们的下一步将是分析储存的数据，寻找病毒RNA甲基化水平与每个受感染细胞释放的病毒数量之间的相关性，即所谓的病毒爆发规模。Briones解释说："病毒的甲基化程度越高，它们在细胞质中生长得越多，爆发的规模也越大。在正常情况下，如果没有刺激，一个病毒颗粒会复制一千次左右。这些发现为COVID-19的新疗法和已知药物的再利用铺平了道路。"他们还提供了更深入了解病毒株如何逃避免疫系统的要素。研究人员说，该研究中使用的Nanopore直接RNA测序方法（牛津纳米孔技术公司）有几个优点。其中之一是它免去了传统方法（逆转录聚合酶链式反应，或RT-PCR）读取RNA链所需的修改。要用RT-PCR检查一种病毒，科学家必须首先将其RNA转化为DNA（反转录）。其结果是cDNA，其中的'c'代表互补。这是因为只有DNA（它是双链的）可以被复制。然后，cDNA通过被复制数十万次而被放大，复制数十亿个以便有足够的病毒DNA目标部分可供分析。对Briones来说，研究人员可能会被从cDNA中产生的病毒序列的扭曲所迷惑。"一些科学家认为由于存在表观遗传修饰的碱基，核苷酸被调换了。这需要以系统的方式进行调查，"他说。细胞甲基化的增加是由两个m6A检测程序绘制的。其中一个（m6anet）使用了一种称为多实例学习（MIL）的机器学习技术。另一个（EpiNano）使用一种叫做支持向量机（SVM）的技术来验证结果。...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1335129.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1335129.htm

研究发现饮用茶叶可以让唾液中的SARS-CoV-2病毒失活多达99.9%

研究发现饮用茶叶可以让唾液中的SARS-CoV-2病毒失活多达99.9%当大流行病的苗头出现时，由于Esseili具有研究病毒的背景，没有人需要说服她相信事情的严重性。她立即开始寻找保护自己和家人的方法。她需要一种既容易获得又可口的东西，于是她把目光转向了不起眼的茶叶。到当地的杂货店转了一圈后，她准备开始研究。Esseili说："如果能有一款方便携带、易于烹制、适合全家人食用的食品，那就再好不过了，"她的灵感也来自于她爱喝茶的孩子们。她的团队的研究结果发表在《食品与环境病毒学》（FoodandEnvironmentalVirology）杂志上，证明了某些茶叶是如何使唾液中的SARS-CoV-2失活的--在某些情况下，失活率高达99.9%。这一点非常重要，因为病毒会在口腔内感染和复制，在到达肺部之前会经过口咽部。Esseili说："使口腔和咽喉中的SARS-CoV-2失活很重要，因为这有可能减少病毒进入下呼吸系统。"埃塞伊利和当时的研究生朱莉安娜-莫里斯（她于2023年获得食品科学硕士学位）研究了24种不同的市售茶叶，其中一些声称有助于呼吸系统健康。在这些茶中，他们发现有五种能明显减少唾液中的病毒：覆盆子茶、桉树薄荷茶、薄荷混合茶、绿茶和红茶，其中红茶的减少效果最好。所有测试都是在实验室模拟条件下进行的。研究小组测试了茶叶作为饮料和漱口水的功效，为那些不想喝茶但又想获得高浓度漱口水的人提供了一种选择，这种漱口水能提供与喝茶相同的功效。研究人员为每杯茶准备了一个茶包，浸泡10分钟，不添加牛奶或糖等任何添加物，制成可饮用的浸泡浓度。所有五种茶都能在口中10秒钟内将病毒减少至少96%。红茶的效果最好，能减少99.9%的病毒。在进行漱口测试时，他们冲泡了四倍于饮用浓度的茶水，发现所有五种茶水都能在漱口后10秒钟内将病毒减少99.9%。Esseili强调说，茶不能替代医疗保健，要更好地了解这些结果对COVID-19患者的影响，还需要进行临床试验。不过，对于那些希望补充医疗服务的人来说，初步结果还是既有希望又令人兴奋的。她说："在现阶段，我们并不建议将茶叶作为一种单独的预防SARS-CoV-2的干预措施，因为病毒也会在鼻腔中复制，当检测结果呈阳性时，病毒可能已经到达肺部。但是，茶可以作为一种额外的干预措施，患者及其家属可以很容易地将其作为日常干预措施。"编译自:ScitechDaily...PC版：https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1426937.htm手机版：https://m.cnbeta.com.tw/view/1426937.htm