科学家以前所未有的速度发现30种新的天然化合物

科学家以前所未有的速度发现30种新的天然化合物然而,据伊利诺伊大学约翰和玛格丽特-维特化学教授道格-米切尔(MMG)称,与这些生物体通过利用它们所拥有的遗传途径能够生产的化合物数量相比,这一点微不足道。"这只是冰山一角,"米切尔说。"在我们今天所知道的已知分子与自然界有能力生产的分子之间存在着差距。至少是100比1。"核糖体产生和翻译后修饰的肽,或简称"RiPPs"是一种天然产品,已成为抗生素的一个流行来源。获取RiPPs的传统方法很费力,包括将每个基因插入模型生物体,如大肠杆菌,一次一个观察它产生什么化合物。然而,在最近的一项研究中,研究人员利用伊利诺伊州先进生物制造生物中心,能够以前所未有的速度和规模找到并描述新的RiPPs,这是卡尔-R-沃斯基因组生物学研究所的一项重要联合工作的成果。iBioFAB是一个实验室自动化系统,可以一次从数百个基因中分析和创建许多合成基因途径,这项任务通常需要众多研究人员和更多时间来完成。这项研究是米切尔的实验室、赵惠民(BSD/GSE负责人/CABBI/CGD/MMG)的实验室、StevenL.Miller化学和生物分子工程主席、WilfredvanderDonk(MMG)的实验室、RichardE.Heckert化学捐赠主席和HowardHughes医学研究所研究员之间的合作。在伊利诺伊大学厄巴纳·香槟分校大规模合作的一篇新论文中,研究人员能够以前所未有的速度和规模,利用伊利诺伊大学先进生物制造的生物基金会,发现并描述新的核糖体合成和翻译后修饰的肽(RiPPs)。资料来源:伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校卡尔-R-沃斯基因组生物学研究所三位共同第一作者,Mitchell实验室四年级博士生AlexBattiste、Zhao实验室五年级博士生ChengyouShi和vanderDonk实验室博士后RichardAyikpoe描述了他们如何在各自的实验室领导该项目的一部分。Shi的团队准备了合成基因,然后使用iBioFAB与一个名为RODEO的基因组挖掘程序集成,将它们组装成候选路径,或基因集群。然后,不同类别的基因簇被交给Battiste和Ayikpoe的团队,以测试哪些途径具有功能性并可能在大肠杆菌中产生新的RiPPs。任何显示出抗生素活性的RiPPs结构都由Ayikpoe的团队进行了详细描述。高通量技术允许一次性测试由大约400个基因组成的96条途径,产生了30种新化合物。"与传统的RiPP发现方法相比,我们的平台在许多方面都具有可扩展性和高通量性,从生物合成基因簇的识别、克隆、生产,以及检测和表征,"Shi说。"我想说,这是第一个用于大规模发现RiPP的平台。"在发现的新化合物中,有三个被发现具有抗菌特性。当对肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellapneumoniae)进行测试时,发现新发现的抗菌性RiPPs能够有效地杀死这种危险的细菌。研究人员说,这可能是发现对目前抗生素药物有抗药性的细菌有效的化合物的一个新途径。"我们发现三种RiPPs对已知涉及医院获得性感染的病原体具有抗菌性,包括克雷伯氏菌,"Ayikpoe说。"这项研究表明,通过使用这个平台扩大我们可以一次性筛选的生物合成基因簇的数量,我们更有可能发现可能具有治疗作用的抗微生物化合物。"这篇论文的目标有两个:展示高通量技术快速构建和测试新的RiPPs的基因簇的能力,同时也强调在IGB内实现的那种大规模合作项目。了解更多:https://www.nature.com/articles/s41467-022-33890-w...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1333095.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1333095.htm

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潮汐冰川为何以前所未有的速度消退?科学家发现新线索新的研究发现,水下冰川冰层中微小的加压气泡的破裂可能解释了为什么潮水冰川正在以惊人的速度后退。研究发现,这种有气泡的冰川融化速度是无气泡冰川的两倍多,这表明有必要调整目前没有考虑这些气泡的气候模型。作者说,潮水冰川正在迅速后退,导致格陵兰岛、南极半岛和全球其他冰川化地区的冰量损失。"我们早就知道冰川冰层充满气泡,"OSU工程学院海岸工程助理教授、本研究负责人MeaganWengrove说。"只有当我们开始讨论这一过程的物理学原理时,我们才意识到这些气泡的作用可能不仅仅是在冰融化时在水下制造噪音。"冰川结冰是雪压实的结果。当冰从冰川上层到达冰川深处时,雪花之间的气泡被困在冰晶之间的孔隙中。每立方厘米大约有200个气泡,这意味着冰川冰层中大约有10%是空气。"这些气泡与保存冰芯中研究的古代空气的气泡是一样的,"合著者、冰川学家、OSU地球、海洋和大气科学学院教授ErinPettit说。"这些微小气泡的压力非常高,有时可达20个大气压,是海平面正常大气压的20倍。"阿拉斯加彼得斯堡附近莱孔特海湾的冰川冰面。资料来源:俄勒冈州立大学她补充说,当气泡冰到达与海洋的交界处时,气泡就会破裂,发出"啪啪"的声响。冰川冰层中存在加压气泡的现象早已为人所知,但还没有研究探讨过气泡对冰川与海洋交汇处融化的影响,尽管众所周知气泡会影响从工业到医疗等多个过程中的流体混合。这项研究中进行的实验室规模实验表明,气泡可以解释潮水冰川观测到的融化率与预测的融化率之间的部分差异,Wengrove说:"在融化过程中,这些气泡的爆裂及其浮力为海洋边界层注入了能量。"研究人员了解到,冰川融化的速度是没有气泡的冰川融化速度的两倍多。Pettit说:"虽然我们可以测量格陵兰岛过去十年的总体冰流失量,也可以从卫星图像中看到每块冰川的退缩情况,但我们还是要依靠模型来预测冰的融化速度。目前用于预测潮汐冰川冰洋界面冰融化的模型并没有考虑到冰川冰中的气泡。"作者指出,目前,美国国家航空航天局(NASA)提供的数据显示,约60%的海平面上升归因于冰川和冰盖的融水。Wengrove说:"对于一个社区来说,为水位上升10英尺制定计划要比为水位上升1英尺制定计划困难得多。这些小气泡可能会在理解未来关键气候情景方面发挥巨大作用。"...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1382805.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1382805.htm

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生物芭蕾:科学家以前所未有的清晰度揭示分子"相干性"之舞结合两种技术,研究人员揭示了"相干性"在分子反应中的关键作用,为分子动力学的先进控制铺平了道路。探测过程示意图。资料来源:SamuelPerrett由帝国理工大学生命科学系的贾斯珀-范-托尔(JaspervanThor)教授领导的大型国际研究小组最近在《自然-化学》(NatureChemistry)杂志上报告了他们的研究成果。晶体学是结构生物学中一项强大的技术,它可以拍摄分子排列方式的"快照"。经过数次大规模实验和多年的理论研究,新研究背后的团队将这项技术与另一项绘制分子电子和核构型振动图的技术(即光谱学)相结合。研究小组在世界各地的强大X射线激光设备上演示了这项新技术,结果表明,当他们研究的蛋白质中的分子受到光学激发时,它们的最初运动是"相干"的结果。这表明这是一种振动效应,而不是随后生物反应功能部分的运动。首次在实验中显示的这一重要区别,凸显了光谱物理学如何为结构生物学的经典晶体学方法带来新的启示。范托尔教授说:"维持生命的每一个过程都是由蛋白质完成的,但要了解这些复杂分子是如何完成它们的工作,就必须了解它们原子的排列,以及这种结构在反应过程中是如何变化的。利用光谱学的方法,我们现在可以通过解决其晶体结构,直接以图像的形式看到属于所谓相干过程的超快分子运动。我们现在拥有了以接近原子分辨率的极快时间尺度理解甚至控制分子动力学的工具。我们希望通过分享这一新技术的方法细节,能够鼓励时间分辨结构生物学以及超快激光光谱学领域的研究人员探索相干过程的晶体结构"。技术结合将这些技术结合起来需要使用X射线自由电子激光器(XFEL)设施,包括美国的Linac相干光源(LCLS)、日本的SPring-8Angstrom紧凑型自由电子激光器(SACLA)、韩国的PAL-XFEL以及最近在汉堡的欧洲XFEL。自2009年以来,该团队成员一直在XFEL工作,利用并了解飞秒(十亿分之一秒)时间尺度上反应蛋白质的运动,这被称为飞秒化学。在激光脉冲激发后,利用X射线对结构进行"快照"。2016年,这项技术取得了初步成功,详细描绘了光诱导生物蛋白质发生的变化。然而,研究人员仍需解决一个关键问题:在第一个激光光脉冲之后,飞秒时间尺度上的微小分子"运动"直接源自何处?以前的研究假设所有的运动都与生物反应相对应,即其功能运动。但使用新方法后,研究小组在实验中发现情况并非如此。相干控制为了得出这一结论,他们创造了"相干控制"--塑造激光,以可预测的方式控制蛋白质的运动。2018年在斯坦福的LCLS取得初步成功后,为了检查和验证这种方法,他们在世界各地的XFEL设施共进行了六次实验,每次都组建了大型团队,并形成了国际合作关系。然后,他们将这些实验数据与从飞沫化学修改而来的理论方法相结合,以便将其应用于X射线晶体学数据而非光谱数据。结论是,在皮米尺度和飞秒时间尺度上精确测量到的超快运动并不属于生物反应,而是属于剩余基态的振动一致性。这意味着飞秒激光脉冲过后"遗留"的分子会主导随后测量到的运动,但仅限于所谓的振动相干时间内。范索尔教授说:"我们的结论是,在我们的实验中,即使不包括相干控制,传统的时间分辨测量实际上也是由来自黑暗"反应物"基态的运动所主导,而这些运动与光引发的生物反应无关。相反,这些运动与传统的振动光谱法所测量的运动相对应,具有非常不同但同样重要的意义这实际上是根据以前的理论工作预测出来的,但现在却在实验中得到了证实。这将对时间分辨结构生物学以及超快光谱学领域产生重大影响,因为我们已经开发并提供了分析超快飞秒时间尺度运动的工具。"...PC版:https://www.cnbeta.com.tw/articles/soft/1384887.htm手机版:https://m.cnbeta.com.tw/view/1384887.htm

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